По свидетельству лечившего его врача, пуля, пробив височную кость, прошла мимо глазных мышц, зрительных нервов и мозга, не задев их «Надобно думать, — писал врач, — что Провидение сохраняет этого человека для чегонибудь необыкновенного, потому что он исцелился от двух ран, из коих каждая смертельная». Действительно, через три месяца Кутузов уже был здоров и в конце года участвовал в штурме Очакова. В апреле 1790 г. он принял под свое командование войска, расположенные у крепости Аккерман, в ноябре взял Бендеры, а затем присоединился к армии, осаждавшей Измаил. Во время знаменитого штурма этой крепости Кутузов командовал шестой колонной, нацеленной на два бастиона и южные ворота города — Киликийские. Участок был очень трудный. Солдаты Кутузова были дважды отбиты от стен города, однако Суворов вместо просимого подкрепления прислал офицера поздравить Кутузова со званием коменданта крепости. В 1791 г. Кутузов был произведен в генерал-поручики. Оставаясь измаильским комендантом, он устроил несколько удачных рейдов за Дунай и одержал несколько побед — под Мачином и при Бабадаге, После заключения мира в 1793 г. Кутузов несколько месяцев был чрезвычайным и полномочным послом в Константинополе, а в сентябре 1794 г. его назначили директором Сухопутного шляхетского кадетского корпуса. Оставляя за собой этот пост, он в марте 1795 г. принял на себя командование сухопутными войсками Финляндии. Карьера Кутузова в те годы складывалась особенно удачно. Он был ловким и любезным царедворцем и в последние годы правления Екатерины вошел в ближайший круг ее доверенных лиц, едва ли не каждый день бывая при дворе. Хорошие отношения сложились у него и с ее сыном В 1797 г., уже при Павле I, Кутузов получил чин генерала от инфантерии и был поставлен командовать Финляндской дивизией (то есть Финляндским военным округом). Жил он большей частью в Выборге, хотя и в Петербурге бывал довольно часто. В начале 1800 г. император сделал его литовским военным губернатором, а летом перевел на юг и поручил формировать Волынскую армию. Кутузов, впрочем, оставался в столице и был в большом фаворе у императора. (Павел вообще чрезвычайно высоко ставил его ум и распорядительность и однажды назвал «одним из величайших полководцев нашего времени».) В 1801 г. Кутузов был частым гостем в новом императорском дворце — Михайловском замке. Благосклонность государя к Кутузову доходила до того, что он стал крестным отцом его внука Павлуши и уже в день рождения пожаловал того орденом Иоанна Иерусалимского.
Благополучная эпоха закончилась для Кутузова с мартовским переворотом 1801 г. Вскоре после убийства Павла новый император Александр I назначил его Петербургским военным губернатором, но уже летом 1802 г. сместил с этого поста, как говорили, за плохое состояние столичной полиции. Вскоре Кутузов был уволен от всех должностей и отпущен в свое имение «для поправления здоровья». Несколько лет он провел в своей деревне Горшки на Волыни, безуспешно стараясь «поправить их экономию» Из этого, впрочем, ничего не вышло — за два года в имении Кутузова случилось два неурожая, два пожара и ограбление (один из управляющих украл у своего незадачливого! барина 10 тысяч рублей). «Скучно работать… когда вижу, что состояние так расстроено, — писал Кутузов в одном из писем. — Иногда, ей-богу, из отчаяния хочется все бросить и отдаться на волю Божию…» Он, конечно, не мог не испытывать досады от того, что его многолетняя блестящая карьера закончилась вдруг так неожиданно и нелепо и что ему теперь до конца дней суждено жить в деревне, проводя все время в хозяйственных заботах и тщетной борьбе с наступающей нуждой.
Но Кутузов рано хоронил себя — трехлетняя опала закончилась так же внезапно, как началась. В начале 1805 г. Россия вступила в европейскую коалицию, направленную против императора Наполеона. В августе 1805 г. особым рескриптом Александр возвратил Кутузова на службу. Вскоре тот был поставлен во главе 50-тысячного русского корпуса, снаряженного для заграничного похода. Действовать Кутузову предстояло вместе с австрийской армией генерала Макка. Однако еще прежде прибытия в Бранау он узнал о постигшей австрийцев катастрофе — Макк, окруженный французами под Ульмом, капитулировал. После этого Наполеон обратил свою 150-тысячную армию против русских, рассчитывая прижать их к Дунаю, окружить и уничтожить. Кутузову оставалось одно — отступление. Французы шли за ним по пятам, и арьергард под командованием Багратиона то и дело должен был вступать в бой. У Кремса русская армия переправилась на левый берег Дуная.