Эти Мальтийские Святыни стали впоследствии и святынями Русской Православной Церкви. 12 октября 1800 года, в правление императора Павла Петровича – 72-го великого магистра Ордена Святого Иоанна – Святейший Синод установил празднование памяти «Перенесения в Гатчину части древа Креста Господня, десницы Иоанна Крестителя и иконы Божией Матери Филермской», что является неизменным и поныне (хотя в современной России, кажется, день 12/25 октября почти нигде не празднуется).
Таким образом, когда говорится о награде орденом Св. Иоанна Иерусалимского необходимо помнить, что существует одноимённая религиозная организация и существовала некоторое время в России одна из высших наград – орден Св. Иоанна Иерусалимского. Как и другие награды данный орден имел знак и звезду.
Знак ордена представлял собой золотой крест о четырёх суживающихся к центру лучах, раздвоенных на концах подобно «ласточкиному хвосту», именуемый Мальтийским, с обоих сторон покрытый белой эмалью, между лучами которого располагались стилизованные золотые лилии. Непосредственно к верхнему лучу креста крепилась золотая корона, к которой, в свою очередь, крепились золотые рельефные боевые рыцарские трофеи в виде воинской арматуры, на обратной стороне которых находилось крепёжное кольцо для черной муаровой ленты. Знак ордена носился на шее (кавалер большого креста, командор) или в петлице (кавалер). Ф.Ф. Ушакову был пожалован Командорский крест, то есть орден II степени. Кроме того, к знакам ордена полагалась белая батистовая звезда, также в виде мальтийского креста. В это время орден Святого Иоанна Иерусалимского стал одной из высших и наиболее престижных наград в России.
Исследователи до сих пор дискутируют о том, какое место занимал знак ордена в орденской колодке офицеров. В одной из последних статей по этому вопросу Сергея Головина в «Журнале Коллекция» написано: «Рассуждая же о порядке размещения ордена Святого Иоанна Иерусалимского в наградных колодках на момент 20-х годов XIX века, стоит согласиться с позицией А. А. Подмазо о его месте после орденов Святого Георгия и Владимира – по старшинству учреждения орденов (за дату учреждения ордена Святого Иоанна Иерусалимского в данном случае берется дата его введения в Российскую наградную систему – 29 ноября 1798 года) и перед российскими золотыми знаками и медалями, а также перед иностранными орденами и медалями. Но на портретах Военной галереи такой порядок соблюдается лишь в трёх из девятнадцати случаев, что указывает на обратную тенденцию» (С. Головин «Орден Святого Иоанна Иерусалимского в колодках на портретах Военной галереи» https://clubic.ru/?p=12221). Поэтому можно констатировать, реально строго место ордена не было зафиксировано.
Александр I, вступив на царский престол, восстановил в 1801 году все прежние российские императорские ордена «во всей их силе и пространстве», не упомянув об ордене Святого Иоанна Иерусалимского и удалив его знак из государственного герба Российской империи, а титул его гроссмейстера из императорского титула (куда он был введен его Державным Отцом). В феврале 1802 года он отменил привилегии русских солдат, имеющих награды – донатские знаки Мальтийского ордена. Отбираются привилегии. 27 февраля 1802 года появляется именной, данный Сенату, указ «О суждении преступников, имеющих ордена Св. Иоанна Иерусалимскаго в воинских и гражданских судебных местах, и о сообщении приговоров Орденскому Капитулу токмо для сведения и исключения преступников из списков». 26 февраля 1810 года казна и орденский дом были конфискованы именным повелением Александра I. (Именной Указ, объявленный генерал-фельдмаршалу графу Салтыкову «О распорядке сумм Ордена св. Иоанна Иерусалимского»). Российское приорство (православное) было ликвидировано. С этого момента, Ф.Ф. Ушаков, по-существу, перестал быть командором. Выплаты денежных сумм Ордену были прекращены. Фактически деятельность Ордена на территории России прекратилась. Дальнейшие постановления, по сути, закрепляли сложившуюся ситуацию. 20 ноября 1811 года были ликвидированы фамильные командорства. (Сенатский Указ «О родовых имениях фамильных командорств Ордена св. Иоанна Иерусалимского»). Мы не знаем как переживал все эти решения отставной адмирал. Но то, что именно в эти годы он оставил столицу и уехал в своё имение, говорит о многом. 20 января 1817 г. российский император подписал резолюцию Совета Министров, в соответствии с которой знаки Мальтийского ордена запрещалось носить, а сам Орден Св. Иоанна Иерусалимского в России объявлялся несуществующим – иоанниты закончилисвоёпребывание в России. Однако вернёмся к событиям в 1799 года.
Все последующие победы флотоводца в Средиземном море российскими наградами не отмечены.