Оуайн поддерживал связь с графом Нортумберлендским через двух валлийских епископов, своих сторонников — Джона Тревора II Сент-Асафского и Льюиса Бифорда Бангорского. 28 февраля было заключено знаменитое «Трехстороннее соглашение». В нем предусматривалось, что после свержения Генри IV владения Уэльса расширятся до рек Северн и Мерси и охватят большую часть Чешира, Шропшира и Херефордшира. Мортимерам отойдет Южная и Западная Англия, а граф Нортумберлендский получит весь север. Многие ученые сомневаются в формальном существовании этого соглашения, но планы мятежников наверняка были именно такими, независимо от того, получили они воплощение на бумаге или нет. Реальная сила находилась в руках Перси и Глиндура, и они не слишком-то церемонились с будущей королевской властью в лице Мортимера, который был нужен им в первую очередь для легитимизации своих амбиций.
К восстанию присоединились новые лица. Среди них был Ричард Ле Скруп архиепископ Йоркский, происходивший из знатной семьи Скрупов Месемских, связанной с родом Перси многочисленными родственными узами. В мятеже принял участие Томас Моубрей 4-й граф Норфолкский — сын того самого Томаса Моубрея герцога Норфолкского, который собирался драться на дуэли с Генри Болингбруком и был осужден Ричардом II на пожизненное изгнание. В рядах восставших находились Томас Бардольф 5-й лорд Бардольф, его зять сэр Уильям де Клиффорд, констебль нортумберлендского замка Уоркворт, а также сэр Джон Фоконберг.
Архиепископ Йоркский обнародовал в Йорке манифест, где перечислял вины короля: плохое управление страной, высокие налоги, тяжким грузом давящие на духовенство, мирян и торговцев, неспособность защитить побережье Англии от французских рейдов. Во втором манифесте восставшие обвинили Генри IV в узурпации трона, смерти Ричарда II, убийстве верных друзей короны, в том числе Гарри Горячей Шпоры, и в обнищании страны.
Активные военные действия велись главным образом валлийцами при поддержке французского отряда, которые дошли до самых ворот Вустера. Однако к 1406 году французы покинули Уэльс. На севере планы восставших потерпели полный крах. Отряды графа Нортумберлендского были разбиты при Топклиффе. Войска графа Норфолкского, архиепископа Йоркского и его племянника сэра Уильяма Пламптона встретились с армией Ральфа де Невилла графа Уэстморлендского у Шиптон-Мура. Командующие враждующих сторон вступили в переговоры, и архиепископ пал жертвой обмана. Уэстморленд предложил одновременно распустить обе армии, мятежники распустили свои войска, но королевские солдаты не покинули строя. Вожди восставших были арестованы и казнены в Йорке. Сэра Джона Фоконберга схватили и казнили 20 июля 1405 года в Дареме. Граф Нортумберлендский и лорд Бардольф сначала скрылись в Берике. Убедившись, что замок не устоит против королевской артиллерии, они бежали дальше, в Шотландию. За ними последовал и Клиффорд.
В 1406 году граф Нортумберлендский и лорд Бардольф перебрались в Уэльс к Глиндуру, оттуда они направились во Францию к Луи д’Орлеапу герцогу Орлеанскому, надеясь получить у него поддержку. Вернувшись в Шотландию с французской помощью, мятежники предприняли в 1408 году последнюю попытку захватить власть и были разбиты в битве при Брамэм-Муре королевскими войсками под командованием шерифа Йоркшира. Оба лорда пали в бою. Голова графа Нортумберлендского была выставлена на Лондонском мосту.
Когда основные силы восставших потерпели поражение, Генри принц Уэльский начал постепенно отвоевывать территории в Уэльсе, используя в качестве опорных пунктов замки, оставшиеся в руках англичан. Осенью ему сдался замок Эберистуит. В 1409 году в осажденном Харлехе умер сэр Эдмунд Мортимер, возможно от чумы.
Расправляясь с оппозиционной частью могущественной аристократии, Генри IV одновременно старался завоевать расположение простых англичан. Он начал преследовать лоллардов как еретиков. Назначения королевских министров утверждались Парламентом, привилегии которого король последовательно защищал. Гепри IV постарался свести к минимуму подтасовки на выборах в Палату общин, постановив, что представляемые шерифами кандидатуры выбранных должны были заверены выборщиками. Он возобновил активные военные действия на континенте. В 1411 году англо-бургундские войска после кровопролитного сражения вошли в Париж.
В 1412 году отряды его второго сына Томаса герцога Кларенсского высадились в Нормандии и прошли опустошительным рейдом по Мэну, Вермандуа и Берри.
