Начало правления было омрачено последствиями мероприятий, которые боярин Морозов, реально управлявший страной при юном царе, предпринял в области налогообложения. В частности, в 1646 г. был введен налог на соль, из-за которого цены на продукты резко выросли. Это привело к падению покупательной способности населения, а купцы понесли громадные убытки из-за сгнившего продовольствия. В 1648 г. произошел Соляной бунт, во время которого погибли родственники царя. Социальные волнения сделали очевидной необходимость реформирования правовой системы государства, в частности, кодификации правовых норм. Молодой царь совместно с Земским Собором выработал Соборное Уложение 1649 года.
Алексей Михайлович проводил политику протекционизма, поощряя строительство мануфактур. Были приняты Таможенный (1653) и Новоторговый (1667) уставы, которые закрепляли особое правовое регулирование деятельности купцов. Эти своды правил обеспечивали их защиту от иностранных конкурентов. В 1662 г. было принято решение ввести медные деньги, так как золотых и серебряных монет не хватало для растущего оборота на рынках. Однако, дьяки, которые занимались выпуском новых монет, не устояли перед соблазном и начали чеканить деньги из собственной меди. В результате произошла колоссальная инфляция, и снова начались волнения.
В царствование Алексея Михайловича также произошел раскол Русской Православной Церкви. Идейный вдохновитель преобразований — патриарх Никон — выдвигал определенные претензии на власть, объясняя их верховенством власти духовной перед властью светской. В 1666 г. на Церковном соборе деятельность Никона была осуждена, а сам патриарх сослан в монастырь. Однако церковная реформа, связанная с именем Никона, уже породила раскол, который до сих пор окончательно не преодолен. Усиление зависимости крестьян от помещиков в результате установления бессрочного сыска беглых крестьян привела к недовольству казаков. В 1670–1671 гг. по стране прокатилось восстание во главе со Степаном Разиным, которое было подавлено. Во внешней политике велись успешные войны с Польшей, главным результатом которых является отказ поляков от претензий на западнорусские земли, а также воссоединение России и Украины в 1654 г. Алексей Михайлович пытался выйти к Балтийскому морю, воюя со шведами в 1656–1658 гг. Это была неудачная попытка царя Алексея Михайловича вернуть земли побережья Балтики.
Умер царь Алексей Михайлович Романов в 1676 г., в возрасте 47 лет, 30 из которых он провел на троне.
Фёдор Алексеевич Романов
9 июня 1661 года на свет появился Фёдор Алексеевич Романов, сын русского царя Алексея Михайловича, сменивший отца на престоле в 1676 году. Болезненный юноша Фёдор Алексеевич был третьим сыном в семье Алексея Михайловича Романова и представительницы боярской аристократии Марии Ильиничны Милославской. Два старших брата царевича — Дмитрий и Алексей — скончались очень рано: первый — в младенческие годы, второй — в возрасте пятнадцати лет. Алексей Алексеевич успел побывать наследником русского престола, однако внезапно скончался в 1670 году. Тогда маленькому Фёдору было всего девять лет. И он сам, как и все дети Алексея Михайловича от первого брака, не отличался сильным здоровьем, однако в его детские годы все было не так уж и плохо: Фёдор нередко участвовал в царской охоте или ездил на богомолье вместе с отцом.
Однажды произошло несчастье, Мальчик, любивший лошадей, был, однако, не очень хорошим наездником. Желая прокатить теток и сестер на санях и выступая в роли возницы, Фёдор попытался оседлать коня, но тот сбросил его на землю. Юноша попал под полозья саней и получил травмы, из-за которых долгое время не мог нормально передвигаться и страдал от болей. Кроме того, мальчик был болен цингой и страдал от сопутствовавшего ей опухания ног. Ослабленного болезнями юношу даже на похороны отца несли на носилках. Болезненность юного наследника не помешала обучать его разнообразным наукам. Алексей Михайлович изрядно заботился об образовании своих детей. Все они изучали европейские языки, латынь, риторику и философию, знакомились с великими произведениями классиков античности, при этом занимаясь богословием и духовной музыкой. При дворе была прекрасная библиотека. Главным воспитателем, учителем и духовным наставником старших детей Алексея Михайловича стал выдающийся философ, поэт и богослов Симеон Полоцкий. Впоследствии его ученик Фёдор Алексеевич, любивший чтение и сочинение музыкальных произведений, столь же тщательно заботился об образовании и воспитании своих младших братьев и сестры: родного брата Ивана и детей Алексея Михайловича от второй жены Натальи Нарышкиной Петра и Натальи. Фёдор даже был крестным отцом будущего Петра Великого.