Когда Никита подрос, отец отдал его учиться грамоте. Выучившись читать, Никита захотел изведать всю мудрость Божественного писания, которое, по тогдашнему строю понятий, было важнейшим предметом Он удалился в монастырь Макария Желтоводского, нашел какого-то ученого старца и прилежно занялся чтением священных книг. Вскоре один за другим умерли его мачеха, отец и бабка. Оставшись единственным хозяином в доме, Никита женился, но его неудержимо влекли к себе церковь и богослужение Будучи человеком грамотным и начитанным, он начал искать себе места и вскоре был посвящен в приходские священники. Ему тогда было не более 20 лет от роду. От жены он имел троих детей, но все они умерли один за другим еще в малолетстве. Это обстоятельство сильно потрясло впечатлительного Никиту Он принял смерть детей за небесное указание, повелевающее ему отрешиться от мира, и решил удалиться в монастырь Жену он уговорил постричься в московском Алексеевском монастыре, дал за нею вклад, оставил ей денег на содержание, а сам ушел на Белое море и постригся в Анзерском ските под именем Никона. Ему было тогда 30 лет Житие в Анзерском ските было трудное Братия, которой было не более Двенадцати человек, жила в отдельных избах, раскинутых по острову, и только по субботам вечером сходилась в церковь. Богослужение продолжалось целую ночь; братия выслушивали весь псалтырь, с наступлением дня совершалась литургия, потом все расходились по своим избам. Над всеми был начальный старец по имени Елеазар. Некоторое время Никон покорно подчинялся ему, Но потом между ними начались ссоры и несогласия. Тогда Никон перебрался в Кожеозерскую пустынь, находившуюся на островах Кожеозера, и по бедности отдал в монастырь (туда не принимали без вклада) свои последние богослужебные книги. По своему характеру Никон не любил жить с братией и предпочитал свободное уединение. Он поселился на особом острове и занимался там рыбной ловлей. Спустя немного времени тамошняя братия избрала его своим игуменом. На третий год после своего поставления, а именно в 1646 г., он отправился в Москву и здесь явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклонами к царям настоятели всех монастырей. Алексею до такой степени понравился кожеозерский игумен, что он тотчас велел ему остаться в Москве, и, по царскому желанию, патриарх Иосиф посвятил его в сан архимандрита Новоспасского монастыря. Место это было особенно важно, и архимандрит этого монастыря скорее, чем другие, мог приблизиться к государю: здесь была родовая усыпальница Романовых; набожный царь часто приезжал туда молиться за упокой своих предков и давал на монастырь шедрое жалование. Во время каждой из таких поездок Алексей подолгу беседовал с Никоном и чувствовал к нему все более расположения. Известно, что Алексей Михайлович принадлежал к разряду таких людей, которые не могут жить без сердечной дружбы, и легко привязывался к людям. Он велел Никону каждую пятницу ездить к нему во дворец. Беседы с архимандритом западали ему в душу. Никон, пользуясь расположением государя, стал просить его за утесненных и за обиженных. 1 Алексей Михайлович дал ему поручение принимать просьбы от всех тех, которые искали царского милосердия и управы на неправду судей. Никон отнесся к этому поручению очень серьезно, с большим тщанием исследовал все жалобы и вскоре приобрел славу доброго защитника и всеобщую любовь в Москве.
В 1648 г. скончался новгородский митрополит Афанасий. Царь, избирая ему преемника, предпочел всем другим своего любимца, и бывший тогда в Москве иерусалимский патриарх Паисий по царскому желанию рукоположил Новоспасского архимандрита в сан новгородского митрополита. Этот сан был вторым по значению в русской иерархии после патриаршего. Сделавшись новгородским владыкой, Никон впервые показал свой суровый властолюбивый нрав. Тогда же он сделал первые шаги к исправлению богослужения. В те годы церковная служба отправлялась на Руси нелепо: боясь пропустить что-нибудь из установленного ритуала, в церкви для скорости разом читали и пели в дватри голоса разное: дьячок читал, дьякон говорил ектению, а священник возгласы, так что слушающим ничего нельзя было понять. Никон велел прекратить этот обычай, не взирая на то, что его распоряжение не понравилось ни духовным, ни мирянам: с установлением правильного порядка службы удлинялось богослужение, а многие русские того века, хотя и считали необходимым бывать в церкви, не любили оставаться там долго. Для благочиния Никон заимствовал киевское пение. Каждую зиму он приезжал в Москву со своими певчими, от которых царь был в искреннем восторге.
В 1650 г. во время новгородского бунта горожане показали сильную нелюбовь к своему митрополиту: когда тот вышел уговаривать мятежников, его принялись бить и закидывать камнями, так что едва не забили до смерти.
Никон, однако, просил царя не гневаться на виновных. В 1652 г. после смерти патриарха Иосифа духовный собор в угоду царю избрал Никона патриархом.
