Затем испанцы беспрепятственно вступили в столицу Инкской империи город Куско. Генерал-капитан испанского короля действовал как опытный завоеватель. Он сразу же поставил во главе покорённого индейского государства марионеточного правителя Манко — брата Уаскара. Так междоусобная война между сыновьями верховного инкского вождя Уайны Капака привела к развалу великого государства. Пройдёт немного времени, и Манко, бежав в 1535 году в горы, начнёт поднимать инков на вооружённую войну против испанцев.
Небольшое по численности войско испанских завоевателей всего за несколько лет покорило огромную территорию, населённую инками и подвластными им индейскими племенами. Франсиско Писарро стал королевским губернатором огромных владений в Южной Америке — большей части современных Перу и Эквадора, северной части Чили и части Боливии.
Историк Прескотт писал: «Писарро выдал покорённые народы своей разнузданной солдатне, которая в священных монастырях удовлетворяла свою похоть; города и села отдавались ей на разграбление; завоеватели делили между собой несчастных туземцев как рабов и заставляли их работать в рудниках, разгоняли и бессмысленно уничтожали стада, опустошали житницы, разрушали прекрасные сооружения, повышавшие плодородие почвы; рай был превращён в пустыню».
Огромная империя инков пришла до поры до времени в полное повиновение генерал-капитану короля Испании. В 1535 году Франсиско Писарро, оставив в инкской столице Куско управляющим своего брата Хуана, выступил с частью своего войска к берегу Тихого океана. Там он решил основать город Лиму — «город королей». Одновременно он вознамерился на правах губернатора ограничить кипучую деятельность своего давнего соратника Диего де Альмагро, который все больше и больше выходил из подчинения Писарро. А это грозило мятежом в войске завоевателя, и без того малочисленного.
Основание портового города Лимы стало своеобразным триумфом великого испанского завоевателя. Теперь у губернатора бывшей империи инков имелась собственная столица. Десятки тысяч индейцев с рабской покорностью возводили по европейским чертежам дворцы и католические храмы, портовые сооружения и крепостные укрепления. Город был построен на пустынном океанском берегу в самые короткие сроки и стал опорным пунктом Испанского королевства на Тихоокеанском побережье Южной Америки на несколько столетий.
Однако завоевателей ожидало далеко не безоблачное правление в покорённой индейской державе. Бежавший из Куско марионеточный верховный Инка действовал успешно. Уже в течение нескольких месяцев он сумел собрать многотысячное войско и в феврале 1536 года осадил столицу. Осада Куско продолжалась шесть месяцев. Немногочисленный испанский гарнизон был изнурён борьбой с пожарами, который инкские воины производили метанием раскалённых добела камней, обёрнутых просмолённой ватой.
Манко ездил на испанской лошади, в стальных рыцарских доспехах, а его воины имели несколько мушкетов. Возможно, что всё это было приобретено у жадных на драгоценности испанских солдат за золото. Войско индейцев, не привыкшее вести длительные осады, стало постепенно расходиться по домам. Манко, так и не сумевший взять приступом или долгой осадой Куско, был вынужден с остатками своих воинов отойти в горы. Он продолжал совершать оттуда набеги на завоевателей, но Франсиско Писарро с помощью индейцев — врагов инков сумел убить Манко. Лишившись своего последнего вождя-полубога, инки прекратили организованное сопротивление испанцам.
Вскоре открытое вооружённое противоборство началось в самом лагере испанских завоевателей. Диего де Альмагро открыто обвинил Франсиско Писарро в том, что он обделил своих солдат при разделе огромных сокровищ инков. Скорее всего, так и было. Сторонники Альмагро подняли мятеж.
В 1537 году Писарро, получив подкрепления из Испании, в бою у Лас-Салинаса разбил отряд Альмагро, а его самого взял в плен. Победа была одержана во многом благодаря тому, что королевские солдаты получили на вооружение новые мушкеты, которые стреляли несколькими сцепленными одна к одной пулями. Диего де Альмагро был казнён именем короля Испании.
В отместку сторонники казнённого Диего де Альмагро в июне 1541 года ворвались в губернаторский дворец великого конкистадора и расправились с престарелым завоевателем империи инков. Волей судьбы Франсиско Писарро погиб не от рук индейских воинов, а от собственных солдат, которых он сделал богатыми. Однако их алчность не знала предела.
По сравнению с другими испанскими завоевателями Франсиско Писарро добился наилучших результатов при покорении индейских народов и цивилизаций Латинской Америки. С наименьшим количеством воинов он сумел завоевать огромные и густонаселённые земли, хранившие несметные богатства, прежде всего золота и серебра. Скоро сюда потянулись переселенцы из Испании, а католическая церковь крестом и мечом стала крестить миллионы индейцев-язычников.
