Он изучал природу местности и интересовался не только картинами тропической природы, но и жизнью людей. Путешествуя по диким областям Колумбии, забираясь в самые глухие уголки Анд и Сьерры-Невады, он заходил в индейские деревушки, знакомился с жившими в них индейцами и изучал быт и нравы этих первобытных обитателей Америки. Элизе Реклю чувствовал себя среди индейцев в полной безопасности и проводил с ними в беседах целые вечера. Он искренно полюбил индейцев и находил в них массу достоинств.
Индейцы всюду доверчиво встречали Элизе Реклю и немного боялись этого белого человека, считая его волшебником и чародеем за то, что он не ел мяса и питался только фруктами, овощами и хлебом.
Желая возможно подробнее изучить неисследованную страну, Реклю часто отправлялся вдвоем со своим проводником Джемом в горы. Во время одного такого путешествия он заболел тропической лихорадкой и вынужден был слечь в небольшой индейской деревне, где провел целых два месяца.
Однако здоровый организм Реклю справился с болезнью, и, оправившись, он смог продолжить путь.
Путешествуя по Колумбии, Реклю приобрел вместе с одним французом небольшую ферму в горах Сьерры-Невады. Однако недостаток средств, хозяйственного инвентаря и другие причины препятствовали правильному ведению хозяйства, тем более что научные интересы отвлекали от земледельческих работ.
Прожив в Южной Америке около двух лет, Реклю решил возвратиться в Европу. В это время реакция во Франции стала ослабевать. Наполеон III объявил амнистию всем эмигрантам, и Элизе Реклю мог вполне легально приехать на родину. Его старший брат Эли уже вернулся из Англии и жил в Париже.
1 июля 1857 года Элизе Реклю покинул американские берега и благополучно добрался до Европы.
Вернувшись во Францию, он поселился в Париже, в семье своего брата Эли. Париж привлекал Элизе главным образом возможностью пополнить свое научное образование.
В 1858 году Элизе женился на молодой мулатке, дочери негритянки из Сенегала и торговца из Бордо. В Париже Реклю усердно начал заниматься литературным трудом. Крупное издательство Ашет поручило ему составление путеводителей по некоторым странам Европы.
Находясь на службе у Ашета, Реклю много путешествовал по Европе, собирая материал для путеводителей. Таким образом, он посетил Германию, Швейцарию, Италию, Францию, Испанию и Англию.
В эти справочные книжки Элизе сумел вложить столько нового и интересного, что они стали конкурировать с немецкими путеводителями издателя Бедекера, и издательство Ашет стало дорожить сотрудничеством молодого ученого-географа. Кроме того, Реклю начинает сотрудничать в различных географических журналах; его статьи обращают на себя внимание ученого мира, и Парижское географическое общество избирает Реклю своим членом. Вскоре его выбрали в редакционную комиссию по изданию "Бюллетеней Географического общества". Как член Общества он часто выступал с докладами об экспедициях, предпринимаемых при содействии Общества. Научные вопросы связывались им с вопросами общественными.