2-я армия Восточного фронта Советов, куда приехал Шорин, была аморфным образованием, почти небоеспособным соединением из нескольких партизанских отрядов, оторванных от штаба (начальник Д.М. Афанасьев), окружённых белочехами и колчаковцами, плохо снабжаемых и морально разложившихся. Фактически армии не было, а был только номер армии. Шорин со своим характером так взялся за дело, что Реввоенсовет (РВС) армии сразу выдвинул его в командующие. С сентября 1918 года Василий Иванович в своей военной должности в дальнейшем ниже командарма не опускался.
Сравнительно быстро удалось сформировать две дивизии, куда вошли свежие полки и боеспособный отряд Азина. Шорин в деле организации армии бывал суров, резок, наказывал за расхлябанность, головотяпство, партизанщину. Не всем это нравилось, но вскоре поняли его как командующего и приняли как своего, особенно рядовые красноармейцы. С осени 1918 года он подтвердил своё прозвище «ударный командарм», проявляя неукротимое стремление к победе, а воистину полководческий талант способствовал её достижению.
Способности командарма Василий Шорин ярко проявил в проведении Ижевско-Воткинской операции, когда РСФСР из-за мятежа «Союза фронтовиков» лишилась уральских оружейных заводов, и Красной Армии пришлось зимой 1918—1919 годов проводить Пермскую оборонительную операцию на Восточном фронте против генерала Р. Гайды. Прорвать оборону белых удалось сочетанием атаки по фронту с обходным маневром, причём меньшими силами. Шорин награждается орденом Красного Знамени — высшим тогда орденом РСФСР.
Озабоченный неудачными действиями соседней 3-й армии (командующий М.М. Лашевич) Ленин посылает для разбора ситуации И. Сталина и Ф. Дзержинского. Здесь Шорин впервые встретился с будущим диктатором, докладывая ему сложившуюся обстановку. В результате инспекции 3-й армией стал командовать С.А. Меженинов, а 2-я и 3-я армии были объединены в Северную группу под общим командованием Шорина.
В мае—июне проводилась Пермская наступательная операция, армия колчаковского генерала Гайды была отброшена за Каму, взяты города Кунгур и Пермь, созданы условия для захвата всего Северного Урала. Шорин показал себя здесь полководцем такого же ранга, как и командующий Южной группой Михаил Фрунзе, однако последний гремел во всех учебниках истории СССР, а имя Шорина замалчивали. К июлю 1919 года весь Урал был очищен от войск Колчака.
К лету 1919 года главной опасностью для большевиков стал Деникин. Для борьбы с ним организуется Южный фронт, в составе которого воевала Особая группа из 9-й, 10-й и 11-й армий под командованием Василия Шорина, способности которого как «ударного командарма» очень устраивали центральную власть. Согласно плану контрнаступления против Добровольческой армии Деникина Особая группа Шорина должна была наносить удар из района Камышина, Балашова, Царицына в направлении на Новочеркасск с целью выхода на Дон и Кубань.
Контрнаступление красных началось 15 августа, длилось около месяца, но успеха не принесло: Добровольческая армия остановила группу армий Шорина на Дону и под Царицыном. Главной причиной неудач Красной Армии был прорыв конницы Мамонтова (примерно 10 тысяч сабель), которая умело ударила в тыл фронта и устремилась далее в тылы красных, взяв Новохопёрск, Козлов, Тамбов, Елец, отрезав штаб Шорина от штаба Южного фронта. Другой причиной явилась нехватка резервов у Шорина: они состояли из единственной 66-й стрелковой дивизии и конного корпуса Семёна Будённого, что было недостаточно для отпора Деникину. Партийная литература, однако, главной причиной называла действия Троцкого, который своим неверием в план борьбы с Деникиным вселял в войсках неуверенность в победу.
В сентябре 1919 года конный корпус Шкуро, стремясь соединиться с конницей Мамонтова, внезапно ударил в стык 8-й и 9-й армий красных на воронежском направлении. 1 октября белые взяли Воронеж, ещё ранее ворвались в Курск. Впереди была Москва. Это был пик побед Добровольческой армии и время неудач красных. На карту была поставлена судьба РСФСР.
Началось формирование и переброска на юг свежих сил, усилилась партийная работа в армии, в тылу, в подполье. 24 сентября 1919 года РВС Республики разделил Южный фронт на два: Юго-Восточный (командующий В.И. Шорин, члены РВС И.Т. Смилга, В.А. Трифонов) и Южный (командующий А.И. Егоров, член РВС И.В. Сталин).
В эти дни произошёл инцидент, который потом сильно ударил по Шорину. При разделении фронтов Шорин решил оставить за собой конный корпус Будённого. Об этом стало известно Ленину. Поскольку вождь не отличался вежливостью и не выбирал выражений, то в телеграмме Смилге он допустил в адрес Шорина выражение «жульничает», имея в виду корпус Будённого, и косвенно обвинил командующего в пассивности при оказании помощи соседу. Телеграмма не изменила ситуации, так как в чисто военные дела даже Ленину не позволено было вмешиваться, поэтому он и телеграфировал комиссару. Но в 1938 году эта телеграмма жизнь Шорину попортила. Позднее выяснилось, что решение Шорина было лишь выполнением приказа главкома С.С. Каменева.
