Более или менее специализированные грибные паразиты известны и у большинства групп наземных и многих водных животных. Существуют большие группы грибов, паразитирующие на определенных группах животных. Это энтомофторовые и лабульбениевые, часто обитающие на насекомых и реже на других представителях членистоногих (пауках, клещах).
Иногда грибы — паразиты полезных животных приносят большой ущерб народному хозяйству. Так, некоторые сапролегниевые грибы, паразитирующие на икре рыб, а при неблагоприятных условиях и на взрослых рыбах, вызывают их массовую гибель и особенно опасны в рыбоводческих прудовых хозяйствах, в водоемах со слабо аэрируемой водой. Сапролегниевые можно часто встретить и в аквариумах в тех случаях, когда температура воды в них ниже нормы, т. е. рыбы содержатся в неблагоприятных условиях.
Паразит личинок медоносной пчелы — аскосфера пчелиная вызывает у пчел заболевание, которое пчеловоды называют каменной или известковой деткой. Заражая личинки, гриб вызывает быструю их гибель и мумификацию. Мумифицированные личинки имеют серовато-белую окраску и выглядят, как известковые, откуда и произошло название болезни.
Грибы — возбудители болезней насекомых могут принести и большую пользу, если они вызывают гибель вредных насекомых — вредителей сельскохозяйственных растений и леса, переносчиков болезней человека и животных и др. Еще в прошлом веке русский биолог И. И. Мечников отмечал, что грибы могут быть использованы как средство, вызывающее гибель вредных насекомых, т. е. возможность использования биологического метода борьбы с вредными насекомыми. Сейчас в СССР и за рубежом достигнуты большие успехи в развитии биологических методов борьбы с вредителями. Наряду с насекомыми и энтомопатогенными бактериями в ней широко используются и некоторые грибы, например боверия Басси, из культуры которой готовят препарат боверин, эффективный в борьбе против колорадского жука и многих других насекомых-вредителей. Близкий к ней вид боверия тонкая поражает преимущественно жуков, в том числе майских хрущей. В садах для борьбы с калифорнийской щитовкой можно использовать препарат из гриба кониотириум, вызывающий гибель до 50% этих насекомых. Поскольку грибы поражают в первую очередь ослабленных насекомых, препараты из них обычно применяют в сочетании с инсектицидами, что значительно повышает их эффективность.
Микотоксикозы. В последние годы токсикологи все больше внимания обращают на микроскопические грибы, которые развиваясь на растениях, продуктах питания или кормах, образуют токсины, вызывающие отравления при употреблении таких продуктов или кормов в пищу.
Один из наиболее распространенных и давно известных токсичных грибов — спорынья. Это паразит многочисленных культурных и дикорастущих злаков, образующий в соцветиях пораженных растений склероции, имеющие вид рожков черно-фиолетового цвета. Склероции зимуют в почве, а весной прорастают стромами с перитециями, где образуются аскоспоры, заражающие злаки в период их цветения. В склероциях спорыньи содержатся токсичные алкалоиды, и если они при уборке урожая попадут в зерно, а затем в муку и продукты из нее, может произойти отравление, получившее название эрготизм (от "эргот" — спорынья). Эрготизм проявляется в двух формах — гангренозной ("антонов огонь") и конвульсивной ("злые корчи") и обусловлен способностью алкалоидов спорыньи вызывать сокращения гладкой мускулатуры и их действием на нервную систему.
Первые сообщения об этом токсикозе обнаружены на ассирийских клинописных табличках, относящихся к 600 г. до нашей эры. Там записано, что хлебные зерна могут содержать какой-то яд. В прошлом эрготизм был широко распространен в Европе и в период сильных вспышек уносил большое число жертв. Во французской хронике конца X в., например, описана одна из таких вспышек, во время которой погибло около 40 тыс. чел. В России эрготизм появился значительно позднее, чем в Западной Европе, и впервые упоминается в Троицкой летописи в 1408 г. В наше время эрготизм наблюдается у людей крайне редко. С повышением культуры земледелия и совершенствованием методов очистки зерна от примесей эта болезнь ушла в прошлое. Однако интерес к спорынье и в наше время не ослабевает. Это связано с широким использованием алкалоидов спорыньи в современной медицине для лечения сердечно-сосудистых, нервных и некоторых других заболеваний. Из склероциев спорыньи получены многочисленные алкалоиды — производные лизергиновой кислоты (эрготамин, эрготоксин и др.). Первый химически чистый алкалоид был выделен в 1918 г., а в 1943 г. был осуществлен химический синтез диэтиламида лизергиновой кислоты — препарата ЛСД, обладающего сильным действием на центральную нервную систему и вызывающего галлюцинации.
Для получения алкалоидов спорыньи используют культуру спорыньи на ржи на специально предназначенных для этого полях или сапротрофную культуру гриба на питательных средах.