Поскольку задержки с публикацией — дело обычное, его журнальные статьи по изучению проблем подчинения стали выходить в свет во время его пребывания в Гарварде с лета 1963 по весенний семестр 1967 года. Первая статья «Исследование поведенческих аспектов подчинения» в «Журнале аномальной и социальной психологии» появилась в октябре 1963 года. Среди прочих была опубликована статья под названием «Некоторые условия подчинения и неподчинения авторитету» (1965), за которую он получил премию по социопсихологии от Американской ассоциации содействия науке в 1964 году, и его полемика с Дианой Баумринд об этике, которая появилась в журнале «Американский психолог» в 1964 году.
Но мере того как Милгрэм и его деятельность в Гарварде становились все более известными академическим кругам и широкой публике по его журнальным и газетным статьям, вокруг его имени стали разгораться яростные споры. Он пользовался большим спросом на коллоквиумах, его журнальные статьи перепечатывались в десятках антологий, а священники в своих проповедях приводили уроки морали, почерпнутые из его работ. В течение ряда лет люди писали ему, спрашивая о деталях экспериментов, и он охотно их описывал. Некоторые из этих писем связывали исследования Милгрэма с личной жизнью их авторов, причем с удивительной откровенностью. Например, один человек написал, что прочел об экспериментах но подчинению и нашел их интересными, но ограниченными, поскольку жертвой был актер, а не человек, который по-настоящему испытывал боль. Автор письма, с другой стороны, имел дело с настоящими жертвами: он работал в электротехнической компании, и в его обязанности входило отключать электроэнергию у злостных неплательщиков, даже если температура опускалась ниже нуля.
Именно в Гарварде Стэнли испытал одно из самых больших разочарований в своей жизни. Ему не предложили постоянную должность, хотя такая возможность и рассматривалась. Роджер Браун, его коллега по факультету общественных отношений в тот период, объясняет решение университетского начальства тем, что против Милгрэма были настроены несколько старших членов факультета. Эта оппозиция была, по его мнению, обусловлена нерациональными соображениями. В частности, Браун сказал мне, что некоторые люди «отождествляли его характер с некоторыми особенностями эксперимента. То есть, они считали, что он прибегает к подтасовкам, что он — сумасшедший доктор или что-то в этом роде… Он внушал им опасения». Браун рассматривал такую характеристику необоснованной и говорил, что «Милгрэм был мне ближе, чем почти любой другой психолог на моем жизненном пути».
Боль, причиненная ему отказом в должности, усугублялась отсутствием приглашений из других ведущих университетов, в которых Милгрэм мог быть заинтересован. Милгрэм любил городскую жизнь и собирался изучать ее; он надеялся, что, если ему придется покинуть Гарвард, он сможет переехать в крупный город с престижным университетом, таким, как Чикагский университет, Колумбийский университет или Беркли. Его настойчиво приглашали в университет Корнелла и Калифорнийский университет в Санта-Крус, но он не представлял себе жизни в провинции.
Милгрэм согласился занять должность руководителя программы по социальной психологии на факультете психологии Аспирантского центра Нью-Йоркского университета (CUNY). Решающую роль здесь сыграли следующие соображения: CUNY находился в большом городе; матери Стэнли и Саши жили в Нью-Йорке, и у Милгрэмов было там много знакомых и друзей. Кроме того, они нашли квартиру с видом на Гудзон в красивом пригородном районе Ривердейл. Рядом находились прекрасные парки, а дети получили возможность учиться в отличной школе.
В CUNY Стэнли удалось добиться очень выгодных условий для работы. Прежде всего речь шла о том, что можно было перескочить звание адъюнкт-профессора и стать полным профессором в возрасте 33-х лет. Однако вначале его угнетала мысль о том, что он находился не в первоклассном университете, и он не планировал оставаться в CUNY более пяти лет. В действительности же университет превзошел все его ожидания, и Милгрэм проработал там 17 лет вплоть до своей смерти.
В 1967 году, в последний семестр своего пребывания в Гарварде, Милгрэм предложил провести консультации по вопросам городской психологии Нью-Йорка, Лондона и Парижа с точки зрения переменных, которые обусловливают различие в атмосфере этих городов. Еще раньше, в 1964 году, он вместе со своим другом, социологом Полом Холлэндером, написал обзорную статью об инциденте с Китти Дженовезе для журнала «Нейшнл». Это был концептуальный анализ, указывающий на некоторые бихевиористские последствия городской жизни, которые, по-видимому, привели к бездействию соседей Китти Дженовезе, когда она подверглась нападению и была убита. В CUNY самый большой интерес для Милгрэма стала представлять психология городской жизни.
