1 декабря 1943 года атаман был арестован и помещен в концлагерь Заксенхаузен, в один блок со своим политическим оппонентом С. Бандерой. Украинские националы в концлагере не носили полосатых одежд и не голодали. Их содержание было строгим, но хозяйственные немцы «хранили» своих потенциальных союзников до первой необходимости.
Перед арестом Бульбу укрывал у себя в ставке руководитель контрразведывательного органа «Зондерштаб Россия» Б. А. Хольмстон-Смысловский (фон Регенау). Из-за этого впоследствии он был репрессирован, но находившаяся в его распоряжении агентурная сеть, в услугах которой остро нуждалось немецкое командование, позволила быстро обрести свободу и укрепить свое положение. Агентурная сеть Смысловского также распространялась и на воинство Бульбы-Боровца, и отряды мельниковцев. В местечке Обераммергау (Бавария) в подчинении Смысловского функционировала специальная школа по подготовке радистов для отрядов УПА под общим руководством полковника Петро Дьяченко, одновременно являвшегося руководителем резидентской области «Зондерштаба-Р» и функционером УН К. По неподтвержденной информации, в 1944 году в одной из спецшкол Смысловского пребывал руководитель Варшавского восстания генерал Бур-Коморовский.
В 1944 году немцы поместили в Заксенхаузен полковника Мельника. Пребывание украинских лидеров под арестом продолжалось вплоть до октября 1944 года, когда немцам стало понятно, что войну они уже проиграли.
Тараса Бульбу-Боровца немцы освободили из лагеря первым как украинского «вождя», объявлявшего своим первым врагом Советы и желавшим контактов с немцами. После первых переговоров с ним ведомство Гиммлера оставило план возведения Боровца в ранг украинского вождя, ибо Гиммлер сделал окончательную ставку на Власова, а Розенберг справедливо полагал, что Боровец не пользуется популярностью среди украинской эмиграции в Германии.
Т. Боровцу было предложено вступить в контакт со штабом генерала Власова, на что атаман дал резкий отрицательный ответ. Власов для украинских лидеров являлся жупелом российской имперско-колониальной политики:
