Когда Россия вступила в антифранцузскую коалицию совместно с Оттоманской Портой, которая теперь стала её союзницей, вице-адмиралу Ушакову было поручено возглавить Средиземноморскую экспедицию 1798-1800 годов. В середине августа Ушаков, имея под своим флагом 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 авизо — судов для разведки и посылок, взял курс из Севастополя в Стамбул. На кораблях в качестве морского десанта находилось 1700 солдат черноморских гарнизонов и 35 гардемарин Николаевского флотского училища.
В Стамбуле султан передал под командование русского флотоводца турецкую эскадру адмирала Кадыр-бея. 4 линейных корабля, 6 фрегатов, 4 корвета и 14 канонерских лодок. С этими силами Ушаков начал боевые действия против французских морских и сухопутных сил у греческих берегов, имея целью освобождение семи Ионических островов — Цериго, Занте, Кефалонию, Итаку, Святого Мавры, Паксо и Корфу, русскому адмиралу, кроме того, было поручено установить контакты с командующим английской эскадрой в Средиземном море вице-адмиралом Горацио Нельсоном для совместных действий против французского флота.
Русский морской десант за шесть недель занял острова Цериго, Занте, Кефалонию и Святого Мавры. Греческое население островов приветствовало своих освободителей. После этого Ушаков приступил к самой крупной операции Средиземноморской экспедиции — овладению островом Корфу и одноимённой крепости.
Остров Корфу считался ключом к Адриатике. Венецианцы возвели здесь мощную крепость. Укрепления острова состояли из Новой крепости с тремя передовыми фортами и Старой крепости (цитадели). Французы, захватившие Корфу, укрепили его артиллерией из 650 орудий и 3-тысячным гарнизоном. На Корфу располагалось и главное командование французских войск: генеральный комиссар республики Дюбуа и губернатор Ионических островов дивизионный генерал Шабо. С моря главную крепость прикрывали два острова — Лазаретто и Видо. На последнем в укреплениях находилось пять больших батарей и 500 солдат. Под стенами крепости стояла французская эскадра: 1 линейный корабль, 1 фрегат, 1 бомбардирский корабль и несколько других судов.
Первоначально Ушаков блокировал крепость Корфу с моря. Для штурма мощной крепости русских морских пехотинцев явно не хватало. Командующий эскадрой приказал провести учения с корабельными экипажами, чтобы они могли воевать на суше. В сражении согласилось участвовать 2 тысячи вооружённых повстанцев — жителей острова. После настойчивых переговоров с союзниками-турками удалось добиться, чтобы они прислали 4250 воинов-албанцев (треть обещанных Стамбулом десантных войск). В большом количестве изготовлялись штурмовые лестницы. Лично Ушаков разработал 130 условных сигналов флагами для управления флотом во время штурма крепости Корфу с моря.
Русские десантники, высадившись на острове, возвели две артиллерийские батареи против фортов Новой крепости. За день до штурма вице-адмирал Ушаков издал приказ, согласно которому с началом штурма сухопутным войскам надлежало брать приступом передовые французские укрепления, а флоту предписывалось атаковать крепость Видо. Ушаков считал её ключом к главной крепости — Корфу.
Штурм Корфу начался 18 февраля 1799 года в 7 часов утра. К этому времени корабельная артиллерия подавила огонь двух французских батарей, и на острове Видо высадился 2-тысячный десант. На Видо в плен сдались его комендант бригадный генерал Пиврон и 422 солдата и офицера островного гарнизона.
Одновременно со штурмом острова Видо начался приступ крепости Корфу. Десантные войска при огневой поддержке корабельной артиллерии успешно овладели передовыми фортами Новой крепости, а в нескольких местах — самой крепостной стеной. К вечеру французы поняли, что их дальнейшее сопротивление бессмысленно, и гарнизонное командование через парламентёров запросило перемирия. На российском адмиральском корабле «Святой Павел» начались переговоры о капитуляции.
20 февраля французская крепость Корфу капитулировала. В плен сдался 2931 человек. В качестве трофеев было взято 16 различных кораблей и судов, около 630 орудий, различное военное имущество. Потери союзников составили около 300 убитых и раненых.
Штурм Корфу вошёл в историю как образец взаимодействия флота и морского десанта.
В 1805-1807 годы остров Корфу служил базой русской экспедиционной эскадры в Средиземноморье. По Тильзитскому миру он был передан Франции и принадлежал ей до 1814 года.
За штурм Корфу Федор Фёдорович Ушаков был произведён в адмиралы. Турецкий султан наградил его бриллиантовым челенгом (пером) и собольей шубой.
После освобождения Ионических островов эскадра Ушакова помогала русским войскам генерал-фельдмаршала А.В. Суворова, сражавшимся с французскими войсками в Северной Италии. На Средиземном море были нарушены коммуникации противника, блокированы порты Генуя и Анкона. Русские десантные войска участвовали в освобождении от французов Неаполя и Рима.
