Но, казалось, они вернулись лишь для того, чтобы встретить несчастья. 9 октября Фанни, дочь Мэри Вульстонкрафт и единокровная сестра Мэри, уже несколько времени находившаяся в угнетенном душевном состоянии, покончила с собою ядом, в гостинице, в Свансее. Испуганный ее отчаянным письмом, Шелли поспешил к ней из Басза, где он жил в то время; но он приехал слишком поздно. Это волнение и огорчение пагубно отразились на здоровье Шелли, и хорошо еще, что в то время он нашел себе друга с веселым и бодрым характером в Лей Генте. Но несчастье шло за несчастьем. В ноябре Шелли начал разыскивать Гарриэт, которая исчезла с его горизонта и от своего отца. 10 декабря ее труп был найден в Serpentine river. Первое время после разрыва с Шелли она надеялась, что он вернется к ней; когда эта надежда исчезла, она была глубоко несчастна. Она жаловалась на стеснения, которые она испытывала в доме отца, и уже говорила о самоубийстве. За несколько времени до смерти она вырвалась из этой стеснительной обстановки. Ее трехлетняя дочь и ее двухлетний сын были отправлены к одному пастору в Ворвик. По словам Годвина, одно время она жила открыто с одним полковником; Годвин называет его имя. Потом, по-видимому, она опустилась еще ниже и была покинута. Извещая Шелли об этом ужасном происшествии, книгопродавец Хукхэм говорит, что, если бы она прожила еще немного, у нее родился бы ребенок. Судебное следствие подтвердило это. Шелли был глубоко потрясен, но не так, как если бы он считал себя виновным в этом несчастии. «Я призываю в свидетели Бога, если только это Существо смотрит теперь на вас и на меня, — писал он впоследствии Соути, — и я обязуюсь, если, как вы, быть может, надеетесь, после смерти мы с вами встретимся перед Его лицом, — я обязуюсь повторить это в Его присутствии: вы обвиняете меня несправедливо. Я не повинен в зле — ни делом, ни помышлением». Теперь он мог дать Мэри принадлежавшее ей по праву имя своей жены, и, не теряя времени, он обвенчался с ней (30 декабря 1816 года). Он потребовал своих детей от Вестбруков, но ему в этом было отказано. После томительных канцелярских проволочек лордом Эльдоном был поставлен приговор по делу, гласивший, что, принимая в соображение, что убеждения, проповедуемые Шелли, ведут к образу жизни, который закон считает безнравственным, дети не могут быть доверены его непосредственному попечению; но, так как он указывает подходящих людей для воспитания их — д-р и м-с Юм, — дети будут вверены этим попечителям на все время их малолетства, и отцу будет дозволено в определенное время видеться с ними. Решение канцлера не хотело быть резче, чем это казалось необходимым. Но отнятие детей было гораздо более тяжелым ударом для Шелли, чем смерть их матери. Одно время он боялся даже, что и малютку Вильяма возьмут у него.
Пока дело тянулось у канцлера, Шелли жил в Марло, на Темзе. Бывая в Лондоне, он иногда навещал Гента и в его доме встретился с Китсом и Хэзлиттом. Он был теперь в дружеских отношениях с Годвином и приобрел себе нового и ценного друга в лице Хорэса Смита. В Марло, несмотря на все судебные волнения; у него было много счастливых минут. Он много читал по классической и современной литературе; он задумал и написал некоторые части «Царевича Атаназа» и «Розалинды и Елены». А когда он оставался один в лодке на Темзе или среди бршэмских лесов, он неуклонно шел вперед в развитии своего обширного эпоса революции и контрреволюции — «Лаона и Цитны». «Он видел или думал, что видит, — я привожу слова, раньше написанные мною, — что самым великим событием века было огромное движение к перестройке общества, движение, в котором Французская революция была ошеломляющим фактом, породившим много дурного и много хорошего. Его желанием было воспламенить в людях вновь стремление к более счастливому состоянию нравственного и политического общества; и в то же время он желал предостеречь людей от опасностей, возникающих в момент революции вследствие эгоизма людей, их вожделений и низких страстей. Он хотел изобразить истинный идеал революции — национальное движение, основанное на нравственном принципе, вдохновляемое справедливостью и милосердием, не запятнанное кровью, не омраченное буйством и употребляющее материальную силу только для спокойного применения к действию духовных сил. К несчастью, наряду со всем, что было замечательного в революционном движении того времени с энтузиазмом человеколюбия, с признанием значения нравственности в политике, с чувством братства всех людей, — наряду со всем этим в поэме Шелли находятся также и все узкие софизмы этого движения. Иллюзии Шелли теперь не могли бы увлечь ни одного мыслящего ума. Но его благородный пыл, трепетная музыка его стиха, яркая огненная красота образов все еще чаруют души людей».