После Абукирской битвы Нельсона послали в Неаполь для оказания помощи Неаполитанскому королевству в борьбе с Францией. В Неаполе он был встречен с королевскими почестями. С помощью леди Гамильтон он убедил неаполитанский двор начать войну с французами, которых с оружием в руках поддержали местные республиканцы. Но реально помочь королевству английская эскадра не смогла, и город достался французским войскам. Единственное, что смог сделать Нельсон в такой ситуации, так это в декабре 1798 года вывезти короля с семьёй и приближёнными в сицилийский порт Палермо.
Англичане возвратились к Неаполю тогда, когда город освободила русская эскадра, а французский гарнизон капитулировал перед русскими десантниками и отрядами королевского наместника, кардинала Руффо. В тех событиях Горацио Нельсон запятнал своё имя жестокой расправой с французскими военнопленными и итальянскими республиканцами.
По прибытии на неаполитанский рейд Нельсон объявил кардинала Руффо превысившим свои полномочия, а капитуляцию французского гарнизона — недействительной. После этого англичане захватили безоружных французов и неаполитанских республиканцев и учинили над ними самосуд. Такая же участь постигла и тех горожан, которые были замечены в сочувствии Франции и республиканским идеям. Улицы и площади крупнейшего города юга Италии покрылись тысячами окровавленных трупов.
На флагманском корабле Горацио Нельсона состоялся суд над пленённым престарелым адмиралом Караччоли. Его приговорили к тюремному заключению, но королева Каролина, леди Гамильтон и командующий британской эскадрой сочли этот приговор слишком мягким. Нельсон отменил приговор английского суда и приказал повесить бесстрашного адмирала-республиканца Караччоли на рее, а труп бросить в море.
В 1801 году Горацио Нельсон, получивший за успешные действия в Средиземном море против французов звание вице-адмирала, был назначен вторым флагманом второго флагмана в эскадру адмирала Хайда Паркера. Ей предстояло действовать в Северном и Балтийском морях против Дании, которая оказывала экономическую помощь Франции и вела с ней оживлённую торговлю.
Удачно пройдя пролив Зунд, английский флот, состоявший из 20 линейных кораблей (не считая фрегатов), дал сражение датскому флоту, насчитывавшему всего 10 линейных кораблей, который поддерживали береговые батареи. Вице-адмирал Нельсон атаковал противника 12 линейными кораблями, в то время как остальные под флагом адмирала Паркера оставались в резерве. Однако три английских корабля по пути сели на мель, и в морском сражении приняло участие только девять.
Флот Дании оказал нападавшим упорное сопротивление. Адмирал Паркер решил прекратить сражение и приказал подать своему второму флагману сигнал к отступлению. Тогда Нельсон приставил подзорную трубу к своему незрячему глазу и сказал стоявшим вокруг него офицерам: «Я слеп на один глаз, а потому имею право не все видеть».
К концу дня 2 апреля 1801 года морское сражение у Копенгагена завершилось трудной победой английского флота. Датские моряки сражались до последней возможности. Англичане потеряли в тот день 1200 человек, шесть их линейных кораблей были серьёзно повреждены. В датском флоте один линейный корабль был потоплен, а остальные выведены из строя. В перестрелке с береговыми батареями английская корабельная артиллерия по приказу Нельсона за два дня — 2 и 3 апреля — превратила многие копенгагенские кварталы в руины.
В этом морском сражении с флотом Дании Горацио Нельсон вышел победителем. Но в Лондоне его ожидало наказание за неповиновение командующему королевской эскадрой. В подобных случаях законы Британии отличались большой суровостью, и тому в истории было немало примеров. Однако вместо этого он получил высокую награду — титул виконта.
Победа англичан в Копенгагенской гавани имела политическое следствие — Лига нейтральных государств, в которой Дания была лидером и которая не хотела портить отношения с Францией, самораспустилась.
Вскоре последовало кратковременное перемирие между Англией и Францией, однако уже в 1803 году война между ними возобновилась.
Вице-адмирал Нельсон командовал эскадрой в проливе Ла-Манш, которая была сформирована для противодействия французской Булонской флотилии. Осенью того же года Нельсон совершает неудачное нападение на Булонь.
В 1803-1805 годах английский флотоводец командовал эскадрой, действовавшей в Средиземном море против Франции и Испании. Первоначально британский флот заблокировал французский в Тулоне. Однако французы, воспользовавшись непогодой, сумели беспрепятственно выйти в открытое море и уйти в испанский порт Кадис, где они соединились с флотом Испании. Нельсон подошёл к Кадису и заблокировал там союзный франко-испанский флот.
