Четыре года спустя (все на ту же юношескую тему) "молодий учений подав на розгляд історико-філологічного факультету магістерську дисертацію "Вопрос об историческом значении Римской империи и Тацит"… Висловивши свої зауваження, перший опонент утримався від загальної оцінки роботи. Це зробив другий опонент — Модестов. "Сочинение, — підсумував він, — относящееся так легко к источникам и лишенное научных приемов, не может быть названо ученым сочинением". Магістерський диспут Драгоманова проходив за активної участі численної університетської та позауніверситетської публіки. Своїми репліками вони демонстрували підтримку молодого вченого. Проте слід визнати, що сам дисертант у своїх відповідях на "возражения" не завжди виявляв високий професійний рівень. Зрештою під тиском критики першого опонента він несподівано заявив, що праця не планувалась як "ученое исследование", а "писалось для большинства публики". Однак справа з дисертацією завершилася загалом успішно: історико-філологічний факультет визнав "защищение ее удовлетворительным". Невдовзі міністр народної освіти затвердив Михайла Петровича магістром загальної історії. Тож бачимо, що факультет підтримав молодого вченого, хоча огріхи роботи для всіх науковців були очевидні… Полемічно загострюючи деякі питання досліджуваної проблеми, Драгоманов… нерідко був наївним у її вирішенні, покладаючись більше на інтуїцію, ніж на грунтовне знання джерел. Ідейний учень Михайла Петровича справедливо характеризував його магістерську дисертацію як "юнацьку роботу". Последняя оценка принадлежит известному ученому Богдану Кистяковскому, поэтому не доверять ей нет оснований. Впрочем, кроме этой научно-популярной "юношеской работы", которая не планировалась как "ученое исследование", а "писалось для большинства публики", ничего более солидного на темы древней истории "молодой ученый" так никогда и не написал.
Скандалы всегда сопровождали Драгоманова по жизни. "Магістерський диспут приват-доцента не дістав би широкого розголосу, якби не "С.-Петербургские ведомости". Через десять днів після захисту дисертації в газеті з’явилася анонімна кореспонденція, яка подала захист наукової праці як подію загальнополітичного звучання… Наголошувалося на тому, що "диспут прошел под влиянием толпы", а це означало: долю Драгоманова вирішила не наука, а громадська думка. Втручання преси об’єктивно принизило авторитет Драгоманова як ученого… Драгоманов вирішив вступити в полеміку зі своїми науковими опонентами через пресу. В "С.-Петербургских ведомостях" з’явився його лист до редактора під заголовком "Старые критики", у якому опоненти звинувачувалися в тому, що не зрозуміли самого предмета дисертаційної роботи, який закладений у самій її назві. Газета своєю кореспонденцією спровокувала дисертанта на порушення академічної етики, згідно з якою суперечки сторін вважалися закінченими після присудження по-шукачеві вченого ступеня. Поведінка Драгоманова налаштувала проти нього частину київської професури. Перший опонент опублікував свій попередній відгук на дисертацію приват-доцента в "Университетских известиях", а потім з’явилася його критична стаття в "Русском вестнике". Протистояння перейшло на новий рівень, коли серед згаданих опонентами осіб з’явилося прізвище М. Чернишевського. Але це вже окрема тема".
Современные украинские драгомановеды (среди которых и известный политический деятель Н. Томенко) не желают компрометировать Драгоманова и на фамилии известного революционера Чернышевского скромно умолкают. Не цитируют они и критику в адрес тридцатилетнего "молодого ученого". "Із наведеного вище необхідно вивести принаймні одне застереження. А саме: бачення М. Драгомановим перебігу таких ключових для нього подій, як встановлення міністерського нагляду, захист магістерської дисертації, значно відрізняється від того, що було насправді. Ми не маємо змоги детально розглянути причини його звільнення з Університету Св. Володимира, порівнявши реакцію Михайла Петровича з наявними в архіві Міністерства народної освіти документами…" Учитывая его экстраординарное самолюбие, можно предположить, что реакция "молодого ученого" была неадекватной.
