Халдейская верхушка с восторгом встретила этот альянс, а армия охотно подчинилась сыну Навуходоносора, имевшему больше прав на престол, чем Нергал-шарру-уцур, его сын Ла-бавши-Мардук, да и сам Набонид. Обозленные такими фокусами своего ставленника, жрецы главного храма Вавилона — Эсагилы начали подкоп под Набонида. В городе появились глиняные таблички с ядовитыми памфлетами на царя. Но видавшего виды дипломата трудно было смутить укусами, и он ответил серьезным ударом по влиянию жрецов верховного бога столицы Бэла-Мардука, начав восстановление Эхулхула, знаменитого храма бога луны Сина в городе Харране. Этот храм, строившийся в течение многих лет, с большой пышностью достроил великий ассирийский царь Ашшурбанипал, но в 610 г. до н. э. кочевники Мадия дотла разграбили его. Теперь Набонид начал восстановительные работы, не жалея ни золота, ни серебра, ни кедров. На строительство были согнаны тысячи людей. Опытный археолог Набонид сумел разыскать закладные камни ассирийских царей Салманасара и Ашшурбанипала и восстанавливал храм по ассирийскому, а не вавилонскому образцу. А главное, он осмелился поставить в Эхулхуле такого же быка, какой стоял перед вавилонской Эсагилой, и не скрывал своего намерения придать Эхулхулу то значение, которое имела Эсагила — главное святилище верховного бога Вавилона Бэла-Мардука. Теперь уже глухая борьба перешла в открытое столкновение. Вавилонская олигархия и жречество, верно усмотрев в действиях Набонида посягательство на права и прерогативы крупнейших храмов Вавилона, попытку найти опору в провинции, поставив их рядом с вавилонскими гражданами, не ограничились памфлетами, а организовали выступление жителей Вавилона против Набонида. Но царь твердо стоял на своем. Он заявил: "Пока я не закончу строительство Эхулхула и не осуществлю своего желания, запрещаю все праздники и праздник Нового года!" Таким тоном со всемогущими жрецами бога Бэла-Мардука никто еще не разговаривал после освобождения Вавилона от ассирийского владычества. Надо было немедленно поставить на место зарвавшегося царя, и ответ последовал незамедлительно — по наущению жрецов вавилоняне отказались платить налог — урашу на строительство храма Эхулхула. Набонид решил, что настало время претворить в жизнь советы мудрой матушки, и покинул Вавилон.
Окружив свою столицу халдейской армией под начальством своего пасынка Валтасара и отрезав ее от внешнего мира, Набонид прочно запер вавилонян в своем городе, а сам начал укреплять свою власть в провинциях. Используя подкуп, предоставляя различные льготы и привилегии, применяя свое дипломатическое искусство, назначая на высокие должности преданных ему людей, Набонид привлекал провинциальные города на свою сторону. Но с жречеством некоторых городов, тесно связанным с жрецами Вавилона и выступавшим против него, Набонид поступал круто, хитроумно используя в борьбе против него даже свое многостороннее образование. Так, например, против жрецов города Ура он выступил как астроном, объяснив затмение луны как желание бога луны Сина иметь невесту, он восстановил в Уре древний и давно забытый институт верховных жриц — иеродул бога Сина.
Вот что гласит надпись на глиняном цилиндре царя Набонида: "На 13-й день месяца Элул луна потемнела и затмилась. Знамение сие означало: "Сину нужна жрица". После многократных, надлежащим образом истолкованных гаданий выяснилось, что верховной жрицей должна стать дочь самого На-бонида — Бэл-шалти-Нанна, иона была посвящена в этот сан. Для дочери, не жалея средств, отец выстроил чудесный храм Эгипар. Так Ур был превращен из враждебного политике На-бонида города в его оплот.
Еще более коварно он поступил с жрецами города Сиппар. Здесь в борьбе против жрецов он применил свои археологические познания. Сиппарцы очень гордились своим храмом Эба-барры, который с размахом был восстановлен еще Навуходоносором и ни в каком ремонте не нуждался, но Набонид после упорных раскопок обнаружил закладной камень древнего аккадского царя Нарамсина, жившего 3200 лет назад, и на основании записи на этом камне объявил, что Навуходоносор не нашел древний закладной камень, а потому исказил облик храма, поэтому необходимо снести храм и построить его вновь по древнему плану Нарамсина.
В Сиппаре поднялась настоящая буря. Шутка ли сказать: несколько поколений сиппарцев молились в ненастоящем храме! Куда же смотрели жрецы? Где были отцы города?