Шейнина арестовали 19 октября 1951 года. Прокуратура даже не пыталась вступиться за своего бывшего сотрудника, как-никак отдавшего следственной работе более 27 лет жизни. Надо сказать, маховик был запущен с такой силой, что все попытки были бы бесполезны — летели головы и поважнее. Поначалу Шейнин связывал свой арест с происками главы МГБ Абакумова. Когда в январе 1949 года сгорела дача Ворошилова, Шейнин со своей командой занимался расследованием. Была установлена халатность органов госбезопасности, охранявших объект, виновные отданы под суд. После этого, встретившись с Шейниным, Абакумов обронил:
Однако, думается, такая версия случившегося была притянута за уши. Ведь к этому времени Абакумов сам уже сидел в тюрьме и терпел пытки. Его даже одно время поместили в тесный холодный карцер без окон, без притока свежего воздуха, держали на хлебе и воде, включая беспрерывно холодильную установку. Описывая эти зверства в письме на имя Берии и Маленкова, Абакумов просил их только об одном: передать его дело в целях объективного расследования в прокуратуру СССР.
В рамках дела, возбужденного против Абакумова, был арестован коллега Шейнина — прокурор отдела по надзору за следствием в органах госбезопасности прокуратуры СССР Дорон. Путем применения к нему незаконных методов ведения следствия от него добились показаний в отношении руководящих работников прокуратуры. Сослуживцы Дорона мне рассказывали, что, когда после смерти Сталина он был освобожден из-под стражи, он признался, что били его «с оттяжкой» металлической пряжкой по обнаженным ягодицам, приговаривая: «Вот тебе материальное право, а вот тебе процессуальное право».
В те годы, опять же по словам бывших сослуживцев Дорона, якобы проводилась операция под кодовым названием «Пушкинская, 15-а» (место нахождения прокуратуры СССР). По их версии, после еще нескольких арестов сотрудников прокуратуры дела Дорона и Шейнина должны были объединить в одно производство. В постановлении на арест Шейнина указывалось:
Борис Ефимов во время нашего разговора вспомнил, что в те дни арест Шейнина многие восприняли вполне философски:
Трудно представить в кабинетах Лубянки этого веселого жуира, который в своих рассказах писал о том, что презумпция невиновности выше всего, и считался чуть ли не автором «ставки на доверие» — особой формы установления контакта с допрашиваемым, а сам очень любил во время работы в следственном отделе «ночные бдения», то есть допросы ночью, когда арестантам по нескольку суток не дают спать.
Почему-то дело Шейнина тянулось два года, хотя другие, куда более сложные и запутанные, заканчивались значительно быстрее. Видимо, потому, что «умная голова» умела тянуть время. Будучи профессионалом, Шейнин тонко чувствовал, чего от него хотят, высчитывал, что можно сказать, а чего нельзя, пытался угадать по течению допросов, как меняется политика на самом верху. Допросы следовали за допросами, иногда перемежались очными ставками, дело пухло и к концу уже насчитывало семь огромных томов.