По свидетельству главного инженера комбината Е. И. Микерина, медицина настаивала на закрытии и переносе всего производства, что было равнозначно остановке работ по получению оружейного плутония. Понимая роль и значение комбината в создании ядерного щита страны, его руководство, не дожидаясь столичных указаний, немедленно приступило к ликвидации последствий аварии. Люди тоже понимали свою долю ответственности и без громких призывов, в напряжённом рабочем ритме проявляли обыкновенный массовый героизм. На территории комбината, ни на день не прекратившего работу, повсеместно мыли водой из шлангов здания, оборудование, дороги и город тоже; меняли грунты. Мойка продолжалась год, потоки радиоактивной воды сливались в озеро Карачай. Городская баня работала круглосуточно и без выходных. Микерин писал в воспоминаниях, что в те годы на комбинате насчитывались тысячи профессиональных больных, получивших как внешнее, так и внутреннее облучение, из которых половина не доживала до пенсии. Кадров всегда не хватало, поскольку их постоянно выводили в «чистую зону». Работало много сотрудниц химических специальностей и выпускниц челябинского ремесленного училища, потому как мужчин выбила война. Они исполняли функции самописцев, фиксируя показания приборов, датчики которых были установлены на реакторах. Факт аварии был засекречен, а санитарная зона отчуждения объявлена Восточно-Уральским государственным заповедником, в котором и сегодня ведутся научные работы. ВУРС превратился в ВУГЗ. Над устранением последствий аварии годами работали десятки тысяч ликвидаторов. Через неделю после Кыштымской аварии началось отселение из заражённых посёлков, которое продолжалось два года. Двадцать три населённых пункта снесли с лица земли, за утрату имущества людям на месте выплачивали суммы причинённого ущерба. По воспоминаниям свидетелей событий, урожай овощей сваливали в траншеи и засыпали землёй. Было выселено тринадцать тысяч человек, скот уничтожали. Тема ликвидации последствий аварии легла в основу стихотворения О. П. Пенькова «Челябинск-40» (печатается в сокращении):
