Азербайджанская и армянская общины друг друга, мягко говоря, недолюбливали. Азербайджанцы проявляли больше лояльности Российской империи, армяне тяготели к национально-революционной партии «Дашнакцутюн», большевикам и эсерам, что проявилось в 1905–1907 годах. Тогда в Баку и Нахичевани произошли армянские погромы, по утверждению немецкого историка Йорга Баберовски, при попустительстве властей. В нефтяной столице вращались шальные деньги и масса оружия, процветал рэкет, магнаты содержали частные армии. Банды строго делились по этническому признаку. При этом армянские «маузеристы», в отличие от азербайджанских «гочи», подводили под свою деятельность политическую базу.
Летом 1917 года власть в городе перешла в руки Бакинского совета, в котором доминировали дашнаки, большевики и левые эсеры. Азербайджанская партия «Мусават» оказалась в меньшинстве, мнение её фракции игнорировалось.
По данным советского историка Якова Ратгаузера, председатель Совета армянский большевик Степан Шаумян называл азербайджанцев «народом, незрелым в революционном отношении».
Чувствуя слабость своих позиций, местные большевики пошли на альянс с дашнаками. Сформированные ими части Красной армии на 70 % состояли из этнических армян, а командовал ими бывший царский полковник Аветисов, после революции вступивший в «Дашнакцутюн». Азербайджанские же национал-демократы и, тем более, гастарбайтеры из Персии, работавшие на бакинских нефтяных промыслах (в Баку и окрестностях города их насчитывалось до 70 тысяч) советскую власть не признавали, и потому Совет мало учитывал интересы мусульманского населения.
Азербайджанцы принялись вооружаться, как они утверждали, для самообороны.
Американский историк Майкл Смит пишет, что бакинские армяне помнили резню соотечественников в Османской империи в 1915 году и чувствовали себя зажатыми между наступавшими на Закавказье после развала русской армии турками и недружественным азербайджанским населением, а те ждали турок как освободителей. Напряжённость росла.
К 26 марта Бакинский совет распространил свою власть почти на все районы вдоль побережья Каспийского моря от Порт-Петровска (ныне Махачкала) до Ленкорани близ границы с Персией, что настроило против него мусульманское население. Поводом же для столкновений стали похороны застреленного неизвестными сослуживцами Мохаммеда Тагиева, офицера «Дикой дивизии» (кавалерийской части бывшей царской армии, сформированной из добровольцев-мусульман), сына азербайджанского миллионера Гаджи Зейналабдина Тагиева.
27 марта 1918 года на пароходе из Ленкорани приплыли 50 офицеров и солдат сформированного Мусульманским национальным комитетом конного дивизиона, чтобы принять участие в похоронах. На следующий день ленкоранцы хотели отплыть восвояси, но Шаумян приказал разоружить их в порту.
Азербайджанцы расценили это как издевательство над горем Тагиева-отца и возмутились тем, что Бакинский совет не предъявил аналогичных требований вооружённым формированиям «Дашнакцутюна».
На улицах Баку появились баррикады, на помощь прибыли ветераны Кавказской туземной конной дивизии. Представители совета, посланные в порт для их досмотра, были обстреляны.
Азербайджанский историк Айдын Балаев считает действия Шаумяна абсолютно незаконными и неспровоцированными, британский исследователь Питер Хопкирк, в целом соглашаясь с такой оценкой, находит, что реакция азербайджанской стороны тоже была не вполне адекватной.
30–31 марта на квартире видного большевика Наджафа Нариманова, азербайджанца по национальности, состоялись переговоры между Шаумяном и лидером «Мусавата» Мамедом Расулзаде. Дело шло к мирному соглашению, но тут стало известно об обстреле красноармейского патруля на Шемахинской улице.
Хотя виновники инцидента установлены не были, Шаумян прервал переговоры и распорядился начать масштабные боевые действия. В донесении в Москву он не скрывал своих мотивов: «Мы воспользовались поводом и открыли наступление по всему фронту. У нас были уже вооружённые силы — около 6 тысяч человек. У „Дашнакцутюн“ имелось также 3–4 тысячи из национальных частей, которые были в нашем распоряжении. Участие последних придало отчасти гражданской войне характер национальной резни, но мы шли сознательно на это», — писал он.
31 марта в городе разгорелись ожесточённые бои между отрядами Дикой дивизии и Бакинского совета. У большевиков причём был не только численный перевес — на их стороне выступили также матросы Каспийской флотилии, которые поддержали красных корабельной артиллерией. На этом фоне в городе и окрестностях начались массовые расправы над мирным населением.
Большевики и дашнаки развернули наступление на азербайджанские кварталы при поддержке аэропланов и корабельной артиллерии Каспийской флотилии. Плохо вооружённые и организованные азербайджанские формирования оказать сопротивления не смогли.
Шаумян признавал, что решающую роль сыграли дашнаки, хотя видный бакинский большевик, впоследствии член политбюро ЦК КПСС Анастас Микоян в своих воспоминаниях утверждал, что те берегли себя и вступили в бой к шапочному разбору.
