Одновременно Наджибулла предложил решить вопрос с Б. Кармалем и некоторыми его ближайшими соратниками. В частности, заменить министра обороны ДРА Назара Мухаммеда на М. Рафи и министра иностранных дел ДРА Ш. М. Доста на А. Вакиля. В связи с этим находившемуся тогда в Афганистане В. Крючкову было дано указание встретиться с Генсеком ЦК НДПА и довести ему мнение советского руководства, чтобы он решал кадровые вопросы так, как находит нужным.
В ноябре 1986 г. на XX пленуме ЦК НДПА была «удовлетворена просьба» Бабрака Кармаля об освобождении его с занимаемых партийных и правительственных постов. Ему был вручен орден «Саурской революции» и назначена пенсия. Членом Политбюро ЦК НДПА был избран Гулям Фарук Якуби (министр государственной безопасности), кандидатами в члены Политбюро стали Сайд Мухаммед Гулябзой и Фарид Маздак. Вскоре Кармаль выехал на «отдых и лечение» в Москву.
Чрезвычайный пленум ЦК НДПА (декабрь 1986 г.) официально провозгласил принципиально новую установку — на национальное примирение и прекращение братоубийственной войны. Он объявил, что основной упор будет сделан на решение проблем Афганистана политическими методами. При этом национальное примирение рассматривалось как этап развития национально-демократической революции, особый вид политического компромисса. Процесс, в котором в одно неразрывное целое сливаются задачи установления демократического строя, прекращения войны и ускорения социально-экономического развития в условиях многопартийности, коалиционных форм правления, многоукладное™ в хозяйственной жизни, сохранения статуса нейтрального неприсоединившегося Афганистана.
Советское правительство тоже связывало с ПНП надежды на установление мира в Афганистане и создание условий для вывода своих войск из ДРА. 2 января 1987 г. в Кабул для работы на постоянной основе была направлена Оперативная группа Министерства обороны СССР, возглавляемая первым заместителем начальника Генерального штаба ВС СССР генералом армии В. И. Варенниковым.
Группа разместилась в Дар-уль-Амане, недалеко от штаба 40-й армии и Министерства обороны ДРА в доме, где до революции жил с семьей командир кабульского корпуса. В. И. Варенников занимал небольшой кабинет и спальню, где он отдыхал ночью. Остальные генералы и офицеры жили по 3–7 чел. в комнате. Здесь же размещались столовая и рабочие помещения.
Оперативная группа МО СССР в Афганистане работала как нештатная. Состав ее не был постоянным. Генералы и офицеры ОГ МО СССР находились в командировке, и периодически осуществлялась их замена. В ее состав входили эксперты всех родов войск, различных служб, военные аналитики и другие специалисты (например, по организации боевой подготовки, призыва и др.). Главные функции этой группы: руководство советскими войсками; помощь в строительстве Вооруженных сил Афганистана; организация взаимодействия между советской и афганской армией; оказание разносторонней помощи руководству ВС ДРА, в том числе и Верховному главнокомандующему; участие в проведении в жизнь политики национального примирения; организация подготовки и проведения важнейших операций по разгрому формирований непримиримой оппозиции; оказание помощи руководству республики в установлении контактов с полевыми командирами оппозиции и т. д.
Большую часть времени офицеры и генералы ОГ МО СССР находились в войсках и в провинциях. Некоторые из них постоянно работали в наиболее «горячих» точках (Кандагаре, Герате и т. д.). Рабочий день офицеров, когда они находились в Кабуле, начинался в 6:00, а заканчивался далеко за полночь. Работали, что называется, на износ.
Руководитель ОГ МО СССР генерал армии В. И. Варенников фактически командовал всеми советскими военными структурами в ДРА. Он долго в Кабуле, как правило, не засиживался, побывал во всех провинциальных и многих уездных центрах республики, в большинстве районов, где проводились боевые операции или происходило обострение обстановки. Не раз, попадая в сложные экстремальные ситуации, проявлял личное мужество. Он имел контакты с представителями всех слоев афганского общества и оппозиции в лице крупных полевых командиров и некоторых представителей руководства «Альянса-7», великолепно знал обстановку в ДРА, положение и состояние войск 40-й армии и ВС Афганистана. Часто выезжал и вылетал в «глубинку», где встречался с губернаторами провинций, представителями духовенства, командирами и бойцами афганской армии, а также с полевыми командирами и рядовыми моджахедами, местными жителями. Обладая государственным, аналитическим умом и качествами дипломата, генерал армии В. И. Варенников пользовался большим авторитетом не только в армии, но и у политического руководства Афганистана. Обладая качествами политика и общественного деятеля, руководитель ОГ МО СССР фактически являлся советником Верховного главнокомандующего ВС ДРА по военным вопросам.