Ещё более обострились отношения между большевиками и левыми эсерами после введения чрезвычайных мер в области заготовок продовольствия. В июне 1918 года намечался созыв очередного III губернского съезда Советов. Левые эсеры от имени губисполкома заявили о намерении созвать свой съезд. Большевики попытались его сорвать, используя своё влияние в уездных органах власти. В результате таких действий на эсероский «съезд» прибыло очень небольшое число делегатов с мест. Объявлять их съездом не имело смысла, и левые эсеры заявили о готовности участвовать в работе III съезда Советов.
III губернский съезд Советов начал свою работу в Ярославле 2 июля 1918 года. Левые эсеры оказались на съезде в меньшинстве, но потребовали себе половину мест в президиуме и пост председателя губисполкома. Большевики предложили им одну треть мест в соответствии с тем числом мандатов, которые имели левые эсеры на съезде. Не согласные с такой расстановкой сил, левые эсеры покинули съезд и избрали свой губисполком.
Большевики на съезде также избрали свой губисполком, председателем которого стал С.М.Нахимсон. Таким образом в результате полного раскола между большевиками и левыми эсерами в губернии сложилось некое двоевластие. До мятежа оставалось всего несколько дней…
Ненормальной была обстановка и в самой большевистской организации. Между коммунистическими фракциями губисполкома и городского Совета возник конфликт, в основе которого лежала проблема разграничения властных полномочий. «Кто главнее — губисполком или городской Совет?» — так можно было кратко определить суть конфликта.
Конфронтация приняла затяжной характер. Последовала серия взаимных обвинений, причём не только политических, но и в пьянстве, моральном разложении. Слухи об этом ходили по городу, будоражили население. Осознавая опасность такого положения, ЦК РКП (б) направил в Ярославль своего представителя С.М.Нахимсона, который должен был разобраться в случившемся. Изучив обстановку, он докладывал в ЦК: конфликт зашёл так далеко, что «коммунисты фракции губисполкома и городского комитета партии арестовывают друг друга» и в Ярославль необходимо направить представителя ЦК с широкими полномочиями. Таким представителем ЦК определил самого С.М.Нахимсона. С его помощью договорились о разграничении полномочий. Конфликт был погашен, но его последствия сразу исчезнуть не могли.
Пока власти разбирались между собой, экономическая и политическая ситуация в городе ещё более ухудшилась. К этому следует добавить, что по-настоящему боеспособных вооружённых сил в городе, да и в губернии, практически не было. С начала 1918 года в губернии расформировывалось более 80 воинских частей старой армии. В феврале начали формировать 1-й Советский полк, вскоре — 2-й Советский полк. Накануне мятежа общая численность частей Красной армии составляла в Ярославле примерно 1400 чел., в Рыбинске около 700 чел. Но в гарнизонах царил разброд, падала дисциплина. По признанию командования 1-го Советского полка, караульная служба была поставлена из рук вон плохо, солдаты на постах сидели, курили. Патрули на улицах одеты были неряшливо, винтовки носили кто как хочет и т. п. По существу, у ярославских властей под рукой не было боеспособных частей, на которые можно было бы положиться в случае обострения ситуации.
В целом социально-экономическую и политическую ситуацию в Ярославской губернии, и особенно в Ярославле, к июлю 1918 гда. можно охарактеризовать как глубокий кризис. Продолжался спад производства. Власть теряла авторитет и почти не контролировала ситуацию. Старая армия развалилась, новая ещё не была создана. Среди населения, измученного хроническими продовольственными трудностями, преобладали настроения апатии и пессимизма.
И руководители мятежа выбрали исключительно благоприятное время для вооружённого выступления против коммунистической власти. Историки обнаружили немало новых документов, которые убедительно подтверждают: ярославский мятеж не был случайным стечением обстоятельств. Он целенаправленно и заблаговременно готовился определёнными политическими силами, которые поставили перед собой цель — свергнуть советский режим.
Как показывают документы, ещё в январе полковник А.П.Перхуров вместе с группой офицеров Добровольческой армии был тайно направлен руководством армии в Москву для организации переброски бывших офицеров на Юг, в расположение Белой армии. Когда эта деятельность была нейтрализована чекистами, Перхуров по прямому указанию командования Добровольческой армии примкнул к «Союзу защиты Родины и свободы», подпольной антибольшевистской организации, которую возглавлял Б.В.Савинков. В штабе Белой армии тогда считали, что Савинков представляет «единственную реальную силу на Севере России, враждебную большевизму».
Белые офицеры вошли в контакт с Савинковым и были направлены им в Ярославль для подготовки там вооружённого восстания против Советов.
