Несмотря на средневековые крестовые походы и тысячи превратностей, в 1564 году в Германии оставались значительные еврейские поселения, прежде всего во Франкфурте-на-Майне, Гамбурге и Вормсе. Но Реформация скорее усилила, чем умерила ненависть христиан к странному народу, который не мог принять Христа как Сына Божьего. Во Франкфурте евреям запрещалось покидать гетто только по неотложным делам, они не могли принимать иногородних гостей без разрешения магистрата; их одежда должна была иметь особый знак или цвет; на их домах должны были быть отличительные эмблемы, часто гротескные. Подкупом городских чиновников иногда можно было добиться освобождения от этих унижений, но враждебность простых людей была постоянной угрозой для жизни и имущества евреев. Так, в сентябре 1614 года, когда большинство франкфуртских евреев находились на молитве, толпа христиан силой ворвалась в гетто; насладившись ночью грабежами и разрушениями, она заставила 1380 евреев покинуть город без вещей, кроме одежды на спине. Несколько христианских семей приютили и накормили беглецов, а архиепископ Майнца заставил муниципалитет Франкфурта вернуть их в свои дома, возместить убытки и повесить предводителя толпы. 37 Год спустя в Вормсе аналогичное восстание изгнало евреев из города и осквернило их синагоги и кладбища; но архиепископ Вормса и ландграф Гессен-Дармштадтский предоставили изгнанникам убежище, а курфюрст Палатин защитил их возвращение. В целом высшее духовенство и сословия были склонны к терпимости, но низшее духовенство и народные массы легко возбуждались до экстаза ненависти. Старые ограничения, даже ослабленные, всегда висели над головами евреев, а оскорбления и увечья были возможны в любой день. Некоторые ярые христиане отнимали еврейских младенцев от груди их матерей и насильно крестили их. 38 Если бы не было невежества, не было бы и истории.
Тридцатилетняя война оставила евреев Германии относительно невредимыми. Протестанты и католики были настолько поглощены взаимными убийствами, что почти забывали убивать евреев, даже когда те ссужали их деньгами. Император Фердинанд I наложил на евреев Австрии обременительные ограничения и изгнал их из Богемии (1559); но Фердинанд II защитил их, разрешил им в католической Вене построить синагогу и отказаться от значка, а также разрешил возвращение евреев в Богемию. Богемские евреи обязались ежегодно выделять сорок тысяч гульденов на поддержку императорского дела в великой войне. Чтобы успокоить христиан, жаловавшихся на его толерантную политику, Фердинанд II (1630) постановил, что пражские евреи должны каждое воскресенье слушать христианские проповеди, а за прогулы или сон взимались штрафы.
После Вестфальского мира еврейские поселения в Германии быстро расширялись. Эксцессы войны в какой-то мере дискредитировали фанатизм и преследования; сотни евреев приехали из Польши после погромов, последовавших за восстанием казаков в 1648 году. С 1675 по 1720 год Лейпцигскую ярмарку посещали в среднем 648 еврейских купцов в год. Немецкие князья находили применение еврейским навыкам в управлении финансами и организации поставок для армий и дворов. Так, Самуэль Оппенгеймер руководил имперским фискалом во время кампаний, завершавших XVII век, а Самсон Вертгеймер контролировал имперский комиссариат во время войны за испанское наследство. Влияние императрицы Маргариты Терезы, урожденной испанки и вдохновленной иезуитами, на своего мужа Леопольда I привело к изгнанию евреев из Австрии, но великий курфюрст Фридрих Вильгельм принял многих изгнанников в Бранденбурге, и еврейская община в Берлине выросла в одну из крупнейших в Европе.
Начиная с двенадцатого века евреи Центральной Европы развивали свой собственный диалект идиш (юдиш), состоящий в основном из немецких слов с ивритскими и славянскими добавлениями и написанный ивритскими буквами. Грамотные евреи продолжали изучать иврит, но светские издания ашкеназим стали выходить преимущественно на идише. Возникла литература на идиш, богатая язвительным юмором и бытовыми чувствами, народными сказками, передаваемыми через века и границы, пуримшпилями, или пьесами к весеннему празднику, и пословицами о домашней мудрости («Один отец содержит десять детей, но десять детей не содержат одного отца»). 39 До 1715 года эта литература могла похвастаться лишь одним заметным автором — Ильей Бочуром, ученым ивритом и поэтом на идише, который писал фантастические романы на оттава рима и перекладывал Псалмы на народную речь. Версия Пятикнижия на идиш появилась в 1544 году, всего через пятнадцать лет после немецкой Библии Лютера, а перевод всего Ветхого Завета на идиш был опубликован в Амстердаме в 1676–79 годах. Немецкие евреи были на пути к культурному лидерству своего народа.