К Суворову подходили резервы — в конце июля он имел под началом около 50 тысяч. У французов тем временем сменился командующий — вместо Макдональда и Моро был назначен Жубер. В начале августа он начал наступление от Генуи на восток и сосредоточил свои войска у Нови. Суворов ожидал его севернее этого города на заранее подготовленных позициях. 4 августа произошло решительное сражение. Ключевым пунктом французской позиции был город Нови на правом фланге. Суворов собрал против него свои главные силы, но сражение начал с отвлекающего удара по левому флангу французской позиции. Во время этого сражения Жубер был убит. Сменивший его Моро послал на левый фланг часть сил с правого. Ожидавший этого Суворов в 8 утра начал наступление на Нови. Ожесточенный бой продолжался пять часов, но не принес ожидаемого успеха. Тогда Суворов усилил нажим на левом фланге и в центре, ввел в бой свежие резервы, и к вечеру французы были опрокинуты. Потеряв до 20 тысяч убитыми, они на другой день в беспорядке отступили.
Развивая наступление, Суворов предполагал дальше вторгнуться во Францию, но вместо этого получил предписание из Петербурга двигаться в Швейцарию. Здесь была сосредоточена 84-тысячная французская армия Массена.
Против нее направлялась 40-тысячная австрийская армия и русский корпус Римского-Корсакова. Суворов, который должен был возглавить все эти силы, перед началом похода имел всего около 17 тысяч русских и 4 тысячи австрийцев. 10 сентября он выступил из Таверно на север и 13 сентября ударил по французам, занимавшим Сен-Готардский перевал. Атакованные с фронта и флангов, они отступили к Чертову мосту. На следующий день русские сбили их и с этих позиций, а 15 сентября вышли к Люцернскому озеру. Но дальше события развивались совсем не так, как планировали союзники. Спустившись в Муттенскую долину, Суворов узнал, что Римский-Корсаков уже разбит Массеной и что австрийцы спешно отступили из Швейцарии. Суворов оказался один на один с противником, который численно превосходил его в несколько раз. Над его корпусом нависла угроза окружения. Созвав совет подчиненных ему генералов, фельдмаршал заявил: «Помощи нам ждать не от кого, мы на краю гибели… Теперь остается надежда… на храбрость и самоотвержение моих войск! Мы русские». Решено было пробиваться на восток, через перевалы Гларис, Эльм и Панике к Иланцу — туда, где стоял корпус Римского-Корсакова. 19 сентября Суворов двинул вперед дивизию Багратиона, которая после двухдневных ожесточенных боев выбила французов с Гларисского перевала.
За ним шли главные силы. Тем временем арьергард под командованием генерала Розенберга два дня удерживал у Муттенталя главные французские силы под командованием самого Массена. 23 сентября Розенберг догнал армию Суворова. Русские вырвались из окружения, однако отступление их было страшно тяжелым. Оборванные, босые и истощенные, утопая в глубоком снегу, войска шли по узкой дороге, иногда по отвесным обрывам. Было очень холодно. Патроны и снаряды — на исходе. Не только офицеры, но и генералы переносили лишения и нищету наравне с солдатами. С тыла все время напирала французская армия. Арьергарду, которым командовал Багратион, приходилось то и дело вступать в бой. Наконец, 26 сентября армия вышла к Иланцу, а оттуда отступила в Аугсбург на зимние квартиры. Швейцарский поход, стоивший огромных жертв, успешно завершился.
Как в России, так и Европе итальянский и швейцарский походы Суворова вызвали изумление. Престиж русской армии поднялся на небывалую высоту.
В октябре 1799 г. Суворов был пожалован в генералиссимусы и получил титул князя Италийского. В Петербурге его ожидала торжественная встреча. Но "в январе 1800 г. Суворов внезапно заболел «огневицей». В Кобрине он слег. За этим недугом вскоре последовали новые удары судьбы — Суворов получил суровое письмо Павла. «Господин генералиссимус, — писал император, — …Дошло до сведения моего, что во время командования вами войсками моими за границей имели вы при себе генерала, которого называли дежурным, вопреки всех моих установлений и высочайшего устава. То удивляясь оному, повелеваю вам уведомить меня, что побудило сие сделать». Торжественная встреча была отменена. В Нарве Суворову сообщили указ Павла, запрещавший ему въезжать в столицу в дневное время. 20 апреля Суворов прибыл в Петербург и остановился в доме своей племянницы. Павел тотчас отправил ему указ с запрещением являться во дворец. Суворов, впрочем, уже и не мог этого сделать. Болезнь его быстро прогрессировала, течение ее приняло опасное направление. 6 мая Суворова не стало. Похоронили его без особой торжественности. Павел при погребении не присутствовал.
