К концу 330 года до н.э. царь Македонии подчинил себе всю Малую Азию и Персию, достигнув цели, поставленной его отцом. Меньше чем за пять лет Александр создал величайшую для того времени империю. На завоёванных территориях правила местная знать. Только военные и финансовые дела поручались грекам и македонцам. В этих вопросах царь Александр доверял исключительно своим людям из числа эллинов.
В следующие три года Александр Македонский совершил военные походы на территорию нынешнего Афганистана, Среднюю Азию и Северную Индию. После этого он окончательно покончил с Персидской державой, царь-беглец которой, Дарий III Кодоман, был убит собственными сатрапами. Великий завоеватель осудил подобный поступок подданных персидского владыки, поскольку желал видеть Дария своим почётным пленником. Затем последовало завоевание областей Гиркании, Арии, Дрангианы, Арахозии, Бактрии и Согдианы.
В двух последних странах завоеватели встретили сильное сопротивление местных жителей и правителей. Бактрийские и согдианские феодалы со своими воинами укрывались в хорошо укреплённых замках, штурм которых был сопряжён с большими потерями. Македонское войско перешло даже реку Яксарт и вторглось в страну кочевников-скифов. Покорив себе окончательно многолюдную и богатую Согдиану, Александр женился на Роксане, дочери бактрийского князя Оксиарта, который особенно доблестно сражался против него, стремясь таким путём укрепить своё господство в Средней Азии.
Знакомство с образом жизни персидской знати наложило отпечаток на великого завоевателя. Плутарх писал: «Александр стал носить одежду персидских царей и диадему, что не было принято раньше у македонских царей… Желая подражать персам в распущенности нравов не менее, чем в одежде, он отобрал среди множества царских наложниц самых красивых и знатных по происхождению и проводил с ними ночи поочерёдно… во всём лагере стали возмущаться тем, что Александр оказался таким выродком по сравнению с отцом своим Филиппом, что даже отрёкся от своей родины… Александр начал свирепствовать по отношению к своим не как царь, а как враг».
Кроме внешних врагов у Александра теперь появилось немало противников среди македонской аристократии, хотя своими завоеваниями он очень обогатил её. Уже осенью 330 года до н.э. в Профтасии в области Дрангиане был открыт крупный заговор, в котором оказался замешанным предводитель македонской аристократии Филота. Он был казнён по решению суда и настоянию других военачальников. Отец Филоты, полководец Парменион, был убит без суда и какого-либо доказательства вины из-за возросшей подозрительности Александра.
В 328 году до н.э. Александр в припадке гнева и опьянённый вином заколол во время пира военачальника Клита, который спас ему жизнь в сражении при Гранике. В начале 327 года до н.э. в Бактрии раскрыли заговор знатных македонян, которые все были казнены. Такой же заговор привёл к гибели философа Каллисфена, родственника Аристотеля. Этот последний карающий поступок великого завоевателя был труднообъясним, поскольку его современникам было хорошо известно, насколько высоко почитал ученик своего мудрого учителя.
Окончательно подчинив себе Бактрию, Александр Македонский весной 327 года до н.э. предпринял поход в Северную Индию. Его армия в 120 тысяч человек состояла в основном из войск покорённых земель. Перейдя реку Гидасп, он вступил в сражение с армией царя Пора, включавшей в себя 30 тысяч пеших воинов, 200 боевых слонов и 300 боевых колесниц.
Кровавая битва на берегах реки Гидасп закончилась очередной победой великого завоевателя. Немалую роль в ней сыграла лёгкая греческая пехота, которая бесстрашно атаковала боевых слонов, которых так боялись восточные воины. Изрядная часть взбешённых многочисленными ранами животных развернулась и кинулась сквозь свои же собственные боевые порядки, смешав ряды индийской армии. Победители потеряли всего 1 тысячу воинов, побеждённые же гораздо больше — 12 тысяч убитыми и ещё 9 тысяч индусов попали в плен. Индийский царь Пор оказался пленённым, но вскоре был освобождён победителем. Затем войско Александра Великого вступило на территорию современного Пенджаба, выиграв ещё несколько сражений.
Однако дальнейшее продвижение в глубь Индии было остановлено: в македонской армии начался открытый ропот. Солдаты, измотанные восемью годами постоянных военных походов и битв, умоляли своего царя вернуться домой, в далёкую Македонию. После выхода вдоль берегов Инда к Индийскому океану Александру Великому пришлось подчиниться желанию войска. Он решил на какое-то время прервать своё победоносное шествие по просторам Азии.
Царь Македонии, организовав управление новыми завоёванными землями, двинулся через пустыни Гедрозии (современного Белуджистана) на Запад. Греческий флот во главе с Неархом двинулся обратно вдоль морского побережья. В это время Александр последовательно проводил обучение пленных персидских и иных воинов македонской тактике, что вызвало недовольство среди греков, которое было сурово подавлено царём.