«Алексей Михайлович находился в крайне возбуждённом состоянии, нервно ходил из угла в угол, в своей каюте на „Кречете“. Затем, остановившись, сказал прерывающимся от волнения голосом: „Сегодня, 21 мая, Беренс сообщил мне секретную резолюцию Троцкого, которую он наложил на моём последнем донесении. Вы понимаете, что он предлагает мне, русскому морскому офицеру? Составить списки лиц, которым должны быть поручены работы по уничтожению судов, для выплаты им денежных наград за удачное выполнение взрывных работ. Значит, я должен вербовать этих Иуд Искариотов и обещать каждому за его грязное дело тридцать сребреников! И ещё: усиленно проповедуя необходимость коллегиального обсуждения всех подлежащих решению важных вопросов, он почему-то в данном случае не доводит его до сведения Совкомбалта, понимая, очевидно, что это вызовет бурю негодования. Он замыкает его только на меня с тем, чтобы в случае необходимости сказать: „Товарищи, да это подлое дело рук одного Щастного!“ Поэтому я прихожу к убеждению, что в Брестском мирном договоре имеется тайный пункт об уничтожении флота, который и объясняет настырность Троцкого в этом вопросе…“»
Возмущение командующего понятно — ему было предложено собственноручно уничтожить флот, который только что был им спасён. Версия о секретных протоколах к Брестскому миру, подразумевавших расплату с немцами в том числе кораблями флота, в эти дни активно обсуждалась в Петрограде. Ходили слухи, что корабли будут взорваны фиктивно, с минимальными повреждениями (для чего якобы и создавали спецкоманды), после чего кайзеровский флот легко войдёт в гавань и поднимет их. В это верили, а большевиков после подписания сепаратного мира почти открыто называли немецкими ставленниками.
Для спасения флота Щастный решил придать приказ гласности, и на следующий день он просто зачитал его с трибуны III съезда делегатов Балтийского флота со своими комментариями. Съезд принял решение, что корабли можно заминировать и взорвать только после боя с реальным противником, если не будет иного выхода. В Москву к Троцкому отправилась делегация моряков, чтобы лично вручить ему решение съезда. На следующий день Щастный отправил в Морской штаб телеграмму с просьбой об отставке, но она принята не была.
Стоит отметить, что настроение моряков-балтийцев по отношению к большевистскому правительству в эти дни было почти враждебным. Причин на это было много: от заключения «странного» мира с немцами до неспособности наладить снабжение флота. Возвращение кораблей и экипажей стало неприятным сюрпризом для городских властей, они оказалось к этому не готовы. Как раз в мае произошло открытое антибольшевистское выступление в Минной дивизии, моряки которой приняли резолюцию следующего содержания:
«Петроградскую коммуну ввиду её полной неспособности и несостоятельности предпринять что-либо для спасения родины и Петрограда распустить и вручить всю власть морской диктатуре Балтийского флота».
С великим трудом Раскольникову, Луначарскому и другим большевистским лидерам удалось успокоить ситуацию. Кстати, восставшие моряки предлагали Щастному стать диктатором, но он отказался. Позже он сам рассказывал об этом комиссару флота Блохину, который, видимо, передал его слова Троцкому.
27 мая Щастный был вызван в Москву к наркомвоенмору Троцкому. В его кабинете, который помещался в бывшем Александровском военном училище на Знаменке, произошло бурное выяснение отношений. Троцкий стал кричать и бить кулаком по столу, на что Щастный попросил его прекратить истерику и вести разговор в более подобающем тоне. Закончилось всё тем, что Щастный был арестован. Троцкий отправил ВЦИК записку
(«Дело командующего Балтийским флотом А.М.Щастного», М.: 2013): «Уважаемые товарищи. Препровождаю Вам при сём постановлении об аресте бывшего начальника морских сил Балтики Щастного. Он арестован вчера и препровождён в Таганскую тюрьму. Ввиду исключительной государственной важности совершённых им преступлений мне представлялось бы абсолютно необходимым прямое вмешательство в это дело ЦИКа. С товарищеским приветом Л.Троцкий».
На следующий день Президиум ВЦИКа рассмотрел записку и нашёл решение правильным: «Одобрить действия Наркома по военным делам т. Троцкого и поручить т. Кингисеппу в срочном порядке производство следствия и представить своё заключение в Президиум ВЦИКа». Выписка из протокола заседания № 26 есть в деле. Главный следователь Верховного Ревтрибунала РСФСР (Ленин подписал декрет о его создании 28 мая) член ВЦИКа эстонский большевик Виктор Кингисепп приступил к работе.
Щастный сначала был доставлен в Таганскую тюрьму, но вскоре туда явилась делегация балтийских матросов, требовавших немедленно выпустить «народного адмирала». Тогда его срочно перевели в Кремль, где была оборудована специальная отдельная камера.
Из письма начальника Таганской тюрьмы Юревича писателю М.Корсунскому:
