Фюре начинал с социальной истории буржуазии XVIII века, но с 1961 года занимался главным образом историей Великой французской революции. Первоначально он был сторонником марксистской теории, но позднее отказался от нее и критиковал присущее коммунистам понимание французской революции как одной из форм классовой борьбы. Фюре использовал термин «тоталитарные близнецы», сравнивая коммунизм с фашизмом и нацизмом. Он разделял точку зрения Э. Нольте о том, что фашизм появился в ответ на коммунизм. Фюре смотрел на революцию прежде всего как на конфликт по поводу смысла и применения эгалитарных и демократических идей. Он утверждал в 1978 году: «По-настоящему беспристрастная история Французской революции еще не написана. Не написана даже в самой Франции».
Фюре пытался понять причины большой привлекательности коммунистических идей для значительной части европейской интеллигенции. В книге «Прошлое одной иллюзии. Очерк коммунистической идеи в XX веке» («Le Passé d’une illusion, essai sur l’idée communiste au XXe siècle») (1995) историк создал трагический образ советского тоталитарного государства. Для Фюре истинная и единственная революция совершилась в конце XVIII века во Франции. Большевики лишь узурпировали ее наследие. Эта книга стала настоящим бестселлером – было продано более 100 тысяч экземпляров. В 1995–1997 годах Фюре дискутировал с немецким историком Эрнстом Нольте. Дебаты начались со сноски в книге Фюре «Прощание с иллюзией», в которой критиковались взгляды Нольте на отношения между большевизмом и фашизмом, что побудило Нольте написать письмо протеста. Фюре отстаивал свою точку зрения о тоталитарных близнецах, имеющих одинаковое происхождение, в то время как Нольте утверждал, что фашизм был ответом на большевизм.
В книге «Постижение французской революции» («Penser la Révolution française») (1978) Фюре исследовал «революционное сознание». На смену идее монарха пришла идея нации, превратившаяся в источник всех прав. После этого любая общественная группа, претендующая на власть, вынуждена заявлять о том, что её главная цель – осуществить волю народа (нации). Одна из важных заслуг Фюре в изучении французской революции – новое прочтение историографии XIX века, которую он рассматривал как поставившую главные вопросы XX века. В то же время историк утверждал, что французы должны перестать видеть в революции ключ ко всем аспектам современной французской истории.
Фюре полагал, что процесс демократизации французского общества начался в период революции (и даже до неё), завершился на рубеже XIX–XX веков, а последствия революции были преодолены только в начале Третьей республики, когда республиканцы в парламентской борьбе одержали верх над монархистами. По его мнению, Великая французская революция не может претендовать на роль события, которое скрепило французскую нацию и создало современную Францию. Историк считал, что в 1789 году произошли сразу три революции – революция просвещённого либерального дворянства и верхушки буржуазии, революция крестьян и революция санкюлотов. Но только революцию либеральных дворян следует считать прогрессивной. Революции крестьян и санкюлотов проникнуты антибуржуазными настроениями, только мешали прогрессивному развитию Франции. Якобинская же диктатура с ее террором продемонстрировала бессмысленность и беспощадность революции санкюлотов. Главным содержанием революции историк считал рождение гражданского общества и гражданской политической культуры во Франции.
Фюре является автором книг: «Французская революция» («La Révolution française (en collaboration avec Denis Richet)») (1965, 1966) в 2 томах, «Мастерская истории» («L’atelier de l’histoire») (1982), «Террроризм и демократия» («Terrorism and Democracy») (1985), «Фашизм и коммунизм: эпистолярный обмен мнениями с немецким историком Эрнстом Нольте, расширяющий Historikerstreit (спор историков)» («Fascisme et Communisme: échange épistolaire avec l’historien allemand Ernst Nolte prolongeant la Historikerstreit») (1988), «Критический словарь Французской революции» («Dictionnaire critique de la Révolution française (en collaboration avec Mona Ozouf») (1992) в 2 томах, «Столетие прихода к власти республиканцев» (en collaboration avec Mona Ozouf) (1993), «Линкольн» («Lincoln») (2001) и др.
