Уже в следующем 1805 году новоиспечённый маршал полностью оправдал своё высокое воинское звание. В войне против Австрии Мишель Ней командовал корпусом в сражении под Ульмом. 14 октября солдаты Нея под сильным неприятельским огнём восстановили разрушенный Эльхингенский мост, что позволило им перейти на противоположный берег реки. После этого полки корпуса храбро атаковали австрийские позиции, взяли штурмом монастырь и деревню, где в каменных домах укрепились вражеские стрелки. Маршал Ней лично водил свои войска в атаку, оставшись при этом цел и невредим. 20-тысячная австрийская армия была отброшена от Эльхингена, потеряв при этом 3 тысячи человек пленными и артиллерию. В военную историю эта атака французского корпуса вошла ещё и как штурм Эльхингенских бастионов.
Через два дня, 16 октября, корпус Нея штурмовал высоты Михельсберга, где укрепились австрийцы. Одновременно маршал Ланн со своим корпусом захватил Фраунберг. Неприятельская армия во главе с её главнокомандующим Макком была оттеснена к Ульму. Вырваться ей из ульмского окружения не удалось даже ценой больших потерь, и она на следующий день капитулировала.
За победу при Эльхингене и Михельсберге в качестве боевой награды маршал Ней получил от императора титул герцога Эльхингенского.
Во время русско-прусско-французской войны 1806-1807 годов, когда основные боевые действия велись на территории Восточной Пруссии, корпус Нея отличился в двух больших сражениях — при Прейсиш-Эйлау и Фридланде.
В это время в штабе Нея служил швейцарец Антуан Анри Жомини, впоследствии ставший генералом сперва французской, затем русской армии. Хладнокровный Жомини оказался подлинной находкой для темпераментного Мишеля Нея. Эти два человека настолько удачно дополняли яруг друга, что успешно разрешали любую задачу, ставившуюся перед их корпусом. Более того, именно Жомини помогал своему начальнику налаживать отношения и координировать действия на войне с другими, не менее самолюбивыми маршалами Франции.
Ней, хотя и не всегда ладил со своим начальником штаба, был искренне благодарен ему за помощь. Он, например, дал Антуану Жомини деньги на издание некоторых его сочинений по военной теории, оказавших немалое влияние на развитие мировой военной мысли.
Заслуги швейцарца были по достоинству оценены не только Наполеоном, но и российским императором Александром I. Последний, когда Жомини перешёл к нему на службу, сразу же возвёл его в чин генерал-лейтенанта. Антуан Анри Жомини стал одним из крупнейших военных теоретиков XIX века, автором классических трудов по военному искусству.
В 1810-1811 годах маршал Мишель Ней воевал на Пиренейском полуострове, на испанской и португальской земле. Здесь его противником был прославленный полководец британской короны герцог Веллингтон, командующий армией союзников. Война на Пиренеях шла с переменным успехом, и Нею не всегда сопутствовала удача. Так, 27 сентября 1810 года в сражении при Бусако его войскам и войскам генерала Ренье (около 40 тысяч человек) не удалось штурмом взять господствующие над полем боя высоты, на которых закрепились 25 тысяч англичан, прикрывавших отход главных сил Веллингтона к Торрес — Ведрас.
В Испании Мишель Ней хоть и прислушивался к советам незаменимого Жомини, однако не смог избежать конфликта с высшим командованием французской армии, расценивавшим некоторые его действия как непозволительное неповиновение. Более того, Ней поссорился с главнокомандующим маршалом Массеной по поводу плана очередной военной кампании, и в 1811 году был отстранён от командования.
Маршалу пришлось вернуться во Францию. Там он недолго оставался не у дел: в это время Наполеон Бонапарт начал готовиться к войне с Россией. Ней вновь был назначен командиром одного из корпусов императорской армии, которая перед вторжением в Россию получила название Великой.
Корпус маршала Нея участвовал в Смоленском сражении и преследовании русской армии по Московской дороге. В этой войне он окончательно сформировался как полководец. К этому приложил руку сам Наполеон, который постоянно требовал от Нея научиться сотрудничать с другими командирами корпусов и более взвешенно вести себя в ходе боевых действий. Наполеоновская наука командовать большими армейскими силами пошла маршалу на пользу.
Участие в Бородинском сражении вписало в полководческую биографию Мишеля Нея одну из самых ярких страниц. Его корпус в очередной раз оказался в самом пекле и понёс огромные потери, особенно в бою за Багратионовы флеши. Но тогда Ней командовал не только своим корпусом, а целой колонной наполеоновских войск или, говоря другими словами — армейской группировкой. Ему подчинялись корпус Монбрена и лёгкая кавалерия двух других корпусов.
