Уже вечером 31 марта «Мусават» согласился признать Бакинский совет единственной властью в городе, а на следующий день на окнах азербайджанских домов появились белые флаги. 2 апреля Совет объявил об окончании операции, но убийства и грабежи продолжались ещё три дня.
По единодушной оценке исследователей, основная ответственность за кровопролитие лежала на дашнаках, но большевики использовали межнациональную рознь в своих интересах и не сделали ничего, чтобы остановить насилие — то ли считали его полезным для устрашения, то ли вообще мало ценили человеческую жизнь.
«Наиболее трагические события развернулись после принятия ультиматума», — указывает американский историк Тадеуш Свейтеховский.
«Армяне, увидев, что их старинные враги бегут, теперь жаждали мести. Бои продолжались до тех пор, пока практически всё мусульманское население не было изгнано или вырезано. 5 апреля значительная часть города была ещё в огне, а улицы заполнены убитыми и ранеными, которые практически все были мусульманами», — повествует Питер Хопкирк.
По свидетельству британского вице-консула в Баку майора Макдоннела, в городе «не осталось ни одного сколько-нибудь важного мусульманина».
Азербайджанские погромы произошли также в Шемахе, Кубе и других городах и сёлах, куда Бакинский совет направил отряды «устанавливать советскую власть». В 2007 году при строительстве стадиона в Кубе было обнаружено массовое захоронение 400 человек.
Шаумян говорил о трёх тысячах погибших, современный российский историк Андрей Буровский — о 10 тысячах.
Глава бакинских большевиков не нашёл для погромщиков ни слова осуждения, хотя, как напоминает Тадеуш Свейтеховский, ранее сурово критиковал царское правительство за игру на межнациональных противоречиях. «Результаты боёв, блестящие для нас», — заявил он.
По словам Майкла Смита, «большевики открыто признали свою неспособность предотвратить устраиваемые дашнакскими формированиями антимусульманские погромы, которые распространились и на близлежащие города и сёла».
Масштабы и подробности той трагедии до сих пор являются предметом исторических исследований. Как такового расследования ЧП не проводилось, а пришедшие позже к власти большевики замалчивали и фальсифицировали изложение тех событий (причём в разное время — в виде разных версий), представляя произошедшее как контрреволюционный мятеж. По разным оценкам, в эти дни в Баку погибло от 5000 до 120000 человек.
1 апреля на домах в азербайджанских кварталах были вывешены белые флаги. Руководство Бакинского совета, закрепившего свою власть над городом, согласилось на перемирие, предусматривавшее сдачу азербайджанцами оружия, но убийства и погромы мусульман продолжались ещё несколько дней, распространились на город Губа (на севере Азербайджана). Прекратились погромы только после вмешательства тех же моряков Каспийской флотилии, которые, поняв, чем обернулись действия Бакинского совета, пригрозили выйти из его подчинения.
27 апреля победители провозгласили в городе и губернии Бакинскую коммуну.
25 июля, после того как турецкая армия развернула наступление на Баку, дашнаки, эсеры и меньшевики в городском совете проголосовали за обращение к воевавшей с Турцией Британии с просьбой о военной помощи. Большевики отказались иметь дело с «империалистами», но остались в меньшинстве.
1 августа власть взяло новое правительство, сформированное дашнаками и эсерами — «Диктатура Центрокаспия».
4 августа по приглашению «Диктатуры Центрокаспия» из иранского порта Энзели прибыл отряд генерала Лионела Денстервиля в составе 1000 человек, одной артиллерийской батареи, трёх броневиков и двух аэропланов для защиты города от турок и союзной им Кавказской исламской армии. Потеряв в боях с турками и азербайджанскими добровольцами 189 человек, англичане 14 сентября отплыли на кораблях в Тебриз.
17 сентября в Баку вошли турки. Партия «Мусават» провозгласила Азербайджанскую Демократическую Республику.
В отместку за мартовские события победители устроили в Баку армянский погром, жертвами которого, по данным профессора Йельского университета Фируза Каземзаде, стали 5248 жителей города и около полутора тысяч армянских беженцев из других частей Азербайджана.
После поражения Турции в мировой войне правительство АДР переориентировалось на Лондон. 17 ноября англичане вернулись в Баку, где оставались до 15 августа 1919 года. Воевать им на сей раз было не с кем. Красная армия вошла в город 28 апреля 1920 года.
Руководителей бакинской коммуны, в том числе Шаумяна, «Диктатура Центрокаспия» посадила в тюрьму и собиралась судить. Во время штурма города турками 14–15 сентября они в суматохе смогли бежать и отплыли на корабле в Астрахань, но причалили в Красноводске: по одним данным, из-за недостатка топлива, по другим — моряки не пожелали их спасать.
