Защитив докторскую диссертацию, Йеркс получил должность преподавателя в Гарвардском университете, проработав там до 1917 года. В Кембридже он женился на Аде Уоттсрсон, занимавшийся ботаникой; там же родились двое их детей, Роберта и Дэвид. В этот период времени Йеркс проводил классические исследования поведения животных. Вначале его интересовали такие темы, как сенсорная функция, инстинктивное поведение, решение задач и научение; кроме того, он изучал различные виды позвоночных. Одной из его первых классических работ была книга «Танцующая мышь» (The Dancing Mouse) (1907) — обширное исследование генетики и поведения домашних мышей-мутантов. В тс времена исследованиям в области сравнительной психологии в Гарварде уделялось мало внимания, и Йерксу пришлось под некоторым давлением переключиться на воспитательную психологию. С 1913 по 1917 год Йеркс работал на полставки с Эрнестом Э. Саутхардом в отделении психопатологии Бостонской центральной больницы. Там он участвовал в разработке теста умственных способностей по шкале оценок. В этой методике для всех возрастных категорий используются одни и те же вопросы, и набранные баллы отражают степень правильности ответа на данный вопрос, а не просто способность ответить «да» или» нет». Несмотря на то, что вклад Йеркса был достаточно значительным и обеспечил ему звание президента Американской ассоциации психологов (ААГ() в 1916 году, когда он был доцентом, Гарвард не повысил его в должности. В 1917 году он решил покинуть Гарвардский университет и принять предложение возглавить факультет психологии в университете штата Миннесота, однако первая мировая война перечеркнула его планы. Когда Соединенные Штаты вступили в войну, Йеркс, как президент ААП, первым предложил услуги психологов военным. Его направили в санитарную службу армии США ответственным за разработку и использование тестов интеллекта в армии.
