Когда Морхауз после очередного рейса вновь появился в Гибралтаре, с ним еще раз пожелал побеседовать главный прокурор Флуд. Он скрупулезно изучил отчет капитана и был сильно озадачен некоторыми несоответствиями капитанского доклада и показаний экспертов комиссии, осмотревших бригантину в Гибралтаре. Дело, по мнению Флуда, оказалось гораздо сложнее, чем виделось вначале.
Адмиралтейскую комиссию смущала запись на грифельной доске. Предполагалось, что она сделана одним из помощников капитана «Марии Челесты». Но адмиралтейская комиссия установила, что эта запись сделана не рукой Бриггса, не рукой Джиллинга и не рукой Ричардсона. Об этом свидетельствовал анализ почерков. Кроме того, на этой же самой доске, в самом низу, комиссией обнаружена еще одна запись: «Франциска! Моя дорогая и любимая жена!» Слова были нацарапаны каким-то твердым острым предметом. Франциска – имя госпожи Ричардсон, жены помощника капитана «Челесты» и дочери ее владельца. Сличение почерков показало, что последняя запись была сделана рукой Альберта Ричардсона. На основании этого Флуд пришел к выводу о возможности мятежа на корабле или нападения на команду. Дело выглядело зловеще.
С течением времени фантазия моряков превратила историю «Марии Челесты» в легенду. Все пытались разгадать загадку покинутой бригантины. Министр финансов США Уильям А. Ричардсон разослал по всем атлантическим портам страны циркуляр с просьбой сообщить любые известия. Комиссия Адмиралтейства продолжала следствие. Один из членов комиссии, опытный капитан парусника, заявил, что, по его мнению, речь идет об инсценировке. Если люди покидали судно в спешке, то им некогда было думать о необходимых вещах, поэтому были оставлены курительные трубки и вещи, разбит и брошен компас.
И тут водолаз, обследовавший днище судна, увидел на борту в 50 см над водой узкий надрез двухметровой длины, глубиной примерно сантиметра два, который не походил на случайную царапину от удара о причал. Похоже, что он был сделан каким-то острым инструментом. Обследовав обшивку носа бригантины с противоположной стороны, водолаз обнаружил там точно такой же надрез. Вновь зашла речь о мистике. Каким образом были нанесены эти разрезы, никто понять не мог.
Версия о мятеже была отброшена, и 12 марта 1873 года, по прошествии трех с лишним месяцев, следствие по делу пропавшей бригантины и ее экипажа было прекращено, а комиссия распущена. Через два дня городской суд Гибралтара назначил Морхаузу 1700 фунтов стерлингов. 15 марта 1873 года Винчестеру сообщили, что его судно отправлено в Геную.
Между тем мистический характер «Марии Челесты», получившей репутацию несчастливого судна, продолжал порождать новые истории. Через два года после таинственных событий владелец бригантины Винчестер решил избавиться от нее и продал буквально по дешевке. Уже на следующий год после продажи «Мария Челеста» попала возле Монтевидео в ураган и потеряла обе мачты. Когда бригантиной командовал капитан Паркер, она наскочила на полном ходу на рифы Рошелл. На них-то ей и пришел конец – прибой превратил «Марию Челесту» в настоящие щепки. На сей раз комиссия по расследованию легко доказала – крушение было предумышленным преступлением ради получения страховки. Суду были представлены документы, которые доказывали сговор судовладельца с капитаном бригантины. Накануне вынесения приговора капитан Паркер покончил жизнь самоубийством.
Американскую судоходную компанию «Джеймс Винчестер и К°» возглавлял уже правнук бывшего владельца «Марии Челесты» Ной Винчестер. Он, как и сын капитана Артур Бриггс, получал письма с просьбой рассказать подробнее об обстоятельствах исчезновения экипажа. Вскоре после окончания следствия из здания гибралтарского суда каким-то образом исчезла часть следственных документов, включая судовой журнал «Марии Челесты».
