Количество омских жертв в эти июньские дни сложно установить, так как никакой официальной статистики первоначально не велось. Поэтому в исследованиях приводятся различные цифры: от единичных самосудных расстрелов, что представляется явно ошибочным, до нескольких сотен человек. Есть только одно выявленное на данный момент исключение. В исследовании В. А. Кадейкина указывается на 300 жертв, расстрелянных в Омске в первые дни в Доме республики и кадетском корпусе. При этом автор ссылается на официальные данные Временного Сибирского правительства, выявленные им в архиве. Временное Сибирское правительство под давлением рабочих «вынуждено было выпустить заявление о том, что действительно в Доме республики расстреляно 132 человека и в кадетском корпусе 168 человек. Услышав об этом, рабочие требовали выдачи тел расстрелянных их семьям для похорон. Обеспокоенное начавшимся в городе движением, правительство распорядилось свезти на грузовиках трупы казнённых к Иртышу и там утопить их, но сделать этого не удалось, так как подоспели рабочие».
Большинство расправ носили самосудный характер. Очевидно, что указанная цифра в 300 человек — только минимальное количество жертв. Так, в омском исследовании М. И. Вторушина указывается, что «в Омске белочехи и белогвардейцы в первые дни мятежа июня 1918 года казнили без суда до семисот человек».
В дальнейшем в Омске также проходили репрессии, в которых были задействованы различные силы, в т. ч. легионеры. Летом в городе активно действовала чешская контрразведка под началом полковника Зайчека. Согласно заключённому Войтяку, арестованному в августе, она располагалась в четырёхэтажном здании бывшего кадетского корпуса. На 3-м и 4-м этажах находились камеры заключённых. Первые дни не было расстрелов. Далее последовали расправы на берегу Иртыша. «Жертвам связывали руки назад, а также и ноги, бросали в реку». Вскоре это было запрещено, так как вода загрязнялась трупами и становилась непригодной для питья. В этих условиях тюремщики перешли к расстрельной практике. Убивали до 50 человек за ночь. Были и откровенные провокации в виде привязанного бутафорского револьвера к столу, якобы случайно оставленного там. Заключённый бросался к нему, и позднее его расстреливали. Отметим, что автор указанного воспоминания характеризует лишь эпизод деятельности чешской контрразведки, т. к. его пребывание там было кратковременным, а после он был переведён в один из сибирских концлагерей.
8 июня 1918 года произошло ключевое событие в продвижении чехословацкого легиона в Поволжье. Отрядом корпуса при поддержке местного подполья была захвачена Самара, которая стала политическим центром антисоветского движения на Востоке России летом-осенью 1918 г. Образованное здесь правительство (Комитет членов Учредительного собрания — КОМУЧ — во главе с эсером В. К. Вольским, И. М. Брушвитом, П. Д. Климушкиным, И. П. Нестеровым и Б. К. Фортунатовым) декларировало восстановление основных демократических свобод, разрешило деятельность рабочих и крестьянских съездов, фабзавкомов, установило 8-часовой рабочий день (с 4 сентября 1918 года) и приняло Красный государственный флаг. Между тем установившийся режим в городе сложно было назвать демократическим.
После взятия Самары войсками чехословацкого корпуса и местными «добровольцами» было расстреляно 100 красноармейцев и 50 рабочих. Красные почти не оказывали сопротивления: убегали по улицам или прятались по дворам. Жители, высыпавшие из домов, выволакивали красных и передавали чехам с разными пояснениями. Некоторых чехи тут же пристреливали, предварительно приказав: «Беги!» — вспоминал полковник В. О. Вырыпаев. В городе зверски были убиты председатель ревтрибунала Ф. И. Венцек (согласно воспоминаниям Н. Л. Минкиной, прежде чем его стали избивать, с него предварительно сняли краги), заведующий жилищным отделом горисполкома большевик И. И. Штыркин и другие советские руководители. Тем не менее части руководства удалось спастись. Председатель Самарского Совдепа т. Куйбышев В. кое-как спасся от расправы, убежавши из клуба (где весь актив находился) через крыши. Председатель губкома ВКП (б) Хатаевич был ранен во время бегства, скрываясь у товарищей. Затем был найден белогвардейцами и зверски изувечен. Тов. Шверник, работавший до этого в Самаре, тоже случайно спасся. Сотни коммунистов и сочувствующих рабочих было перебито зверски.
В самарском издании 1929 года приведены некоторые примеры городских расправ:
