Но, как вскоре показал ход событий, такое решение Наполеона явилось его роковой ошибкой, в решающей степени предопределившей поражение французской армии в Испании. Первое, что сразу же проявилось после отъезда императора из Испании, — это несогласованность в действиях маршалов. Каждый из них теперь действовал по собственному усмотрению и разумению, нередко даже в ущерб общему делу. Короля Жозефа, не говоря уже о Журдане, большинство их просто игнорировало. Да, впрочем, король и сам в немалой степени способствовал этому. Так, к примеру, хорошо зная, что Ней терпеть не может маршала Н. Сульта, он подчиняет Нея Сульту. В результате ничего путного из этого не получилось. Когда Сульт предпринял поход в Португалию, то Ней не оказал ему никакой поддержки, а когда тот потерпел там поражение, то не скрывал своего злорадства и ставил даже под сомнение военные способности своего недруга. И такие взаимоотношения между некоторыми маршалами не являлись исключением. Там, где Ней действовал самостоятельно, ему нередко сопутствовал успех (победы при Баносе, Рединхе и др.), но это были частные, тактические успехи. В целом же кампании французов на Пиренейском полуострове раз за разом заканчивались неудачей, что вызывало лишь резкое недовольство Наполеона.
Весной 1810 года командующим французской Португальской армией был назначен маршал А. Массена. Ней поступил в его подчинение. Как и раньше, когда командующим этой армией был Сульт, Ней проявляет присущий ему бунтарский дух, своеволие и пренебрежение к своему начальству. При осаде и взятии крепости Сьюдад-Родриго (июнь-июль 1810 года) герцог Эльхингенский удивляет всех своей беспечностью и пассивностью. То же самое повторяется при осаде и взятии Массеной крепости Альмейда (июль-август 1810 года). Попытки Массены призвать к порядку своего подчиненного приводят лишь к постоянным столкновениям между ними и никакого результата не дают. Даже при малейшем намеке на свое подчиненное положение Ней приходит в страшное негодование и недвусмысленно дает понять своим «обидчикам», что не подчиняется и не собирается подчиняться кому бы то ни было. Однако во время похода Массены в Португалию он действует с присущей ему отвагой и доблестью: 24 июля 1810 года разбил английскую кавалерийскую дивизию, активно и напористо действовал при Бусако (27 сентября 1810 года), хотя и вынужден был отступить.
Когда армия Массены вышла к укрепленной позиции противника у Торрес-Ведрас, преграждавшей ей путь на Лиссабон, до которого оставалось всего ничего, Ней решительно выступил против любой попытки взять ее штурмом. Не согласился он также и с предложением перейти к ее осаде. Любое решение командующего армией он считал своим долгом непременно оспорить, считал его неверным.
Непробиваемое упрямство, откровенный обструкционизм и вызывающая амбициозность Нея в целом сыграли далеко не последнюю роль в неудачном исходе Португальского похода Массены. Распрощавшись с мыслью о взятии Лиссабона, он вынужден был начать отступление из Португалии. Отступление по разоренной стране проходило в чрезвычайно сложных условиях. Несмотря на свою глубокую антипатию к Нею, Массена поручил ему командование арьергардом своей армии. Численность находившихся в распоряжении Нея сил не превышала 10 тыс. человек, в то время как преследовавшая французов англо-португальская армия А. Веллингтона насчитывала свыше 40 тыс. человек. Тем не менее, проявив выдающийся талант тактика, отвагу и распорядительность, Ней сумел спасти Португальскую армию от полного разгрома. Противник преследовал французов почти по пятам. Бои происходили чуть ли не ежедневно. Но Ней все же сумел сдержать мощный натиск врага, не потеряв в ходе отступления ни одной пушки. Но, несмотря на все это, взаимоотношения его с Массеной продолжали ухудшаться, так как Ней начал уже открыто игнорировать приказы своего главнокомандующего. Это положило конец терпению Массены. Обладавший завидным умением сдерживать свои эмоции, он на этот раз не сдержался и дал волю своим чувствам, отстранив Нея от командования корпусом (23 марта 1811 года), а затем выслал его из армии. Решение Массены об удалении Нея из армии было одобрено Наполеоном.
Несмотря на столь скандальный финал своей испанской эпопеи (1808—1811 годы), во время которой он не столько блистал на полях сражений, сколько конфликтовал с другими маршалами, Ней опале не подвергся. Наоборот, император встретил его весьма милостиво и, дав маршалу хорошо отдохнуть, в августе 1811 года назначил его командующим войсками Булонского лагеря. В апреле 1812 года маршал Ней возглавил 3-й пехотный корпус Великой армии, созданной для вторжения в Россию. Активный участник войны 1812 года с Россией. С началом военных, действий 3-й корпус находился в составе главной группировки Великой армии, возглавляемой лично Наполеоном.
