Взорвав мосты, Кутузов некоторое время мог считать себя в безопасности. Но вскоре пришло известие, что французы взяли Вену и по Таборскому мосту также перешли на левый берег. Над Кутузовым опять нависла угроза окружения. Не теряя времени он направил войска ускоренным маршем от Кремса на Брюнн. На пути наступающих французов, которые спешили перерезать ему путь, он оставил 6-тысячный отряд Багратиона. 16 ноября у деревни Шенграбен тот навязал жестокий бой 30-тысячному корпусу Мюрата, задержав его на восемь часов. Воспользовавшись этой заминкой, Кутузов благополучно вывел главные силы из-под удара и 22 ноября прибыл в Ольмюц, где соединился с подошедшей из России армией Буксгевдена.
Несмотря на то, что теперь численность русских войск сравнялась с французскими, Кутузов был против генерального сражения и считал для союзников выгодным дальнейшее затягивание войны. Императоры Александр I и Франц думали по-другому — на военном совете было решено выступить навстречу Наполеону и дать ему бой при первой возможности. Встреча противников произошла у деревни Аустерлиц. Здесь 2 декабря вокруг Праценских высот развернулось жестокое сражение. Наполеон предугадал, что Кутузов будет стараться отрезать его от дороги к Вене и от Дуная, чтобы окружить или загнать к северу в горы. Поэтому он не стал прикрывать и защищать эту часть своих позиций и, преднамеренно отодвинув свой левый фланг, разместил на нем корпус Даву. Направлением своего главного удара Наполеон избрал Праценские высоты, против которых сосредоточил две трети всех своих сил. На рассвете русские и австрийцы начали наступление, но встретили упорное сопротивление Даву. Тогда император Александр против воли Кутузова отправил на подмогу атакующим корпус Коловрата, располагавшийся на Праценских высотах. Таким образом, к девяти часам утра основные силы союзников находились на их левом фланге, и все благоприятствовало замыслу Наполеона. Французы перешли в наступление и нанесли удар в центр русско-австрийской позиции. Уже через два часа Праценские высоты были захвачены. Развернув на них батареи, Наполеон открыл убийственный огонь во фланг и тыл союзных войск, которые стали беспорядочно отступать через озеро Зачан.
Множество русских было перебито картечью или утонуло в прудах, другие сдались в плен. После этого страшного поражения продолжать войну казалось невозможным — австрийский император запросил мира.
Аустерлицкое поражение окончательно лишило Кутузова расположения государя. В начале 1806 г. Александр сместил его с поста главнокомандующего, перевел в тыл и поставил во главе пяти волынских дивизий. В сентябре они были отправлены на Запад — война с Наполеоном продолжалась. Но Кутузов не принял на этот раз участия в военных действиях — он был назначен Киевским военным губернатором. Затем, после заключения Тильзитского мира, в марте 1808 г., его определили командиром корпуса в Молдавскую армию фельдмаршала Прозоровского, воевавшую против Турции. Весной 1809 г. войска Кутузова безуспешно осаждали Браилов, но не смогли его взять, а летом Прозоровский добился его удаления — Кутузова опять назначили Литовским военным губернатором. Здесь он пробыл два года, пока в марте 1811 г. не был назначен главнокомандующим Молдавской армией.
Александр должен был пойти на этот шаг, чтобы закончить наконец войну, длившуюся уже пятый год и оттягивавшую на себя значительную часть русской армии.
Прибыв в апреле в Бухарест, Кутузов начал с того, что стянул в один кулак силы, распыленные до этого по всей Румынии и Молдавии. Затем он двинулся под Рущук. Эта крепость была единственным опорным пунктом русских на правом, турецком, берегу Дуная. Турецкий полководец Ахмет-бей во главе 60-тысячной армии подступил к Рущуку, намереваясь захватить крепость, перейти Дунай и дать русским генеральное сражение у Бухареста. Кутузов ожидал его, имея под своим началом всего 15 тысяч солдат. Тем не менее 4 июля русские, встретившие противника в поле перед крепостью, мужественно отбили все атаки турецкой конницы и в решающий момент вместе с гарнизоном Рущука контратаковали. Турки бежали, потеряв до 5 тысяч человек. Однако Кутузов сделал все, чтобы убедить турок в своей слабости: приказал взорвать укрепления в Рущуке и всем войскам переправиться на левый берег Дуная. Это решение оказалось неожиданным и для своих, и для врагов. Император был недоволен, товарищи недоумевали. Кутузова упрекали в нерешительности, чуть ли не в трусости, но он никому не объявлял своих замыслов.
