В соответствии с чрезвычайными условиями военного времени органы «Смерш» наделялись широкими правами и полномочиями. Они осуществляли полный комплекс оперативно-разыскных мероприятий с использованием всех характерных для спецслужбы оперативных сил и средств. Военные контрразведчики могли осуществлять выемки, обыски и аресты военнослужащих и связанных с ними гражданских лиц, подозревавшихся в преступной деятельности.
Следующий пункт «Положения» был, с точки зрения военного человека, просто великолепен: «Органы „Смерш“ освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, перечисленными в настоящем разделе», — кто не знает, как порой любит военное командование находить для своих подчиненных какие-либо дела!
Взаимоотношения военной контрразведки с военным командованием отныне определялись следующим образом:
«Органы „Смерш“, — указывалось в „Положении“, — информируют военные советы и командование соответствующих частей, соединений и учреждений Красной армии по вопросам своей работы: о результатах борьбы с агентурой противника, о проникших в части армии антисоветских элементах, о результатах борьбы с изменой Родине и предательством, дезертирством, членовредительством».
«Информируют… по вопросам» — и занимаются своим делом, к которому посторонние не допускаются.
Заместителями начальника Главного управления контрразведки были назначены генералы П. Я. Мешик, Н. Н. Селивановский и И. Я. Бабич; в состав ГУКР вошли также 16 помощников начальника — примерно по числу фронтов, каковых в разные периоды войны было от десяти до пятнадцати, с приданными каждому из них группами из 69 оперативных сотрудников. На помощников возлагалась обязанность руководства работой органов «Смерш» на фронтах.
«В системе ПГУ отвечал за обеспечение охраны и режима секретности промышленных объектов, НИИ и КБ, работающих над ядерным оружием. Организатор создания в 1946–1953 годах закрытых зон, городов и поселков и режима проживающих в них работников атомной промышленности и привлеченных из других ведомств. Руководил строительством и укомплектованием объектов и служб противопожарной безопасности. Был участником испытания первой ядерной бомбы в августе 1949 года. 8 декабря 1951 года была присуждена Сталинская премия».