В ноябре 1759 года Ее Императорское Величество повелела своему полномочному министру при шведском дворе, камергеру и генерал-поручику Никите Панину на время покинуть Стокгольм по случаю назначения его воспитателем и обер-гофмейстером великого князя Павла Петровича.
В период недолгого правления Петра III Панин выступал за отстранение императора от власти, имея в виду регентство Екатерины Алексеевны до совершеннолетия своего воспитанника, и за ограничение монаршей власти. Петр III не доверял Никите Ивановичу (даже держал при нем своего флигель-адъютанта), хотя и пожаловал чином действительного тайного советника и орденом Св. апостола Андрея Первозванного.
В июньском перевороте 1762 года Панин принял деятельное участие. Екатерина II наградила его за услуги ежегодной пенсией в размере 5 тысяч рублей.
Первое время Панин был лишь неофициальным советником императрицы по вопросам внешней политики, и ему пришлось выдержать сильную конкуренцию со своим старым другом А.П. Бестужевым-Рюминым. Иностранные послы сообщали своим правительствам об интригах А. Бестужева-Рюмина и Г. Орлова против Панина, который даже высказал желание отойти от дел.
Однако именно Панин 4 октября 1763 года стал старшим членом Иностранной коллегии; в октябре же, после окончательного удаления от дел Бестужева, к нему отошло заведование делами коллегии. Не будучи официально назначен канцлером, он был поставлен, по сути, выше вице-канцлера князя Д.М. Голицына и в течение почти двух десятков лет оставался главным советником Екатерины II и руководителем русской внешней политики.
В Петербурге внешнеполитические вопросы при Панине решались по отлаженной схеме. Никита Иванович получал корреспонденцию из-за границы и внимательно ее изучал. Отобрав самое важное, он писал на полях свои замечания и предложения и отправлял все это императрице. Екатерина бумаги просматривала и тут же утверждала. Затем в коллегии составлялись рескрипт для отправки послу или иные официальные документы, которые императрица тем же порядком утверждала. Иногда Панин «для выиграния времени» вторично бумаги на утверждение императрице вообще не посылал.
Императрица вела дипломатическую переписку или переговоры по согласованию с Паниным. Делалось это в тех случаях, когда ее непосредственное участие было выгодным с политической точки зрения. Большинство ее «личных» писем иностранным владетельным особам было заготовлено в Коллегии иностранных дел под руководством Никиты Ивановича.
Такой порядок ведения внешнеполитических дел сохранялся довольно долго. Особых изменений в нее не внесло даже создание в 1769 году Государственного совета, ибо его рекомендации по собственно политическим вопросам определялись в конечном счете мнением Панина и его предварительной договоренностью с Екатериной.
Правда, иногда императрица и ее «министр иностранных дел» расходились во мнениях по существенным вопросам. В таких случаях Никита Иванович часто открыто выражал свое недовольство. Он мог, например, подолгу не являться ко двору или, сказавшись больным, демонстративно разъезжать по городу, а все присылаемые бумаги отправлять обратно с надписью «господину вице-канцлеру».
С 1763 года Панин помимо Коллегии иностранных дел руководил еще и Тайной канцелярией, занимавшейся расследованием наиболее серьезных преступлений, в том числе и вопросами контрразведки.
Взяв в свои руки внешнюю политику, Никита Иванович быстро стал ее не только формальным, но и фактическим руководителем.
Первым делом ему пришлось решать польский вопрос. После смерти Августа III Екатерина в инструкции своим агентам поставила задачу – добиваться избрания на польский престол Станислава Понятовского, короля, «интересам империи полезного, который бы, кроме нас, ниоткуда никакой надежды в достижении сего достоинства иметь не мог».
События в Польше развивались благоприятно для России. После того как сейм постановил выдвигать в кандидаты только поляков, иностранные послы – французский, австрийский, испанский и саксонский – в знак протеста покинули Варшаву. 26 августа 1764 года Коронационный сейм в спокойной обстановке избрал стольника литовского графа Станислава Понятовского королем.
У Панина были все основания быть довольным. Россия добилась избрания на польский престол своего кандидата, причем так, что и в Польше сохранялось спокойствие и прочие европейские державы восприняли это событие как должное. Начинала складываться его, Панина, внешняя политическая система.
В ее основу легла идея создания Северного союза. Панин считал, что «…самое верное для поддержания в Европе равновесия против союза двух домов: австрийского и бурбонского, заключается в том, чтобы северные державы составляли между собою систему, совершенно независимую. Они гарантируют себя этим от вмешательства во внешние раздоры…» Иными словами, профранцузской коалиции следовало противопоставить союз северных держав – России, Пруссии, Англии, Дании, Швеции и Польши.
