Кармаль, находившийся в тот момент в эмиграции, так и остался за границей. При этом он перебрался в СССР, став фигурой, на которую поставило советское руководство. С принятием решения о вводе войск 12 декабря 1979 года стало окончательно ясно, что для СССР начнется собственная Афганская война. Кратко обсудив последние оговорки в документах, в Кремле одобрили операцию по свержению Амина. Конечно, едва ли кто-то в Москве тогда осознавал, насколько затянется эта военная кампания и сколько горя принесет народу СССР. Но с самого начала у решения ввести войска были и противники. Во-первых, не хотел этого начальник Генштаба Николай Огарков. Во-вторых, не поддержал решение Политбюро Алексей Косыгин. Эта его позиция стала дополнительным и решающим поводом для окончательного разрыва с Леонидом Брежневым и его сторонниками.
Непосредственные мероприятия по подготовке к переброске советской армии в Афганистан начались на следующий день, 13 декабря.
Ввод войск начался 25 декабря. Еще через два дня Амин, находясь в своем дворце, почувствовал себя плохо и потерял сознание. То же самое случилось с некоторыми его приближенными. Причиной этому послужило отравление, которое организовали советские агенты, устроившиеся в резиденцию поварами. Амину оказали медицинскую помощь, но охрана почувствовала неладное. В семь часов вечера неподалеку от дворца советская диверсионная группа «заглохла» на своей машине, остановившейся около люка, который вел в распределительный узел всех кабульских коммуникаций. Туда была опущена мина, и через несколько минут прогремел взрыв. Кабул остался без электричества. Так началась Афганская война. Кратко оценив ситуацию, командующий операцией полковник Бояринцев распорядился приступить к штурму дворца Амина. Сам афганский лидер, узнав о нападении неизвестных военных, потребовал у своих приближенных попросить помощи у Советского Союза (формально власти двух стран продолжали оставаться дружественными друг к другу).
Когда Амину доложили, что у его ворот спецназ СССР, он не поверил. Точно не известно, при каких обстоятельствах погиб глава НДПА. Большинство очевидцев позже утверждало, что Амин покончил жизнь самоубийством еще до того, как в его апартаментах появились советские военнослужащие.
В ночь на 28 декабря в столицу прибыл Кармаль, который и был объявлен главой государства. Силы СССР потеряли 20 человек (среди них были десантники и спецназовцы). Погиб и командующий штурмом Григорий Бояринцев.
Согласно характеру боев и стратегическим задачам, краткая история Афганской войны может быть разделена на четыре периода. Зимой 1979–1980 гг. состоялся ввод советских войск в страну. Военнослужащие были отправлены по гарнизонам и важным инфраструктурным объектам. Второй период (1980–1985) был самым активным. Боевые действия велись по всей стране. Они носили наступательный характер. Уничтожались моджахеды и улучшалась армия Демократической Республики Афганистан. Третий период (1985–1987) характеризуется операциями советской авиации и артиллерии. Мероприятия с применением наземных войск осуществлялись все реже, пока наконец не сошли на нет. Четвертый период (1987–1989) стал последним. Советские войска готовились к выводу. При этом гражданская война в стране продолжалась. Исламисты так и не были окончательно побеждены. Вывод войск был вызван экономическим кризисом в СССР и переменой в политическом курсе.
Когда Советский Союз только вводил свои войска в Афганистан, руководство страны аргументировало свое решение тем, что оно лишь оказывало помощь, согласно многочисленным просьбам афганского правительства. По свежим следам в конце 1979 года был созван Совет Безопасности ООН. На нем была представлена антисоветская резолюция, подготовленная США. Документ не был поддержан. Американская сторона, хотя и не принимала фактического участия в конфликте, активно финансировала моджахедов. У исламистов было оружие, закупленное на Западе. Таким образом, фактически холодное противостояние между двумя политическими системами получило новый фронт, которым стала Афганская война.
ЦРУ организовало на территории соседнего Пакистана несколько тренировочных и учебных лагерей, в которых проходили подготовку афганские моджахеды (душманы). Исламисты, помимо американского финансирования, получали деньги за счет наркоторговли. В 1980-е эта страна стала мировым лидером по производству героина и опиума. Часто целью советских операций было именно уничтожение этих производств.
В 1987 году началось осуществление «политики национального примирения». На своем пленуме НДПА отказалась от монопольного права на власть. Появился закон, который разрешал оппонентам власти создавать собственные партии. В стране появилась новая конституция и новый президент Мухаммед Наджибулла. Все эти меры предпринимались для того, чтобы прекратить войну методом компромисса и уступок. Одновременно с этим советское руководство во главе с Михаилом Горбачевым взяло курс на уменьшение собственных вооружений, что означало вывод войск.
