Между тем выступление чехословацкого корпуса ширилось. 29 мая подразделением чехословацкого корпуса под командованием выпускника Академии генштаба подполковника Б. Ф. Ушакова был осуществлён захват Канска. Первоначально по распоряжению Ушакова пленные были отпущены. Директива была ещё не доведена до частей, захвативших Канск. Однако уже 31 мая в городе будет публично казнён захваченный в бою под станцией Клюквенной начальник конной разведки красных М. Шумяцкий. Бои под Клюквенной будут происходить и позднее. После одного такого боя в плен было взято много красноармейцев. Ушаков вместе с командиром штурмового отряда штабс-капитаном Дворжаком по этому поводу даже выпустил соответствующее обращение, в котором чётко делил пленных на две категории: «обманутых» русских красноармейцев и интернационалистов.
Про последних, явно добавляя деталей от себя, он сообщал: «Совершенно иную позицию заняли в отношении чехословаков военнопленные-интернационалисты, которые стреляли в нас исключительно пулями со спиленными головками или обмоченными в какой-то ядовитый состав, вызывающий отравление крови. Образцы этих пуль у нас имеются. Интернационалистов мы в плен не берём. Германец-интернационалист Мюллер перед расстрелом обнажил грудь и показал нашим стрелкам вытатуированный на груди вензель Вильгельма, заявил: „Я до конца остался верным Вильгельму“».
Впрочем, судьба начальника штаба российских войск в составе Чехословацкого корпуса Б. Ф. Ушакова будет схожей: в августе 1918 года он будет захвачен в плен красноармейцами и расстрелян ими. Как и многие красные военнослужащие в более ранний период, он также подвергнется истязаниям перед смертью.
31 мая войсками чехословацкого корпуса под руководством штабс-капитана М. Жака захвачен Петропавловск. Все члены местного Совета — 20 человек — были расстреляны, как и четверо чехов-интернационалистов. Чехи были расстреляны в первые же часы, возможно, дни. С «красными чехами» бойцы чехословацкого корпуса не церемонились. Они априори считались предателями и подлежали безусловному уничтожению. Руководство же Совета было расстреляно позднее: расстрел 22 человек (в т. ч. членов Совета) был произведён 9 июня 1918 года. Это вполне укладывается в общую картину майско-июньской карательной практики чехословацкого корпуса. Согласно данным советских газет, общее количество расстрелянных в городе было 40 человек, в т. ч. 2 женщины.
31 мая войсками чехословацкого корпуса заняты станция Тайга и Томск, где были произведены также массовые аресты, а позднее — расстрелы. Так, в Томске уже в первые дни после захвата города в тюрьмы было брошено 1485 человек. Отметим, что в тюрьме оказалось и много представителей профсоюзов. Среди них «более 40 руководителей профсоюза горнорабочих, в том числе два члена Западносибирского бюро этого профсоюза — И. Л. Наханович и И. Н. Кудрявцев. Многие из работников профсоюзов были расстреляны белогвардейцами ещё летом 1918 года».
Новыми властями предпринимались попытки замолчать случаи расправ в Томске и объявить их выдумкой. Так это произошло в отношении Шведской миссии, которая указывала в своих докладах в Петроград и Омск на многочисленные случаи расстрелов и убийств. При этом из Томска просили дополнительный чешский батальон для охраны тюрем и лагерей.
Условия заключения здесь для арестантов были достаточно суровы: за 1918 год в губернской тюрьме Томска умерло 160 заключённых и 4 ребёнка. Не улучшилось положение заключённых и в последующем. В значительной степени это объяснялось огромным потоком заключённых, проходившим через указанную тюрьму. За 11 месяцев 1919 года через неё пройдёт около 5000 человек, а через томское арестантское отделение № 1 — ещё около 1500 человек.
2 июня подразделениями чехословацкого корпуса был захвачен г. Курган. В городе также зафиксированы расправы с советскими работниками. Так, был избит до смерти член местного ревтрибунала Бужман. Под Курганом войсками чехословацкого корпуса было повешено 13 рабочих и 500 арестовано, что подтверждали перехваченные белые телеграммы. Из города удалось вырваться красному отряду под руководством Д. Е. Пичугина. Однако через несколько дней отряд Пичугина был разбит, а сам он захвачен в плен и расстрелян 23 июня 1918 года между деревнями Кошкино и Белый Яр Белозерского района.
