И все-таки, несмотря на нападки, Карпеченко и все сотрудники кафедры оставались на свободе и продолжали работать в университете более полугода после ареста Вавилова. Как выяснил Лебедев, первым изучивший следственное дело Карпеченко в 1993 году, НКВД давно плело интриги против него. Оказывается, еще 29 сентября 1937 года в казематах НКВД был составлен документ, который согласился подписать арестованный ученый секретарь ВИР'а Н.С.Переверзев. В нем утверждалось, что Карпеченко якобы давно занимался антисоветской деятельностью и с преступными целями вредил СССР в сельском хозяйстве. Однако этих показаний в тот момент оказалось недостаточно для ареста. Переверзев был в 1937 году расстрелян, а Карпеченко оставался на свободе еще несколько лет. За решеткой он оказался лишь после того, как Вавилов дал показания против него. Суть их как раз и заключалась в том, что Карпеченко не просто был теоретиком, потому что ему нравилась теоретическая деятельность, а что он нарочито уходил от практической работы, чтобы страна не получила новых сортов, так стране нужных. В этом состояло, по записанному в показаниях Вавилова заявлению, намеренное, настоящее и изощренное вредительство.
14 февраля 1941 года Хват подписал постановление на арест (его утвердил В.Н.Меркулов), в котором было сказано, что Карпеченко "изобличен как активный участник антисоветской вредительской организации показаниями Н.И.Вавилова, сделанными 5 ноября 1940 г., показаниями Н.С.Переверзева от 29 сентября 1937 г. и комиссией ВАСХНИЛ под председательством А.К.Зубарева, обследовавшей ВИР по распоряжению Лысенко (акт комиссии от 19 октября 1940 г.)" (86). Затем было сказано, что "Карпеченко Г.Д. материалами УНКВД по Ленинградской области изобличен как участник а-с [антисоветской] группировки", и что он "под руководством Н.И.Вавилова вел открытую борьбу против передовых методов научно-исследовательской работы и ценнейших достижений акад. Лысенко по получению высоких урожаев" (87). Инкриминировали ему также шпионаж в пользу иностранных государств.
Следующей ночью, 15 февраля 1941 года, Карпеченко арестовали (о событиях той ночи было рассказано в опубликованных в США замечательных очерках "Счастливец Карпеченко" /88/, принадлежащих перу врача и писателя Анатолия Леонидовича Шварца, приложившего огромные усилия по исследованию судьбы Карпеченко). Часть сотрудников его лаборатории в ВИР тут же уволили (А.Н.Лутков, О.Н.Сорокина), часть перевели в другие лаборатории и институты. Принесшая мировую славу России лаборатория прекратила свое существование. В университете кресло заведующего кафедрой генетики и селекции растений захватила Б.Г.Поташникова, весь состав кафедры, существовавшей при Карпеченко, расформировали.
После ознакомления с материалами заведенного на него дела Георгий Дмитриевич сразу понял, что Вавилов решил согласиться с обвинениями об участии во вредительстве, чтобы облегчить страдания при допросах.
"Начиная с 7 марта, Карпеченко последовательно проводил одну линию: он рассказывает о своих исследованиях (цели, результаты) и дополняет словами -- в этом было мое вредительство, так как я не выводил новые сорта. По существу, такое поведение подсказали показанные Георгию Дмитриевичу отрывки из показаний Вавилова. Из них вытекала тактика Вавилова -- ничего не выдумывать, но в то же время как бы признаваться во вредительстве. Минимум неизбежных мучений..." (89).
Согласие с версией вредительства могло возникнуть под влиянием собственных размышлений, а главным образом в результате уговоров его сидевшими вместе с ним в камере другими подследственными. О советах сокамерников и о том, что Карпеченко не просто били на допросах, но и пытали, стало известном А.Л.Шварцу, нашедшему одного из сокамерников Карпеченко, который прошел через тюремные муки и оказался на свободе (см. прим. /88/).
Карпеченко на следствии повел себя иначе, чем Вавилов. Решиться признаться в участии в антисоветских организациях, в которые, как утверждал Вавилов во многих своих показаниях, он вовлек Карпеченко и других вировцев, было для Георгия Дмитриевича делом трудным. Он то соглашался с вавиловскими показаниями -- и соответствующая запись появлялась за его подписью в протоколах допросов, то отказывался от ранее данных показаний (можно представить, какими путями следователи -- лейтенанты госбезопасности Цветаев и Копылов -- пытались не допустить попадания отказов в протоколы, но Георгий Дмитриевич находил силы постоять на своем).
Как выяснил Лебедев, не раз всплывала на допросах главная причина арестов -- противостояние генетиков Лысенко. В вопросах следователей можно найти такие пассажи:
"вы высказывались против официальных установок в отношении генетики", "подследственный по указаниям Н.И.ВАВИЛОВА выступал против борьбы за передовую науку" (90).
В ответ Карпеченко подготовил длинный ответ по поводу того, чем он занимался в научной работе, прямо написал о невежестве Лысенко и мичуринцев (91).