Царь-мученик внес живую струю в религиозную и церковную жизнь России. В его царствование состоялись прославления: в 1896 году — святителя Феодосия (Углицкого), архиепископа Черниговского († 1696); в 1897 году — святого мученика Исидора, пресвитера Юрьевского, и совместно с ним 72 его пасомых, утопленных в 1472 году в р. Омовже римо-католиками за стойкое исповедание Православной веры; в 1903 году — преподобного Серафима Саровского († 1833); в 1911 году — святителя Иоасафа Белгородского († 1754); в 1913 году — святителя Ермогена, Патриарха Московского, умученного поляками († 1612); в 1914 году — святителя Питирима, епископа Тамбовского († 1698); в 1916 году — святителя Иоанна, митрополита Тобольского († 1715). В 1910 году состоялось торжественное перенесение из Киево-Печерской Лавры в Полоцк мощей преподобной Евфросинии, княжны Полоцкой († 1173)[69].
Усилилась миссионерская деятельность. В июле 1908 года в Киеве состоялся Всероссийский миссионерский съезд, на котором обсуждались меры борьбы с проникшей в Россию из Соединенных Штатов в 80-х годах прошлого столетия иудействующей сектой «адвентистов седьмого дня». Эта секта возникла в немецких колониях Таврической губернии и к 1901 году насчитывала 137 общин с 13 проповедниками. Одновременно на съезде обсуждались средства борьбы с развивавшимся атеизмом и социализмом, как с глубоко материалистическими воззрениями. В 1909–1910 учебном году в курс преподаваемого в Духовных семинариях нравственного богословия был введен особый отдел «разбора и опровержения социализма».
Очень успешно работали наши православные миссии в Китае, в Японии и в Святой земле. При Православной миссии в Иерусалиме было учреждено существующее и поныне Императорское Палестинское Общество[70]. Это общество благодаря притоку средств из России, в том числе сборов, производившихся по распоряжению Святейшего Синода во всех церквах России в Неделю Ваий (Цветную), организовывало дешевый проезд паломников в Святую землю, принимало на себя все заботы о них в странноприимных домах и гостиницах, создало целый ряд врачебных заведений, в которых оказывалась помощь как местному населению, так и паломникам. По отчету Общества за 1901/2 год в одной только Иерусалимской больнице насчитывалось 10 733 больничных дня, а в пяти амбулаториях была подана врачебная помощь 110 000 пациентам с бесплатным отпуском лекарств. В 1903 году имелись мужская и женская учительские семинарии, и, кроме того, в Палестине и Сирии имелось 87 русских православных школ при 10 225 учащихся и 417 учебного персонала.
Росло храмостроительство, и редко в каком храме не имелось пожертвований, сделанных мучениками — Царем и Царицей. В царствование Императора Николая II и главным образом на деньги, им пожертвованные, были сооружены храмы в Нью-Йорке, в Буэнос-Айресе, в Каннах, в Штутгарте, в Карлсбаде, в Меране, в Вене, в Гамбурге (два), в Киссингене, в Герберсдорфе, во Флоренции, в Мариенбаде, в Бад-Наугейме, в Бухаресте, в Ницце и Лейпциге. Были введены жалованье и пенсии для духовенства. Росло книгопечатание церковных и религиозных книг. Расширялась церковная и религиозно-нравственная пресса. В каждой епархии к концу царствования Императора Николая II издавались «Епархиальные Ведомости». Число церковноприходских школ, семинарий духовных и епархиальных — закрытых среднеучебных женских заведений для дочерей духовенства — быстро росло. К 1 января 1917 года Святая Православная Русская Церковь возглавлялась 4 митрополитами и 64 епархиальными архиереями, при которых состояло 40 викарных епископов. Число православных с 15 миллионов при Императоре Петре I возросло до 115 и более миллионов к концу царствования Императора Николая II. В 1908 году в России имелось 51 413 церквей.
В 1901 году был Высочайше учрежден Комитет попечительства о русской иконописи, целью которого было изыскание мер к обеспечению развития русской иконописи. В 1913 году в Москве на Варварке была устроена выставка древних икон. «Организованная в 1913 году, — пишет историк царствования Императора Николая II Ольденбург, — в Москве Романовская церковно-археологическая выставка, устроенная в Чудовом монастыре, и выставка древнерусского искусства Императорского Археологического Института дали возможность широким русским кругам познакомиться с русским искусством XIV–XVII веков, которое так ценил Государь. Художественное значение русской иконописи впервые получило должную оценку. „Эти выставки (отмечал кадетский „Ежегодник Речи“) — самое крупное событие в русской художественной жизни за последние годы“» (