В этой войне Суворов также одержал несколько блестящих побед. В начале августа он во главе небольшого отряда в 4,5 тысячи человек выступил на Брест. По пути к нему присоединились другие русские войска, так что силы его выросли до 12 тысяч. Одержав несколько небольших побед над поляками, Суворов 8 сентября овладел городом. В течение месяца он стягивал отовсюду силы, готовя поход на Варшаву, и 7 октября двинулся против польской столицы, имея под началом 30-тысячную армию. Поляки, ожидая его, поспешно укрепляли варшавское предместье Прагу. Гарнизон ее достигал 30 тысяч человек. Обширные укрепления имели очень сложную систему: рвы, валы, волчьи ямы. Однако все это не смогло сдержать напора суворовской армии. Как и под Измаилом, он разделил свои войска на отдельные колонны и 24 октября атаковал Прагу сразу с трех сторон. В короткое время все укрепления были взяты, 8000 поляков перебито, а вся их артиллерия досталась русским. Прага, состоявшая преимущественно из деревянных домов, была сожжена дотла и к вечеру должна была капитулировать. Вслед за ней сдалась Варшава. За эту победу Суворов получил чин фельдмаршала. В 1795 г. ему поручили командование над всеми русскими войсками в Польше.
Некоторое время после возвращения в Россию Суворов проживал в Петербурге. В 1796 г. он получил новое назначение — командовать Екатеринославской дивизией. Но вскоре в его судьбе произошла крутая перемена. Когда умерла Екатерина II, российский престол перешел к ее сыну. Едва придя к власти, Павел I принялся реорганизовывать армию на прусский манер: явилась прусская форма, прусские военные уставы, стали насаждаться шагистика и вахтпарады. Суворов сколько мог противился этой реформе: не вводил в своих войсках новых уставов, отказался ликвидировать штаб, допускал и другие ослушания. Его строптивость, наконец, вызвала гнев Павла. В 1797 г. он уволил Суворова в отставку без права ношения мундира. Фельдмаршала сослали в его имение Кончанское. Ему было запрещено вести переписку, выезжать и встречаться с кем бы то ни было из своих соседей.
В 1798 г., когда на повестку дня встала война с Францией, Павел попытался помириться с Суворовым и вызвал его в Петербург. Однако фельдмаршал не пожелал идти навстречу его пожеланиям. Появившись во дворце, он начал чудить и почти открыто насмехаться над новыми порядками. На учениях, которые любезно устроил для него император, Суворов бегал, суетился между взводами, делал вид, что не может справиться с плоской форменной шляпой прусского образца: то и дело хватался за поля и ронял ее. С лица его не сходило выражение крайнего недоумения и изумления, и он что-то постоянно шептал себе под нос. Наконец Суворов громко сказал своему племяннику Горчакову: «Не могу, брюхо болит!» и ушел с учений. Павел был в ярости, хотя изо всех сил старался не показывать этого. Примирение не состоялось — через несколько дней Суворов отпросился обратно в свои имения.
Опала Суворова кончилась в феврале 1799 г. После объявления войны Франции Павел, ввиду настоятельных просьб Венского двора, принужден был вернуть знаменитого полководца в армию и поставил его во главе русского заграничного корпуса, действовавшего в Италии. 4 апреля Суворов прибыл в Валеджио и принял командование союзными русскими и австрийскими войсками. Всего в его распоряжении было около 48 тысяч солдат. Ознакомившись с ситуацией, он немедленно выступил против французов и 14 апреля вышел к реке Аде. Французский главнокомандующий генерал Моро заблаговременно приготовился к обороне — взорвал все мосты через реку и укрепился на ее западном берегу. Суворов велел наводить переправу и форсировать реку у Треццо и Кассано. Моро не сумел помешать этому и был отброшен. Не останавливаясь ни на минуту, Суворов двинулся к Милану, который капитулировал без боя. Затем сдались Тортона, Маренго, Турин. Французы отступили к Генуе. С юга Италии на помощь Моро подошла армия генерала Макдональда. Установив между собой связь, французские генералы решили наступать с двух сторон на Александрию, где располагались главные силы Суворова. Основная роль при этом отводилась ар'мии Макдональда. Разгадав их замысел, Суворов решил бить противников по частям. Прикрывшись от Моро с юга, он совершил стремительный 80-километровый марш и во встречном сражении на реке Треббии 7–8 июня наголову разгромил Макдональда. «Это сражение было самым жарким, — сообщал Суворов эрцгерцогу Карлу, — вся река Треббия была в огне, и только высокая храбрость нашей армии могла победить противника, дравшегося с отчаянным сопротивлением».
В следующем месяце русские и австрийцы взяли Мантую и форт Сервале.