Сразу же после начала войны огромные потери войск Красной Армии и хаотическая мобилизация вызвали в Генштабе серьезную перетряску кадров, которая серьезно расстроила его деятельность и снизила эффективность работы. Например, в конце июня — начале июля НКО перевел 393 штабных офицера старшего и среднего начсостава из Генштаба на посты в действующих фронтах и армиях Красной Армии. 18 августа 1941 года из Генштаба было взято еще 449 офицеров. В результате Генштаб стал испытывать хроническую нехватку офицеров Генерального штаба. Эта нехватка колебалась в диапазоне от 78 % в 1941 году до 29 % в конце 1942 года; с середины 1943 года и до самого конца войны она составляла порядка 10 %. Таким образом, хотя в последние два года войны Генштаб был полностью укомплектован, его средняя укомплектованность на протяжении войны равнялась приблизительно 85 %{286}.
И наконец, подобно другим наркоматам и ключевым правительственным органам, Генеральный штаб за время войны несколько раз перемещался в соответствии с изменениями военной обстановки. Например, в июне-июле 1941 года воздушные атаки немцев на Москву вынудили Генштаб несколько раз переезжать в пределах Москвы, а когда войска вермахта в октябре приблизились к городу, Генштаб ради безопасности передислоцировался в Куйбышев. Во время его отсутствия в Москве для обеспечения непрерывной поддержки Ставки оставалась оперативная штабная группа Генерального штаба во главе с А. М. Василевским.
В соответствии с распоряжениями Ставки и в контакте с начальником Генштаба ГОУ планировало, готовило и проводило стратегические операции Красной Армии, набрасывая вчерне общие контуры этих операций, устанавливая войскам цели и задачи, определяя наиболее действенные способы проведения этих операций. Коль скоро Ставка одобряла эти оперативные планы и отдавала надлежащие распоряжения, ГОУ помогало действующим фронтам спланировать и подготовить эти операции, а позднее — контролировало реальное ведение спланированных им операций посредством представителей Ставки во фронтах и армиях либо отряжая собственных представителей на каждую конкретную операцию. Поскольку начальник Оперативного управления и два его заместителя были единственными офицерами Генштаба, которые сопровождали начальника Генштаба во время докладов Сталину и Ставке, начальник Оперативного отдела обязан был знать практически обо всем, происходящем в Генеральном штабе, а все другие управления, соответственно, тесно сотрудничали с ГОУ{287}.
Когда началась война, ГОУ состояло из 12 самостоятельных отделов соответственно выполняемым ими задачам, родам войск и служб. Однако 1 августа 1941 года ГКО сократило их число до 8. Каждый отдел состоял из начальника, его заместителя и от пяти до десяти офицеров-операторов. Эти отделы отвечали за проработку всех оперативных вопросов в восьми действующих фронтах Красной Армии. Кроме того, ГКО также намного более конкретно определил, какие именно задачи должны выполнять ГОУ и его отделы, возложив на них, по существу, ответственность за все мыслимые оперативные вопросы на Северном, Северо-Западном, Западном, Центральном, Юго-Западном, Южном, Среднеазиатском и Дальневосточном стратегических направлениях{288}.
Впоследствии, когда число действующих фронтов изменилось с 8 осенью 1941 года до 10 в мае 1942 года, 14 — в ноябре 1942 года, 13 — летом 1943 года и 26 — с осени 1943 года и до конца войны, соответственно изменилось и число отделов в ГОУ{289}. Под конец войны ГОУ также учредило два отдела для координации действий Красной Армии с союзными войсками — польскими и румынскими. Кроме того, в ГОУ также входили многочисленные отделы, организованные по выполняемым ими задачам — такие, как организационно-учетный отдел, отдел оперативной подготовки, отдел оперативных перевозок, автобронетанковый отдел, отдел связи и отдел по использованию опыта войны. Многие из них ГКО за время войны перевел в другие управления НКО или возвысил до уровня самостоятельных управлений.
