Бывшая "королева пустыни" выглядела именно так, как ее описывал Кайе: оживленный торговый город, но от былых знаменитых ремесленных мастерских, школ и дворцов не осталось и следа. Здесь "Слуга Всемилостивейшего" нашел Тарик-эс-Судан и другие ценные рукописи. Барт делал выписки из этих рукописей, ночи напролет дискутировал со вспыльчивыми мусульманами. Лишения многолетних странствий все же сказались на его здоровье. В Томбукту он долго и тяжело болеет лихорадкой и дизентерией. Жизнь его все время в опасности и из-за враждебности многих жителей Томбукту - фанатиков-мусульман. Однако Барт умел находить в Африке и друзей. Его непримиримое отношение к работорговле озлобляло одних, но не раз ослабляло недоверие к чужеземцу среди угнетенных опасностью рабства племен. Образованные мусульмане не могли не признать блестящего знания Корана Бартом. Многие местные властители стремились извлечь личную выгоду и завязать торговлю с европейскими купцами благодаря посредничеству смелого путешественника.
После почти восьмимесячного пребывания в Томбукту, в апреле 1854 года он отправился в обратный путь. На этот раз он пошел вдоль Нигера и смог нанести на карту значительный участок среднего течения великой реки. Барт лично убедился в судоходности среднего Нигера. Через Кано Барт вернулся в Кукаву, пересек Сахару с юга на север и дошел до Триполи в августе 1855 года, вновь пройдя через всю Центральную Сахару, но теперь уже с юга на север.
В сентябре 1855 года, после шести лет, проведенных в почти непрерывных странствиях по Африке, Барт вернулся в Лондон. Он незамедлительно занялся обработкой и систематизацией собранных материалов и в 1857-1858 годах выпустил пять томов, озаглавленных "Путешествия и открытия в Северной и Центральной Африке в 1849-1855 гг.". В своем труде Барт отметил, что он ознакомился с огромной территорией Сахары и Судана. Было установлено, что Бенуэ не вытекает из озера Чад, и прослежена речная сеть Адамауа и Багирми. Кроме того, было сделано множество открытий в области лингвистики, этнографии, истории и других отраслей, благодаря которым, по словам Александра Гумбольдта, Барт открыл для Европы континент. Доклады, сообщения и публикации Барта подчеркивали реальные возможности для европейцев достигать глубинных районов Северо-Западной и Западной Африки, в частности плодородных земель бассейна Нигера. Это во многом способствовало росту интереса к исследованию внутренних областей в разных частях Африки.
Барт умер в 1865 году, но ему довелось еще при жизни прочитать свой некролог, опубликованный накануне его возвращения в Европу, где распространился слух о его гибели. С этим эпизодом связана еще одна страница в истории исследования Судана и некоторых областей Западной Африки. До конца 1852 года участникам "научно-торговой экспедиции" удавалось время от времени через торговые караваны, шедшие на север, пересылать сообщения, достигавшие Англии и Германии. В Европе стало известно о смерти Ричардсона, а затем и Офервега и о том, что Барт решил направиться из Борну в Томбукту. Но после этого сообщения от Барта не поступали, и, естественно, возникла тревога за судьбу последнего оставшегося в живых участника экспедиции Ричардсона.
В Англии было решено направить помощь Барту. Новую экспедицию из Триполи в Судан поручили возглавить соотечественнику Барта Эдуарду Фогелю. К тому времени, когда Фогель смог подготовиться к выезду в Африку, дошел слух о гибели Барта. В связи с этим Фогелю было поручено выяснить судьбу Барта, продолжить дело его экспедиции, занявшись изучением путей между Западным и Восточным Суданом. В ноябре 1854 года Фогель был уже недалеко от Кано, когда он неожиданно встретился с караваном, с которым Барт возвращался из Томбукту в Кукаву. Встреча путешественников была короткой, Барт не хотел отставать от торопившегося каравана. Фогель после этой встречи решил сразу же приступить к выполнению поставленной перед ним исследовательской задачи. Он повернул на восток, достиг области Вадаи, но был там убит из-за подозрительности местного правителя.
Поиски Барта породили еще одну, но более удачную и результативную в научном отношении экспедицию, проникшую в глубь Западной Африки. В 1853 году по указанию британского правительства из дельты Нигера вверх по реке на пароходе "Плеяда" была отправлена "научно-торговая экспедиция" под начальством капитана Уильяма Балфура Бейки. В нее входило много европейцев, в том числе Хатчинсон, Мей, Кроузер и другие англичане. Эта экспедиция должна была соединиться с Бартом, пройдя в глубь Африки от Атлантики до Судана водным путем по Нигеру и Бенуэ. Экспедиция добралась по этим рекам почти до Иолы, и таким образом была окончательно доказана возможность относительно простого продвижения от Атлантического побережья в те глубинные районы Западной Африки, куда с таким трудом дошел Барт, двигаясь через пустыню с севера.
