Этот случай дал возможность Наполеону лишний раз убедиться в непредсказуемости Нея. В дальнейшем, когда Наполеон всеми силами атаковал прусскую армию князя Ф. Гогенлоэ, корпус Нея вместе с другими корпусами Великой армии принял активное участие в сражении под Йеной и внес весомый вклад в достижение победы. Развивая достигнутый успех, Ней уже на следующий день овладел сильной крепостью Эрфурт, гарнизон которой (14 тыс. человек со 100 орудиями) сдался при первом же появлении французов.
8 ноября перед Неем капитулировала мощнейшая прусская крепость Магдебург, обороняемая 23-тысячным гарнизоном с 800 орудиями. Она сдалась через сутки после появления под ее стенами французов. Когда ее комендант прусский генерал Ф. Клейст отдал Нею свою шпагу, тот приказал своему адъютанту: «Скорее отбирайте у пленных оружие; их вдвое больше, чем нас».
Успешными были и последующие действия Нея. Перейдя через Вислу, он овладел крепостью Торн (Торунь), одержал победы в боях при Сольдау, Млаве, Либштадте и Шлолиттенед.
Однако некоторые его действия вызвали серьезные нарекания Наполеона. Так, в начале января 1807 года Ней по собственной инициативе начал преследование прусского корпуса генерала А. Лестока, отступавшего к Кенигсбергу… и пропал. Несколько дней штаб армии не имел никаких сведений о 6-м корпусе. Император был крайне раздражен — куда исчез Ней? Вскоре выяснилось, что в ходе преследования прусского корпуса Ней натолкнулся на главные силы русской армии и, чтобы избежать неминуемого разгрома, вынужден был поспешно отступать. Именно к тому времени относится пренебрежительное высказывание Наполеона о Нее: «Я не нуждаюсь в гусарах 93-го года». А начальник Главного штаба армии маршал Л. Бертье не замедлил развить мысль императора в чеканных словах служебного выговора. В резком по форме письме командиру 6-го пехотного корпуса он писал, что в намерения императора не входит наступление на Кенигсберг и он не нуждается в каких-либо советах маршала Нея, долг которого состоит прежде всего в том, чтобы беспрекословно повиноваться своему главнокомандующему.
В сражении при Прейсиш-Эйлау [26—27 января (7—8 февраля) 1807 года] 6-й корпус Нея не участвовал, подойдя к месту битвы слишком поздно. Кроме того, он не сумел помешать подходу прусского корпуса Лестока на помощь сражавшейся при Эйлау русской армии. Однако появление Нея на поле сражения при Прейсиш-Эйлау, хотя и запоздалое (он прибыл около 21 часа 8 февраля, когда сражение только что закончилось и ни одной из сторон добиться в ходе его решительного результата не удалось), сыграло большую роль, заставив главнокомандующего русской армией генерала Л. Л. Беннигсена принять решение на отступление. Это дало возможность Наполеону объявить о своей победе при Прейсиш-Эйлау.
В бою под Гутштадтом [25 мая (6 июня) 1807 года] Ней потерпел поражение от русских, которыми командовал князь П. И. Багратион, потеряв только пленными до 1,5 тыс. человек. Атакованный превосходящими силами русских, он в течение всего боя находился в боевых порядках своих войск, вновь во всем блеске проявив присущее ему мужество солдата. Кругом, рассекая воздух, свистели ядра и пули, жизнь маршала ежеминутно подвергалась опасности, вокруг него один за другим падали сраженные вражеским свинцом солдаты и офицеры, но маршал Ней сохранял полнейшее спокойствие, хладнокровие ни на минуту не покидало его. Как ни в чем не бывало, он продолжал руководить войсками. В самый разгар боя Ней поинтересовался у своих генералов: «Вам не кажется, что нас обошли?» — «Вне всякого сомнения! Мы окружены», — последовал ответ. — «Ну что ж, сегодня у штыков будет работа», — констатировал маршал и вслед за тем скомандовал: «Следуйте за мной!» Обнажив саблю, он повел своих солдат на прорыв. Французы вырвались из окружения, проложив себе дорогу штыками, хотя и понесли при этом значительные потери.
Свой самый блистательный подвиг в войне 1806—1807 годов, прославивший в очередной раз его имя, Ней совершил в сражении при Фридланде [12 (14) июня 1807 года]. Фридланд стал завершающим сражением этой тяжелой и изнурительной для обеих сторон войны, в которой Наполеон одержал решительную победу над русской армией. Тяжелое поражение при Фридланде заставило Россию выйти из войны и пойти на заключение крайне невыгодного и унизительного для нее Тильзитского мира [25 июня (7 июля) 1807 года].
