Сами представители данного течения предпочитают называть себя духоборцами. По поводу происхождения этого названия есть разные мнения. Согласно одному из них, так назвал сектантов Украины архиепископ Амвросий, с сокрушением отмечавший их нежелание принять православие. Таким образом, получалось, что духоборцы борются со Святым Духом, ставят, его ниже Бога-Отца (как, например, иконоборцы боролись с почитанием икон). Но духоборцы, пожалуй наоборот, относятся к Духу (правда, в несколько ином понимании) очень уважительно. Они уповают на Дух, и в их псалмах поется: «духовным мечом воюем». Так что, возможно, название как раз говорит о том, что сектанты считали себя борцами за «дух» и за «истину», за «одухотворение омертвевшей в православии веры».
Возникла эта секта в середине XVIII века как одно из ответвлений того течения, которое можно назвать российским протестантизмом. Как и их западные собратья, духоборы отрицали необходимость духовенства, икон, «рукотворную церковь». Однако в отличие от большинства протестантов, которые тщательнейшим образом изучают Библию, духоборы довольно равнодушно относятся к Священному Писанию.
Многие исследователи объединяют духоборов с молоканами в одно течение — духовных христиан. Сами представители этих сект время от времени спорят, кто от кого отделился. Одним из первых руководителей у духоборов был Илларион Побирохин, а у молокан — Семен Уклеин, они были родственниками и даже некоторое время учительствовали вместе.
Движение духоборчества возникло в несколько иной среде, чем хлыстовство. У духоборов среди первых приверженцев учения были зачастую вполне зажиточные селяне. Как следствие — духоборы были менее суеверны и не так обременены патриархальными традициями.
Не исключено, что идеи течения начали проповедоваться одновременно в разных местах: в Екатеринославской и в Тамбовской губерниях. Среди первых идеологов духоборческого движения называют нескольких людей, в том числе Силуяна Колесникова.
Дом Силуяна был своеобразным лекторием для жителей окрестных сел. Колесников имел ораторские способности, был грамотным. В его родне верующим по воскресеньям читали книги религиозного содержания — в частности перевод произведения мистика Эккартгаузена «Ключ разумения, или Таинство», в котором (как и в любой мистической литературе) много говорилось о личном понимании и чувстве Бога. Колесников и сам произносил речи в таком же духе. Воскресенья у Силуяна стали настоящими религиозными собраниями зарождающейся секты. После смерти проповедника его учение широко распространили сыновья — Кирилл и Петр. Впоследствии среди духоборов было немало грамотных людей, знакомых с западной религиозной литературой, владеющих иностранными языками.
Другим лидером духоборов стал оптовый торговец шерстью Илларион Побирохин. В свое время он начал проповедовать, что спасение идет не по книге, а по духу и от духа; хранится оно не в Библии, а в некоей «Животной книге», в живой памяти. В поддержание таких идей была разработана теория о том, что Троица нераздельна, а Иисус Христос является божественным разумом, который переселяется из одних верующих в других. Так что Святой Дух был теперь и в самом Побирохине.
Илларион назвал себя Сыном Божьим и окружил себя 12 апостолами-архангелами и 12 «смертоносными ангелами». Первые помогали Побирохину в распространении веры, вторые выполняли административные (в том числе и карательные — против отступников) функции. Дело в том, что Илларион считал себя вправе судить весь мир.
В появлении дюжины «смертоносных ангелов» вокруг лидера секты сразу отразилась одна из важных особенностей нового движения. Духоборство стало своеобразным инструментом в руках зажиточного крестьянства, стремившегося усилить свое социальное влияние в сельском обществе. Религиозные догматы обосновывали право руководителей общины на довольно серьезную эксплуатацию рядовых членов организации. Именно вожди распоряжались общей кассой, среди духоборов существовало четкое разделение на крупных землевладельцев и батраков.
Почитатели Побирохина стали называть его кормильцем «духовной пищей». К учению Силуяна Колесникова «кормилец» добавил ряд представлений анабаптистского характера: отрицание необходимости крещения младенцев, общность имущества, отрицание государственной власти.
Духоборы полагали, что православие — это религия, мертвящая «Дух и истину». «Бог есть дух, — считали духоборы, — Бог есть слово, Бог есть человек… Тело ваше — храм… Дух Божий живет в вас, оживотворяет вас».