С публикации этого трехтомника началась систематическая научно-исследовательская работа Сергея Александровича над историей украинской литературы. Закончив в 1901 году университет и никогда более не вспоминая о полученном дипломе юриста, С. А. Ефремов всецело посвятил себя литературоведческой и публицистической деятельности. Он много печатался в авторитетном историко-культурологическом журнале «Киевская старина», в «Киевских откликах», «Лiтературно-науковому вiснику», «Записках НТШ», «Русском богатстве».
Считая главным призванием художника служение народу, С. А. Ефремов выступает за реалистическую литературу, критически относясь к новомодным в то время модернистским течениям, в том числе и к набиравшему силы символизму, видя в них оторванные от жизни интеллигентски-снобистские направления.
Ефремову всегда было присуще скептическое отношение к приходившим с Запада веяниям, будь то декаданс или марксизм, о чем он во всеуслышанье заявил в своей программной статье «В поисках новой красоты» (1902). Подобная позиция осложнила его отношения с такими украинскими поэтами и писателями, как И. Я. Франко, Леся Украинка и О. Ю. Кобылянская, творчество которых развивалось в русле общеевропейского литературного процесса.
Сложный, настойчивый, принципиальный характер С. А. Ефремова не способствовал установлению теплых отношений с другими, достаточно амбициозными лидерами украинского движения начала XX века, в частности с М. С. Грушевским и В. К. Винниченко. Органически не воспринимая марксистский космополитизм, Ефремов подозрительно относился к социал-демократической ориентации сформированной в 1900–1902 годах Революционной украинской партии (РУП) и, тем более, к вскоре созданной на основе ее ведущего ядра Украинской социал-демократической рабочей партии (УСДРП), возглавленной В. К. Винниченко, Д. В. Антоновичем и Н. В. Поршем. Но, следуя их примеру, С. А. Ефремов сам начинает заниматься «партийным строительством» и выступает одним из основателей созданной осенью 1904 года мало заметной Украинской демократической партии (УДП). Эта партия быстро раскололась на умеренную Украинскую демократическую и левую. Украинскую радикальную (с которой остался и Ефремов) партии, осенью 1905 года объединившиеся на платформе борьбы за широкую украинскую автономию в границах обновленной демократической федеративной России.
Во время революции 1905 года С. А. Ефремов развернул широкую публицистическую работу. Он опубликовал несколько брошюр для народного чтения, входил в состав редколлегии украиноязычного журнала «Общественная мысль». Арестованный в конце декабря 1905 года за национально-политическую деятельность, Сергей Александрович почти год провел в киевской Лукьяновской тюрьме. После освобождения, в период спада революционного энтузиазма в обществе, он продолжал выступать с публицистическими статьями по украинскому вопросу, редактировал большую часть книг, издаваемых издательством «Век», сопровождая их биографическими статьями об авторах.
Но основным занятием Сергея Александровича постепенно становится историко-литературная работа. В годы, последовавшие после поражения Первой русской революции, он являлся активным членом основанного в 1908 году Общества украинских прогрессистов (Товариства українських поступовців — ТУП), сплотившего ведущих представителей творческой интеллигенции Киева, а также других украинских культурно-общественных организаций. Кроме многочисленных статей в украинской и русской периодике на украинском языке выходят его литературоведческие книги «Шевченко и украинская литература» (1907), «Марко Вовчок» (1907), «Тарас Шевченко, его жизнь и дела» (1908), а также брошюры по общественно-политическим вопросам: «Еврейское дело на Украине» (1908), «Из общественной жизни на Украине» (1909) и другие.
В 1911 году в Киеве был издан фундаментальный труд С. А. Ефремова «История украинской литературы», в дальнейшем неоднократно переиздававшийся. В этом исследовании впервые был собран, упорядочен и обобщен колоссальный разноплановый материал, осмысленный, однако, уже в несколько старомодном для начала XX века народническом идейном контексте.
Основным содержанием украинского литературного процесса исследователь считал раскрытие национально-освободительных идей, основываясь на принципе народности. Этим обусловлена его недооценка самобытного значения украинской литературы эпохи барокко и модернистских течений рубежа XIX–XX веков. В целом эту книгу украинская общественность восприняла одобрительно, хотя не обошлось и без полемических откликов, один из которых принадлежал историку Д. И. Дорошенко.
