Сначала поляки приняли русское посольство очень любезно, но потом стали требовать, чтобы послы от себя приказали смолянам сдать их город королю. Споры об этом продолжались долгое время. Филарет с товарищами доказывал, что это противно заключенному договору, а более всего указывал на то, что посольство не имеет права поступать так без совета с патриархом и со всею русскою землей. Никакие принуждения и угрозы поляков не заставили посольство исполнить волю короля; Филарет более всего призывал своих товарищей быть стойкими. Тогда поляки перестали совещаться с послами и на их глазах возобновили приступы к Смоленску. В феврале 1611 г. паны получили от московских бояр грамоту, в которой послам приказывалось сдать Смоленск и присягать на имя короля вместе с сыном. Послы, однако, отказались ее исполнять. «Эта грамота писана без патриаршего согласия, — сказал Филарет, — хотя бы мне смерть принять, я без патриаршей грамоты о крестном целовании на королевское имя никакими мерами ничего не буду делать». 26 марта канцлер Лев Сапега, узнав о том, что города русской земли по призыву Прокопия Ляпунова ополчаются против поляков, приказал взять послов под стражу. В апреле их отправили в Польшу, все имущество пограбили, а слуг перебили. Несколько лет Филарет прожил в доме Сапеги на положении пленника. Между тем в России происходили бурные события По призыву нижегородского старосты Кузьмы Минина начало формироваться новое ополчение, во главе которого встал князь Дмитрий Пожарский. Летом 1612 г. ополчение взяло Москву. Польский гарнизон, заключенный в Кремле, не выдержав голода, капитулировал. По призыву вождей ополчения в Москве собрался Земский собор и в начале 1613 г. избрал в цари шестнадцатилетнего сына Филарета — Михаила Федоровича Романова.
Весть об избрании Михаила не столько обрадовала, сколько встревожила Филарета. Он говорил русскому послу в Варшаве Желябужскому: «Вы нехорошо сделали — меня послали от всего государства послом просить Владислава в цари, а сами избрали государем моего сына. Могли бы выбрать и другого, кроме моего сына. За это вы передо мной не правы, что сделали так без моего ведома». Только в июле 1619 г. после заключения Деулинского перемирия Филарет был отпущен в Москву. Царь встретил его за городом при бесчисленном множестве народа и поклонился ему в ноги, а Филарет поклонился в ноги Царю, и оба лежали на земле, проливая слезы. В то время в Москве гостил патриарх Иерусалимский Феофан. По царскому прошению он 24 июля посвятил Филарета в сан московского патриарха.
С возвращением Филарета в Москву положение новой династии сразу укрепилось. До сих пор царь Михаил, человек очень кроткого характера и мягкосердечный, был самодержцем только по имени. Окружавшие его бояре позволяли себе всякие своевольства. Все управление государством зависело от них. Филарет же сразу взял всю власть в свои руки. Он имел очень большое влияние не только на духовные, но и на светские дела Без его воли ничего не решалось и ничего не совершалось Иностранные послы являлись к нему как к государю Сам он, как и сын, носил титул великого государя, ы По свидетельству одного современника, не очень расположенного к патриарху, Филарет был роста и полноты средних, Божественное писание разумел только отчасти, нравом был опальчив и мнителен, так что и сам царь его боялся. Бояре и все думные и близкие к царю люди находились у него в повиновении, он был грозен для тех, кто решался идти против него, и тотчас отправлял строптивых в ссылку. Во всей патриаршей епархии монастыри со всеми их имениями были отданы в его управление Важные указы царя писались не иначе как со слов его отца. По другим известиям, отношения между сыном и отцом во все годы их совместного правления отличались большой нежностью и всегда носили характер почтительного уважения. Филарет участвовал в принятии большинства решений. Если какое-либо из них не встречало его предварительного согласия, оно или отменялось, или исправлялось Если патриарх отсутствовал, Михаил всегда спрашивал его мнение и постоянно сообщал ему о текущих делах.
