Анализ документов свидетельствует о том, что руководство ОО НКВД принимало решительные меры по улучшению работы чекистов в тылу. Так, была усилена проверка личного состава частей и учреждений тыла прежде всего вольнонаемного состава; через командование отдано распоряжение об очистке тыла от лиц, не внушавших доверия; прием на работу вольнонаемного состава стал производиться только с санкции особых отделов; улучшена информация по отдельным фактам для постановки вопросов перед Военными советами фронтов, принимались и другие меры.
Для перекрытия каналов проникновения агентуры в наш тыл контрразведчики опирались на помощь оперативных групп фронтовой контрразведки, которые постоянно несли службу в прифронтовых городах. Порой оперативным группам особых отделов приходилось принимать участие в боях.
ОО были приняты меры по борьбе с агентурой абвера в нашем глубоком тылу. В частности, в указании ОО НКВД Среднеазиатского военного округа № 6/25332 от 2 декабря 1941 г. отмечено, что 31 октября ТО НКВД Оренбургской железной дороги на ст. Оренбург в поезде с эвакуированными по подозрению в дезертирстве был задержан ст. сержант Красной армии И.Ф. Пушкарев, который на допросе показал, что, являясь пом. комвзвода 315-го артполка, он 25 сентября с.г. в бою под г. Гомелем попал в плен к немцам. И, находясь в плену, был завербован для диверсионной работы. 28 сентября вместе с группой диверсантов в количестве девяти человек (три немца и шесть пленных красноармейцев) переброшен на советскую территорию с заданием взорвать Сызранский железнодорожный мост через р. Волгу. Кроме того, эта же диверсионная группа имела намерение в начале ноября с.г. взорвать склады военного ведомства на ст. Арысь. Группа Пушкарева имела при себе пять чемоданов среднего размера, из них два чемодана в белых полотняных чехлах и три чемодана в чехлах некрашеного брезента. В каждом чемодане кроме продуктов находилось по две пачки ВВ, запакованного в тонкую фанеру, и по два куска запального шнура длиной по одному метру каждый. Чемоданы с ВВ якобы оставлены в Пензе у неизвестного Пушкареву лица. Все переброшенные диверсанты были вооружены автоматическими 25-зарядными пистолетами.
Для выявления и задержания диверсантов, а также принятия мер к предотвращению возможных попыток диверсии на военных объектах нач. ОО НКВД Среднеазиатского военного округа, дивизионный комиссар Железтков и зам. нач. КРО ОО НКВД округа лейтенант ГБ Канашевич предложили:
«1. Принять активные меры к розыску и аресту диверсантов, заброшенных противником.
‹…›
4. Совместно с командованием принять немедленные меры к проверке состояния охраны объектов, отмеченные недочеты срочно устранить.
5. Работу по розыску диверсантов проводить в контакте с местными территориальными органами НКВД и оперпунктами ДТО НКВД железнодорожных станций.
О принятых мерах сообщить к 15 декабря с.г.»[852].
Военные контрразведчики боролись с немецкой агентурой на аэродромах. 10 июля 1941 г. начальник 3-го Управления НКО СССР майор ГБ А.Н. Михеев и нач. секретариата 3-го Управления НКО СССР бригадный комиссар Петров подписали приказ нач. 3-го отдела 22-й армии, в котором отметили, что «по имеющимся в штабе Западного фронта сведениям, противник довольно точно определяет постоянные и действующие запасные аэродромы Красной армии, зная иногда даже о происходящих на них изменениях. В ряде случаев противнику известно и о наличии или отсутствии самолетов-истребителей на аэродроме. На основании этих данных производится бомбардировка наших аэродромов. Такая осведомленность врага может объясняться тем, что он имеет на нашей территории вблизи аэродромов или на самих аэродромах свою агентуру, которая сигнализирует о местах расположения аэродромов, хранилищ, боеприпасов и горючего. Значительные потери наших самолетов на самих аэродромах являются результатом плохо организованной охраны и обороны аэродромов и неправильно организованного режима полетов и обслуживания самолетов на аэродромах».
Поэтому для пресечения деятельности агентуры противника, упорядочения службы и создания необходимой охраны и обороны аэродромов оперативному составу, обслуживающему части, было приказано находиться на аэродромах круглые сутки, а лица, обслуживающие авиационные части и специально выделенные для этого важнейшие аэроузлы, обязаны организовать личное наблюдение.