Обвинителем выступил и считавшийся в среде ссыльных глубоко порядочным и интеллигентным Игорь Александрович Коротнев. Он заявил, что еще в Семипалатинске получил устные инструкции от А.Р. Гоца об организации левоэсерского подполья. Переезжая в Уфу, он якобы заручился «рекомендательным письмом» ссыльного левого эсера Т.Р. Азарченко к Спиридоновой для того, чтобы выполнить поручение Гоца, сделав Спиридоновой и Майорову предложение об объединении. Они, естественно, такое предложение с энтузиазмом приняли.
В уфимской тюрьме с Марией обращались жестоко и цинично. 3 ноября 1937 года, после девятимесячного заключения, Спиридонова написала открытое письмо в секретный отдел НКВД о творимых беззакониях.
«Когда удавалось узнать у меня какое-нибудь особо чувствительное или „нетерпеливое“ место в психологии, на него нажимали втрое, вчетверо. Так, например, после некоторых трудных происшествий со мной в царском застенке в начале 1906 г. у меня остался пунктик непримиримого отношения к личному обыску. Надо отдать справедливость и тюремно-царскому режиму и советской тюрьме: до этого своего ареста я после тех (1906 г.) событий все годы долголетних заключений была неприкосновенна, и мое личное достоинство в особо больных точках не задевалось никогда. В царское время всегда я чувствовала над собой незримую и несказанную, но очень ощутимую защиту народа, в советское время верхушка власти, старые большевики, со включением ЛЕНИНА, щадили меня и, изолируя меня в процессе борьбы, всегда весьма крепко наряду с этим принимали меры, чтобы ни тени измывательства не было мне причинено. 1937 год принес именно в этом отношении полную перемену и поэтому бывали дни, когда меня обыскивали по 10 раз в один день. Обыскивали, когда я шла на оправку и с оправки, на прогулку и с прогулки, на допрос и с допроса. Ни разу ничего не находили на мне, да и не для этого обыскивали. Чтобы избавиться от щупанья, которое практиковалось одной надзирательницей и приводило меня в бешенство, я орала во все горло, вырывалась и сопротивлялась, а надзиратель зажимал мне потной рукой рот, другой рукой притискивал к надзирательнице, которая щупала меня и мои трусы; чтобы избавиться от этого безобразия и ряда других, мне пришлось голодать, так как иначе просто не представлялось возможности какого-либо даже самого жалкого существования. От этой голодовки я чуть не умерла. Так как та надзирательница тупая и поэтому жесткая и к тому же соответственно почти ежедневно инструктируемая моим следователем была мне особо неприятна при встречах, ее специально приставили ко мне, и она добросовестно и безотдышно отравляла мне жизнь и день и ночь. Ночью иногда больше чем днем. Способы отравлять жизнь в условиях полной подчиненности заключенного его стражнику могут быть разнообразны и неисчислимы».
Мария теряла силы и остатки здоровья. «Эти долгие мучительные ночи, с чем их сравнить?! Они раздирают, рвут сердце на части, — писала революционерка. — Раздутые, нестерпимо нывшие бревнообразные ноги черно-лилового цвета не умещались и в больших ботинках…»
Все было направлено на то, чтобы заставить Спиридонову признаться в «антиправительственном заговоре», морально уничтожить ее. Крайне тяжелые условия пребывания в тюрьме привели к возобновлению цинги. Однако следователь Михайлов обвинил Марию Александровну в притворстве.
«Михайлов — маленький человек. Смесь унтера Пришибеева с Хлестаковым. Большой очень трус, что я проверила не раз. Очень не развит, поражающе не начитан, сужен и сведен своим пятнадцатилетним профессионализмом (ему кажется только 33 года) к чрезвычайному примитивизму в оценке людей и подходе к ним. Весьма исполнителен, не пьет, не курит, изумительно работоспособен, энергичен, перед начальством почтителен и „на вытяжку“, одним словом „усердие все превозмогает“, но со мной у него вышло определенно глупо и неудачно. Карпович умнее, но тоже действует по шаблону. Если бы только они оба так мерзко не ругались, мне это сплошное бдение только бы нравилось, как испытание моих душевных сил, в 52 года, выдерживаемое без запинки в мыслях и поступках, что хоть немного утешало меня в моих горестях, а самый процесс бдения будил во мне оба раза азарт и озорство».
Действительно, в по-настоящему трагических обстоятельствах, имея еще более страшную перспективу, она не «не прогнулась под изменчивый мир», не предалась отчаянью и жалобам, а нашла в себе силы оставаться до конца честной, непредвзято оценивать прошлое, смело прозревать будущее и даже иронизировать.