В 90-х годах прошлого века в Международной Церкви Христа усилилась тенденция к расколу. Сами руководители были обеспокоены тем, что на каждого новичка стало приходиться двое покинувших ряды Церкви. Отношение к «отпавшим» в секте, как и положено, было крайне отрицательным. Но не замечать массового исхода дальше было нельзя. Поэтому ряд местных лидеров стал все чаще говорить о необходимости реформы. Гонка за показателями постепенно начала отходить на второй план.
Положение осложнялось и критикой «извне», в том числе и со стороны «отпавших», что было наиболее опасным — ведь они действительно много знали о царящих внутри порядках.
В 1996 г. в США бывшими членами МЦХ была создана организация REVEAL. Название является аббревиатурой слов Research — Examine — Verify — Educate — Assist — Liberate, т. е. «Рассмотреть — Изучить — Определить — Объяснить — Помочь — Освободить», что, по сути, является декларацией деятельности этой группы бывших членов МЦХ. Своей задачей эта организация ставит критику Бостонского движения и сбор информации о нем, с привлечением широкого круга бывших участников движения, в том числе лидеров высокого ранга.
В 1998 г. Кип Маккин декларировал начало определенных изменений в МЦХ. Лидер движения призвал своих подчиненных «сместить фокус» с привлечением новых членов на поддержку тех, кто уже состоял в МЦХ. Видимо, по этой причине, начиная с 1999 г., темпы численного роста Международной Церкви Христа заметно снижаются.
В июне 2000 г., через шесть лет и пять месяцев после провозглашения «Шестилетнего плана» обращения мира, руководство МЦХ объявило о его благополучном исполнении «на 6 месяцев раньше намеченного срока». Теперь, по утверждению лидеров, МЦХ имеет общины во всех странах мира, где есть города с населением по меньшей мере 100 тысяч жителей. (Фактически, в некоторых странах состав общин МЦХ ограничивался исключительно членами прибывшей миссионерской команды. Некоторые церкви, например в Сербии и Эритрее, насчитывали по одному члену.)
11 ноября 2001 г. Кип Маккин и его жена Элена объявили о том, что на время отходят от руководства МЦХ, с тем чтобы работать над «серьезными недостатками в их браке и семье». (Дочь Маккина Оливия покинула МЦХ.)
Спустя год, в ноябре 2002 г., Кип Маккин официально подал в отставку с поста «Евангелиста Мировых Миссий». В своем письме, объясняющем данный поступок, он назвал его причинами серьезные недостатки и ошибки в осуществлявшемся им руководстве, нанесшие значительный вред Международной Церкви Христа. Он также попросил прощения у всех, кто потерпел ущерб от его авторитарных методов управления и призвал своих соратников коллегиально выработать принципы необходимых для МЦХ изменений.
Затем последовал целый поток «покаянных писем» руководителей национальных и городских общин, обличающих прежние «небиблейские» методы и стиль руководства. Структура «секторов мира» фактически перестала существовать. Более половины «работающих на церковь», т. е. оплачиваемых из церковных фондов лидеров, были уволены или сами подали в отставку. Начался настоящий «исход» американских лидеров из различных национальных церквей в США. Причиной отставок, как правило, объявляется недостаток средств на выплату жалованья, реже — недоверие со стороны паствы и растерянность самих лидеров.
В марте 2003 г. широкое распространение среди членов движения получило «Открытое письмо лидерам МЦХ „Честные перед Богом“», составленное руководителем Лондонской ЦХ, «евангелистом» Генри Критом, перешедшим в движение в начале 80-х годов прошлого века. Этот документ подвергает нелицеприятному разбору саму «систему» деятельности организации, прямо называя ее вредной и греховной. Генри Крит призвал всех членов движения к совместной разработке новых принципов и форм жизни движения.
После продолжительного молчания к пастве обратился и основатель МЦХ Кип Маккин. Его пятидесятистраничное письмо озаглавлено «От Вавилона до Сиона: Революция через Восстановление III». Название продолжает традицию программных обращений Маккина «Революция через Восстановление». Лейтмотивом обращения Маккина является попытка, невзирая ни на что, представить МЦХ как «движение Бога», а все беды организации свести к отдельным недостаткам и «перегибам», по возможности списать их на ошибки и грехи некоторых руководителей и рядовых членов. В противовес Генри Криту Маккин утверждает чистоту и непорочность лежащей в основе МЦХ системы ценностей и действий, которую отчасти затемнили греховные действия исполнителей.
Сейчас в мире насчитывается около 85 тысяч последователей Бостонского движения. Значительными тиражами издается журнал Церкви: Upside Down («Апсайд Даун»). Действуют общины и в России, и в Украине (всего около 6 тысяч адептов). Значительные дотации на развитие сети церквей в СНГ поступают из Бостона.
Когда люди, остановленные уличным агитатором Международной Церкви Христа, спрашивают, что это за организация, тот отвечает, что это просто группа христиан, которые хотят больше знать о Боге.
