Всё началось с печальных событий в Шотландии и королева вспоминает, что однажды вечером 1637 года муж принёс ей экземпляр нового молитвенника, который намеревался навязать шотландцам. Мнение королевы об этой «Книге Лода» (по имени архиепископа Кентерберийского), конечно, было неблагоприятым. С ней полностью была согласна Дженни Геддес, шотландская рыночная торговка, которая, как утверждают, 23 июля 1637 года бросила табурет в голову Джеймса Ханнея, декана Эдинбургского университета, в соборе Сен-Джайлза в Эдинбурге в знак протеста, когда тот начал зачитывать отрывки из нового молитвенника. Считается, это этот акт спровоцировал беспорядки в Шотландии, которые привели к войнам Трёх королевств или гражданской войне в Англии.
Генриетта Мария приписывала все последующие несчастья своей жизни «этой роковой книге» и злодейству Ришельё, которого она обвиняла в том, что он разжёг недовольство в Лондоне раздачей крупных сумм денег. Ей как раз пришло время родить седьмого ребёнка и в тот раз удача отвернулась от неё, несмотря на поддержку матери. После долгих мучений она родила дочь, которая умерла в течение получаса. Но прежде, чем «его драгоценность» полностью оправилась от родов, Карлу I пришлось отправиться на войну, чтобы усмирить мятежных шотландцев. Из-за чего королева затаила обиду на Шотландию, которая отняла у неё мужа в то время, когда она так сильно в нём нуждалась. Ведь прежде они не разлучались больше, чем на несколько дней. Генриетта Мария ещё не знала, что это расставание было первым из многих, и что каждое последующее отсутствие короля продлится на более длительный период.
В феврале 1638 года шотландцы открыто бросили вызов королевской власти, подписав Шотландский национальный пакт. Отныне церковь там стала пресвитерианской, управляемой исколючительно местными собраниями служителей и старейшин.
Только с помощью огромной армии можно было навязать шотландцам свою волю, а Карл I был беден. Генриетта Мария обратилась за финансовой помощью к английским католикам, но собрала слишком мало средств. В начале 1639 года на северо-востоке Шотландии произошла небольшая стычка между двумя сторонами, после которой Карл I поспешил вернуться в своей жене, преодолев за четыре дня двести шестьдесят миль.